Jānis Jankovskis bija viens no 20. gs. sākuma ievērojamākajiem latviešu ķirurgiem, pirmais latviešu ķirurgs Rīgas pilsētas 1. slimnīcā, Latvijas Universitātes (LU) profesors (1924). Latvijas Sarkanā Krusta dibinātājs (1918) un pirmais priekšnieks (1918–1925).

Dzimis Paīslīces muižas rentnieka Jāņa Jankovska un viņa sievas Dārtas (dzimusi Ķēniņa) ģimenē. Tāpat kā vecākais brālis Kārlis, arī Jānis kristīts Žeimes luterāņu draudzē. Pēc tēva nāves mātei piederēja Teodoravas muiža (tagad Puiģišķi Lietuvā), ko vēlāk mantoja J. Jankovskis un viņa atraitne, kura 1937. gadā īpašumu pārdeva.

24.06.1906. Jelgavas Sv. Annas latviešu lauku draudzē J. Jankovskis salaulājās ar Doru Otīliju Neibergu, kuras brāļi Kristaps Neibergs, Aleksandrs Neibergs un māsa Milda Neiberga bija ārsti. Laulībā piedzima trīs bērni – Paulis Georgs, Sigrīda Milda (mirusi bērnībā), Andrejs. Atraitne un jaunākais dēls Andrejs (inženieris) dzīvoja trimdā Zviedrijā, bet vecākais dēls, kurš bija ārsts, jau kopš studiju gadiem dzīvoja Francijā (vēlāk tur miris).

J. Jankovskis mācījās Jelgavā un Rīgā, kur beidza pilsētas ģimnāziju (1897). No 1897. līdz 1899. gadam studēja medicīnu Svētā Vladimira Universitātē (Императорский университет Святого Владимира) Kijivā, bet no 1899. līdz 1902. gadam tās turpināja Berlīnes Universitātē (Königliche Friedrich-Wilhelms-Universität zu Berlin), kur ar uzslavu (cum laude) ieguva ārsta grādu. 1902. gadā nolika eksāmenus Maskavas Universitātē (Императорский Московский университет) ārsta tiesību iegūšanai Krievijā. Tālāk zināšanas pilnveidoja Kara medicīnas akadēmijas (Императорская Военно-медицинская академия) Dzemdniecības un ginekoloģijas klīnikā Pēterburgā, Berlīnes Universitātes Internās medicīnas klīnikā un Patoloģijas institūtā.

J. Jankovskis 28.01.1910. Tērbatas Universitātē (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) aizstāvēja disertāciju par durtiem, grieztiem un šautiem vēdera dobuma ievainojumiem (К вопросу о колото-резаных и огнестрельных проникающих повреждениях брюшной полости) un ieguva medicīnas doktora zinātnisko grādu.

Krievijas–Japānas karā J. Jankovskis bija ķirurgs Sarkanā Krusta Liepājas nodaļas virsnieku lazaretē Harbinā (09.1904.–10.1905.). Pēc atgriešanās 1906. gadā kļuva par pirmo latviešu ārstu, kurš tika pieņemts darbā Rīgas pilsētas (1.) slimnīcā (noturēts par poli). Ādolfa fon Bergmaņa vadībā ķirurģijas nodaļā strādāja līdz 1914. gadam.

Pirmā pasaules kara laikā J. Jankovskis strādāja vairākās Krievijas Sarkanā Krusta lazaretēs Rīgā; no 11.1914. kā vecākais ārsts Latviešu ārstu biedrības un Latviešu palīdzības komitejas uzturētā lazaretē, kas bija ierīkota ārsta Gustava Reinharda acu klīnikas telpās. 11.–12.1915. J. Jankovskis izveidoja un vadīja Latviešu strēlnieku bataljonu apvienoto lazareti, kas atradās Rīgas Lomonosova sieviešu ģimnāzijas telpās (ar 210 gultas vietām). To 09.1917. evakuēja uz Kaugurmuižu, bet pēc tam uz Tērbatu, kur tā darbojās līdz 03.1918. J. Jankovskis bija arī 1. latviešu strēlnieku brigādes pārsiešanas punkta galvenais ārsts.

Pēc Brestļitovskas miera līguma noslēgšanas J. Jankovskis strādāja par Rīgas pilsētas 1. pilsētas slimnīcas II ķirurģijas nodaļas vecāko ārstu. Pēc 1920. gada pārgāja uz Sarkanā Krusta slimnīcu, kurā no 1922. gada vadīja Latvijas Augstskolas (tagad Latvijas Universitāte) Hospitālās ķirurģijas klīniku līdz pēkšņajai nāvei.

J. Jankovskis bija Latvijas Augstskolas docents no 01.07.1920., no 04.05.1921. – vecākais docents, bet 10.03.1924. ievēlēts par LU profesoru. Neilgās pedagoģiskās darbības laikā J. Jankovskis paspēja izveidot ķirurgu skolu, kuras pārstāvji laikposmā starp abiem pasaules kariem sekmēja ķirurģijas izaugsmi Latvijā.

J. Jankovskim bija lieli nopelni latviešu strēlnieku ķirurģiskajā ārstēšanā, kā arī latviešu žēlsirdīgo māsu kustības izveidošanā. Latvijas Neatkarības kara laikā būtiska nozīme medicīniskās palīdzības izvēršanā bija Latvijas Sarkanajam Krustam, ko J. Jankovskis ar atbalstītājiem nodibināja 20.11.1918. un vadīja līdz mūža beigām. Pēc viņa ierosmes pie Sarkanā Krusta slimnīcas Rīgā 1921. gadā tika izveidota žēlsirdīgo māsu skola (tagad Rīgas Stradiņa universitātes (RSU) Sarkanā Krusta medicīnas koledža). 1922. gadā atvērta kaulu tuberkulozes sanatorija Krimuldas pilī. J. Jankovskis kā pirmais priekšnieks veica arī ļoti nozīmīgu darbu Latvijas Sarkanā Krusta izveidošanā, apgādē, nostiprināšanā un starptautiskā atzīšanā. J. Jankovska vadībā tika ierīkotas Sarkanā Krusta slimnīcas, sanatorijas un veselības kopšanas punkti visā Latvijā.

J. Jankovskis kopā ar Jēkabu Alksni bija pirmie docētāji ķirurģijā LU Medicīnas fakultātē no 1920. gada. Viņi pārmaiņus lasīja ķirurģijas kursus un studentiem vadīja praktiskās nodarbības. J. Jankovskis veica pētījumus karalauka ķirurģijā, kaulu tuberkulozes ķirurģijā un mākslīga barības vada veidošanā.

Apbalvots ar Latvijas Sarkanā Krusta Goda krustu (1922), Polijas Sarkanā Krusta ordeni (1925, I šķira), arī ar Krievijas Sv. Staņislava (1905, III šķira) un Sv. Annas (1905, III šķira) ordeņiem un dažādām medaļām.

J. Jankovska vārdā no 1931. līdz 1940. gadam bija nosaukta Latvijas Sarkanā Krusta sanatorija Liepājā (Karostā).