Arhibīskapa Ioana kalpošana Latvijā bija saistīta ar Baznīcas kanoniskā statusa nostiprināšanu un tā juridiskā statusa noteikšanu. Arhibīskapa nostāja Baznīcas kanoniskajos jautājumos bija izteikti konservatīva: viņš neatbalstīja ierosinājumus mainīt jurisdikciju, turpināja uzturēt saites ar Maskavas Patriarhātu, izmantojot patriarha Tihona piešķirtās autonomijas tiesības. Ņemot vērā to, ka attieksme pret Pareizticīgo baznīcu Latvijas politiskajās aprindās bija visnotaļ pretrunīga – to uzskatīja par bijušās impērijas “lauskām”, turēja aizdomās par monarhisma ideju atbalstu un nelojalitāti Latvijas valstij –, arhibīskapam nācās uzņemties ne tikai administratora pienākumus, atjaunojot kara laikā izpostītos draudžu īpašumus un draudžu reliģisko dzīvi, bet arī iesaistīties politikā. Viņš apzinājās risku iegūt ienaidniekus gan “kreisajā”, gan “labajā” spektrā.
Pareizticīgās baznīcas situācija Latvijā 20. gs. 20. gadu sākumā bija sarežģīta, jo nebija noteikts tās juridiskais statuss valstī, nebija nostiprinātas arī īpašuma tiesības, tāpēc daļa no dievnamiem un laicīgā rakstura celtnēm tika konfiscēta un nodota sabiedriskajām organizācijām vai citām konfesijām (piemēram, Sv. Aleksija vīriešu klosteris Vecrīgā ar arhibīskapa rezidenci, Pareizticīgo semināra ēka u. c.). Arhibīskaps mitinājās Rīgas Kristus Piedzimšanas katedrāles pagrabā, pēc viņa vārdiem, simboliski demonstrēdams visas Pareizticīgās baznīcas vietu jaundibinātajā valstī. Lai stabilizētu Baznīcas stāvokli, bija nepieciešams sakārtot arī tās struktūru un iekšējās dzīves noteikumus. Nozīmīgs arhibīskapa ieguldījums ir 1923. gada rudenī Pareizticīgās baznīcas Latvijā koncilā pieņemtie Baznīcas statūti, kurus reģistrēja Iekšlietu ministrijā 1924. gada sākumā, kā arī Noteikumi par pareizticīgās baznīcas stāvokli (1926). Tie regulēja Baznīcas pašpārvaldes, juridiskās personas, īpašuma tiesības, kā arī tiesības dibināt mācību iestādes pareizticīgo garīdznieku sagatavošanai un pareizticīgo sabiedriskās organizācijas (saskaņā ar likumu par biedrībām). Tika atjaunota Rīgas Pareizticīgo garīgā semināra darbība (1926).
Pareizticīgās baznīcas juridiskā statusa nostiprināšana sniedza iespēju no valsts budžeta saņemt tradicionālajām konfesijām piešķirtos pabalstus, kurus novirzīja draudžu dievnamu remontam. Ar arhibīskapa dalību un par Baznīcas līdzekļiem izdevās reevakuēt Pirmā pasaules kara laikā aizvestos Baznīcas zvanus un citus rituāla priekšmetus (1927). Arhibīskaps iniciēja Baznīcas oficiālā izdevuma – žurnāla “Ticība un Dzīve” – regulāru iznākšanu (1923–1940).
Nozīmīgākā arhibīskapa Ioana virsgana dzīves sastāvdaļa bija dievkalpojumi un sprediķi. