Termins apzīmē kristīgās baznīcas institūtu, kas laika gaitā mainījās un attīstījās. Termins parasti tiek lietots Austrumu kristietības jeb bizantiskās (pareizticība), kā arī t. s. orientālās (piemēram, koptu, armēņu) un agrīnās kristietības kontekstā. Lai gan šī institūta līdziniekus var atrast arī Rietumu kristietībā (galvenokārt protestantismā), Rietumu kristietības kontekstā terminu nemēdz lietot.

Autokefālija ir teorētisks un praktisks risinājums baznīcas struktūras centralizēšanai ap vairākiem lokāliem centriem (nevis ap vienu globālu centru). Mērķis ir līdzsvarot centralizācijas un decentralizācijas tendences, kas pastāvēja kristīgās baznīcas vēsturē un ir vēl mūsdienās. Autokefālija tiecas nodrošināt vietējo baznīcu saskanīgu pastāvēšanu savā starpā un katras vietējās baznīcas adaptāciju lokālajiem apstākļiem.

Pareizticīgās baznīcas kanonisko tiesību sistēmā nav paredzēta nedz konkrēta kārtība, kas regulē jaunu autokefāliju nodibināšanu, nedz izsmeļoši kritēriji autokefālijas noteikšanai. Autokefālijas koncepcijas traktēšanā katra autokefālā baznīca, kas pieder pie Pareizticīgās baznīcas vispasaules kopienas (Panortodoksālās kopienas), bauda relatīvu brīvību. Tas izraisa diskusijas autokefālijas problemātikas jomā, taču Panortodoksālajā kopienā vairākos aspektos ir sasniegts konsenss. Pastāv tendence saskaņot un vienādot pieeju.

Panortodoksālās kopienas līmenī autokefālijas institūta funkcija ir nodrošināt līdztiesīgu diskusiju starp autokefālām baznīcām: katra no tām tiek uzskatīta par universālās kristīgās baznīcas izpausmi savā vietā. Lokālā līmenī autokefālijas institūts nodrošina katrai autokefālajai baznīcai administratīvu patstāvību – tiesības pārvaldīt savas lietas neatkarīgi no pārējām baznīcām. Administratīva patstāvība sniedz iespēju baznīcai adaptēties vietējiem politiskiem, kulturoloģiskiem un citiem apstākļiem. Panortodoksālajā kopienā autokefālas baznīcas administratīvā patstāvība iekļauj tiesības patstāvīgi iecelt savus hierarhus (bīskapus), t. sk. šīs baznīcas vadītāju. Lai nodrošinātu hierarhijas pēctecību – kandidāta iesvētīšanu (konsekrēšanu) bīskapa amatā –, ir nepieciešama vismaz triju hierarhu līdzdalība. Dažreiz ir pieļaujama neklātienes līdzdalība – šo pilnvaru deleģēšana citam hierarham. Arī hierarha tiesāšanas gadījumā baznīcas tiesā ir jāpiedalās vairākiem hierarhiem. Lai nodrošinātu pašpietiekamību hierarhu iesvētīšanas vai tiesāšanas jautājumos, autokefālas baznīcas cenšas uzturēt savu hierarhu korpusu, tomēr šos centienus ne vienmēr un ne visās autokefālajās baznīcās bija iespējams realizēt. Mūsdienās vairāku autokefālo baznīcu skatījumā pie autokefālijas raksturojuma ir pieskaitāma vietējās baznīcas pilnīga pašpietiekamība sakramentos – gan pietiekams hierarhu korpuss, gan svētdarbībām nepieciešamo mirru iesvētīšana, nevis to saņemšana no citām autokefālām baznīcām. Tomēr ne visas autokefālās baznīcas iesvētī mirres pašas. Panortodoksālās kopienas ietvaros autokefālu baznīcu patstāvība un vienlīdzība nav absolūta, jo: 1) visas autokefālās baznīcas pakļaujas principiem (kanoniem), kas izstrādāti Panortodoksālās kopienas līmenī; 2) pastāv objektīvie faktori (piemēram, ekonomiskie), kas nosaka dažādu autokefālo baznīcu atšķirīgo autoritāti un nozīmi savstarpējās attiecībās; 3) autokefālā baznīca dažreiz piekopj normas un prakses, kas ierobežo tās patstāvību atsevišķās jomās (neietekmējot tās patstāvības pamatus), piemēram, autokefālā baznīca var paturēt simbolikas elementus, kas atbilst autonomai, nevis autokefālai baznīcai (piemēram, neveic mirru iesvētīšanu patstāvīgi); 4) autokefālijas institūts neizslēdz dažu autokefālo baznīcu līderību, moderatora, apelācijas instances, šķīrējtiesneša lomu Panortodoksālās kopienas līmenī. Lai uzturētu universālās kristīgās baznīcas vienotību, autokefālās baznīcas tiecas nodrošināt savstarpēju atzīšanu, kopību dievkalpojumos un sakramentos, kā arī brālīgu saskarsmi citās jomās. Neraugoties uz autokefālijas institūta mērķi, praksē pastāv gadījumi, kad starp autokefālām baznīcām – Panortodoksālās kopienas loceklēm – netiek panākts konsenss par jaunas autokefālijas nodibināšanu. Daļa no tām var neatzīt jaunu autokefāliju. Tas var izpausties gan apstrīdamā autokefālā statusa noliegšanā – uzskatot šo baznīcu citas autokefālas baznīcas jurisdikcijā vai pasludinot to par izslēgtu no Panortodoksālās kopienas (jeb shizmatisku). Jaundibināta un de facto funkcionējoša autokefālija parasti netiek uzreiz formāli (de jure) atzīta no pārējo autokefālo baznīcu puses. Pareizticīgās baznīcas vēsturē bija gadījumi (piemēram, Aleksandrijas patriarhāts), kad autokefālā baznīca, zaudējot savus hierarhus, faktiski nonāca citas autokefālās baznīcas administratīvā atkarībā, taču saglabāja autokefālijas statusu de jure, vēlāk atjaunojot šo statusu pilnībā.

Mūsdienās jēdzienam “autokefāla baznīca” bieži tiek pretstatīts jēdziens “autonoma baznīca”, jo tie apzīmē baznīcas, kas nav līdztiesīgas: autonoma baznīca atrodas noteiktas autokefālās baznīcas jurisdikcijā (pakļautībā), baudot autonomiju noteiktos ietvaros. Savukārt autokefāla baznīca neatrodas nevienas citas autokefālas baznīcas jurisdikcijā, kas parasti izpaužas simbolikā – liturģisku ceremoniju un protokola īpatnībās.

Vairākos Jaunās Derības tekstos (Apustuļu darbi, 15. nodaļa; Jāņa atklāsmes grāmata, 1. nodaļa) pirmās vietējās baznīcas tiek attēlotas kā līdztiesīgas vienības bez vertikālas subordinācijas, kas vispārīgi atbilst autokefālu baznīcu kopienas iekārtojumam mūsdienās. 2.–5. gs. kristīgajā baznīcā pakāpeniski izveidojusies vairāku hierarhisku līmeņu struktūra: bīskapu katedras mazākās apdzīvotās vietās tika administratīvi pakļautas apgabalu centru (metropoliju) bīskapu jeb metropolītu katedrām. Ar laiku arī pēdējās zaudēja savu patstāvību (autokefāliju) un nonāca pakļautībā lielāko reģionu galvaspilsētu katedrām, kuru bīskapu titulatūra parasti evolucionēja līdz tituliem “pāvests” un “patriarhs”. Sākotnēji galvenie kristīgās baznīcas centri Romas Impērijas robežās izveidojās ap trijām antīko impēriju galvaspilsētām (dilstošā secībā pēc nozīmes): Romu, Aleksandriju un Antiohiju. Baznīcas katedru oficiāla saraksta jeb “diptihu” augšgals 5. gs. tika papildināts ar Jeruzalemes (vieta aiz Antiohijas) un Konstantinopoles katedrām, turklāt pēdējā kā visas impērijas jaunās galvaspilsētas katedra ieņēma vietu diptihos uzreiz aiz Romas. Kopā šeit minētie pieci galvenie kristietības centri veidoja t. s. pentarhiju – universālās kristīgās baznīcas prezidiju piecu nozīmīgāko patstāvīgo baznīcu vadītāju sastāvā. Šis iekārtojums tika nostiprināts diptihos un Ekumenisko koncilu aktos. Lai gan pentarhijā pastāvēja izteikta Romas baznīcas līderība (ar kuru sīvi konkurēja Konstantinopoles baznīca), šī institūcija nodrošināja piecu minēto baznīcu savstarpējo administratīvo neatkarību un iespēju vienlīdzīgi diskutēt par kristietībai svarīgiem jautājumiem – tādējādi nodrošinot šīm baznīcām statusu, kuru mūsdienās sauc par autokefāliju. Patstāvību (autokefāliju) saglabāja arī dažas mazākas baznīcas gan Romas Impērijā (Kiprā, agrīnajos viduslaikos arī citur, piemēram, Īrijā), gan ārpus tās robežām (Tuvo Austrumu un Kaukāza reģionā). Kipras baznīca vismaz kopš 6. gs. tika dēvēta par autokefālu. Kopš pirmās tūkstošgades vidus vairākas nelielas bīskapu katedras nokļuva Konstantinopoles patriarha aizbildniecībā, nevis vietēju metropolītu administratīvā pakļautībā. Jau 7. gs. baznīcas dokumentos šādi bīskapi tika apzīmēti ar terminu “autokefāli”. Lai gan viņi bija atkarīgi no Konstantinopoles katedras, termina “autokefāls” etimoloģija, iespējams, norāda uz senākajām kristietības vēstures reālijām, kad ikviens bīskaps bija pilnīgi patstāvīgs. Līdz mūsdienām ir saglabājusies kanoniska kārtība, kas strikti ierobežo un reglamentē augstāk stāvošo bīskapu tiesības iejaukties zemāk stāvošo bīskapu katedru lietās. Šis fakts arī norāda uz bīskapu patstāvību senatnē.

11. gs. starp Romas baznīcu, no vienas puses, un Austrumu baznīcām, no otras, tika sarautas attiecības (t. s. Lielā shizma), līdz ar to Austrumu kristietībā izveidojās tetrarhija. Tās priekšgalā atradās Konstantinopoles patriarhs, kurš bieži vien dominēja šajā savienībā. Taču jau pirms Lielās shizmas, kopš 10. gs., veidojoties kristīgām valstīm Balkānos un mainoties to robežām, Konstantinopoles patriarhāts bija spiests atzīt jaunizveidoto vietējo baznīcu patstāvību (autokefāliju), kas bija saistīts ar politiskiem apstākļiem – jaunu etnosu valstiskumu un to identitātes attīstību. Jaunu baznīcu patstāvība nebija nostiprināta Ekumenisko koncilu dokumentos, un tetrarhija vairs netika paplašināta, iekļaujot tajā jaunas baznīcas. Tādējādi četri seno patriarhātu vadītāji (t. s. Austrumu patriarhi) saglabāja prezidija lomu Panortodoksālajā kopienā, lai gan šī loma mūsdienās ir drīzāk nomināla.

Izveidojoties centralizētai Krievijas valstij, 15. gs. parādījās politiski priekšnosacījumi Krievijas (Maskavas) baznīcas patstāvībai, kas de facto tika ieviesta 1448. gadā. Ar Bizantijas krišanu 1453. gadā par noteicošu faktoru Krievijas baznīcas patstāvības pamatošanai tika izvirzīta Romas Impērijas turpinātības ideja. Krievija pretendēja uz līdera pozīciju Panortodoksālajā kopienā “Trešās Romas” lomā (14. gs. uz “Trešās Romas” lomu jau bija pretendējusi Bulgārija). Krievijas baznīcas patstāvību Konstantinopoles patriarhāts atzina tikai 1589.–1590. gadā. 1593. gadā pievienojās pārējie Austrumu patriarhāti (termins “autokefālija” atzīšanas aktos netika lietots). Krievijas baznīcai tika piešķirts patriarhāta statuss un ierādīta piektā vieta diptihos (ārpus tetrarhijas). Tika arī nostiprināts (faktiski – ierobežots) tās hierarhu skaits.

19. gs. Habsburgu dinastijas robežās, kā arī valstīs, kas atbrīvojās no Osmaņu Impērijas, tika nodibinātas vairākas autokefālijas, turklāt jaunu autokefāliju nodibināšanā noteicošā loma bija attiecīgo valstu politiskajai varai. Jaunu autokefāliju tapšanas process turpinās līdz mūsdienām (galvenokārt nacionālo valstu robežās), un valstu politiskā vara ļoti ietekmē šo procesu.

Jau viduslaiku Antiohijas patriarhs Teodors Balsamons (Θεόδωρος Βαλσαμών) analizēja autokefālijas institūtu vēstures kontekstā, tajā izceļot politikas un likumdošanas faktoru. Vēlāk autokefālija kā baznīcas decentralizācijas modelis interesēja protestantu teologus. Baznīcas vēsturnieks, brits Džozefs Bingems (Joseph Bingham) sistematizēja priekšstatus par autokefālijas institūtu agrīnajā kristietībā. Protestantu pieredze savu baznīcu pielāgošanā politiskiem apstākļiem un viņu eklesioloģija bija pazīstama grieķu teologam un garīdzniekam Teoklītam Farmakidim (Θεόκλητος Φαρμακίδης), kurš bija izglītojies Rietumeiropā. 19. gs. pirmajā pusē ilga kara rezultātā tika nodibināta neatkarīgā Grieķija – viena no pirmajām nacionālajām suverēnajām valstīm Eiropā. Tā kā Osmaņu Impērija izmantoja Konstantinopoles patriarhu kā sviru cīņā pret Grieķijas neatkarību, T. Farmakidis izstrādāja Grieķijas situācijai piemērotu baznīcas patstāvības koncepciju. Šīs koncepcijas ietvaros T. Farmakidis lietoja terminu “autokefālija” ar nozīmi “baznīcas patstāvība” (neatkarība no centriem, kas atrodas ārpus valsts robežām). Šis termins tika ieviests plašā apritē. Koncepcijas galvenā ideja ir šāda: suverēnā, neatkarīgā valstī ir jābūt autokefālai baznīcai, kas ir administratīvi neatkarīga no citas vietējas baznīcas jurisdikcijas. Citas valstis nevar šādu baznīcu ietekmēt, izmantojot tās pakļautību kādam baznīcas centram ārvalstīs, lai kaitētu šīs baznīcas mītnes valsts drošībai. Koncepcijas mērķis ir harmonizēt baznīcas un suverēnas, neatkarīgas nacionālas valsts (kāda bija Grieķija) attiecības. Tomēr oriģinālā T. Farmakida koncepcija paredzēja baznīcas administratīvu pakļautību valsts varai (pēc protestantu baznīcu parauga), kas izpelnījās asu kritiku pareizticīgo garīdznieku un teologu vidū. 1850. gada koncils Konstantinopolē atzina Grieķijas baznīcas autokefāliju. Atzīšanas aktā (tomosā) tika noraidīta baznīcas pakļautība valsts varai, tāpat kā T. Farmakida ideja, ka baznīcas autokefālija rodas automātiski ar valsts neatkarības proklamēšanu. Tādējādi T. Farmakida koncepcija tika ievērojami grozīta, taču viņa lietotais termins “autokefālija” tomosa tekstā tika iekļauts. Sākotnēji pastāvēja tendence atveidot šo terminu citās valodās ar tulkojumu, tomēr ar laiku termins iesakņojies oriģinālā grieķiskā veidolā kā internacionālisms. Minētais tomoss kļuva par paraugu daudziem citiem līdzīgiem aktiem (tomosiem), kas turpmāk tika izdoti saistībā ar vietējo baznīcu statusa atzīšanu (autokefāliju, autonomiju). Līdz ar to T. Farmakida izstrādātā un 1850. gada Konstantinopoles koncila rediģētā autokefālijas koncepcija vispārējās līnijās ieviesusies Panortodoksālās kopienas ietvaros, lai gan par koncepcijas detaļām joprojām diskutē. Autokefālijas koncepcija ir ērti pielietojama nacionālo valstu, kādas radušās Eiropā 19.–20. gs., apstākļiem. Arī Latvijā 20. gs. 20. gados šai koncepcijai tuvas idejas paudušas tik atšķirīgas personas kā arhibīskaps Jānis Pommers un baznīcas un sabiedriskais darbinieks, rakstnieks Jānis Dāvis. Kad vairākas valstis Balkānos 19. gs. otrajā pusē ieguva neatkarību, tika dibinātas vai atjaunotas attiecīgo baznīcu autokefālijas. Šo autokefāliju galvenā funkcija bija ne tikai harmonizēt vietējo baznīcu un suverēno valstu attiecības un sekmēt valsts drošību, bet sniegt pamatu nacionālajai pašapziņai un nācijas identitātes attīstībai. Šajā gadījumā autokefālijas institūts bija ne tikai politiskas varas, bet arī plašas sabiedrības pieprasījums. Lai gan Austrumu patriarhu vadītas (tetrarhijā ietilpstošas) baznīcas vēsturiski nav saistītas ar nacionālām valstīm, administratīvās patstāvības princips, kas ietverts aprakstītajā autokefālijas koncepcijā, ir piemērojams arī tām. Arī orientālo (piemēram, armēņu, koptu) baznīcu autokefālijas koncepcija mūsdienās ir analoģiska šai koncepcijai.

Autokefālija ne tikai nodrošina universālās kristīgās baznīcas decentralizāciju, bet arī funkcionē kā institūts, ar kura palīdzību baznīca salāgojas ar politiskiem apstākļiem un sabiedrības interesēm. Jau kristietības vēstures sākumā galvenie savstarpēji neatkarīgie (autokefālie) kristīgās baznīcas centri izveidojās atbilstoši politiskai un administratīvai struktūrai. Viduslaikos autokefālija leģitimizēja (metafiziski sankcionēja) patstāvīgu valsti. Autokefāla baznīca drīkstēja kronēt attiecīgās valsts suverēnu, sakralizējot viņa varu un ieceļot viņu augstākajā starptautisko attiecību līmenī, t. sk. diplomātiskā saskarsmē ar Austrumromas jeb Bizantijas Impērijas monarhiem. Vēlāk baznīcas autokefālija pozicionēja šo valsti kā pretendentu uz Bizantijas mantojumu – Romas Impērijas turpinātību. Autokefālijas naratīvs ir iekļauts vairāku nāciju identitātē, arī mūsdienās tam ir liela nozīme nacionālās un politiskās identitātes veidošanā un sabiedrības ietekmēšanā.

Autokefālijas problemātika atstājusi ietekmi arī Latvijā. 20. gs. 20. gados valsts drošības nolūkos politiskā vara centās sekmēt baznīcas neatkarību no Maskavas patriarhāta. To pašu, izejot no nācijas identitātes motīviem, rosināja plašas sabiedrības aprindas, t. sk. ievērojama daļa pareizticīgo latviešu inteliģences. 1921. gadā Latvijas Pareizticīgās baznīcas ievēlētajam vadītājam arhibīskapam J. Pommeram izdevās panākt Latvijas Pareizticīgajai baznīcai labvēlīga lēmuma pieņemšanu no Krievijas Pareizticīgās baznīcas puses (Maskavas patriarha, Sinodes un Baznīcas augstākās padomes 19.07.1921. lēmums). Saskaņā ar lēmuma tekstu Latvijas Pareizticīgā baznīca tika atzīta par administratīvi patstāvīgu, tā nepieder pie citas autokefālas baznīcas jurisdikcijas. Uz šī lēmuma pamata 1923. gadā arhibīskapa J. Pommera vadībā tika pieņemti Latvijas Pareizticīgās baznīcas Statūti. Lai gan termins “autokefālija” šajā dokumentā netika lietots, Statūti ieviesa autokefāliju de facto, kā arī deklarēja Latvijas Pareizticīgās baznīcas vienlīdzību ar pārējām autokefālajām baznīcām. Statūti tika reģistrēti Iekšlietu ministrijā, un uz to pamata 1926. gadā Ministru kabinets pieņēma noteikumus “par Pareizticīgās baznīcas stāvokli (ar likuma spēku)”, nostiprinot valsts likumdošanā Latvijas Pareizticīgās baznīcas neatkarību no ārējiem baznīcas centriem. Arhibīskapa J. Pommera skatījumā Latvijas Pareizticīgās baznīcas patstāvība (autokefālija) tika oficiāli atzīta no Krievijas Pareizticīgās baznīcas puses ar šo lēmumu, un viņa vadīšanas laikā Latvijas Pareizticīgā baznīca nebija oficiāli vērsusies pie Austrumu patriarhiem un citām lielākām autokefālām baznīcām savas autokefālijas atzīšanas jautājumā. Tas deva iemeslu apšaubīt Latvijas Pareizticīgās baznīcas autokefālijas esamību šajā periodā.

1936. gadā saistībā ar Latvijas Pareizticīgās baznīcas iekļaušanu Konstantinopoles baznīcas jurisdikcijā autonomas baznīcas statusā Statūti tika grozīti, lai atbilstu autonomas, nevis autokefālas baznīcas stāvoklim. 2022. gadā, ņemot vērā valsts drošības intereses un balstoties uz augstāk minētajām 1920. gada normām, Latvijas Saeima ieviesusi grozījumus likumdošanā, nosakot, ka Latvijas Pareizticīgā baznīca ir autokefāla, savukārt Latvijas Pareizticīgā baznīca grozījusi savus Statūtus, 1. pantā nostiprinot savu autokefālo statusu. Valsts likumā un baznīcas Statūtos tika lietots termins “autokefālija”, kas ilustrē autokefālijas nozīmi politiskos procesos.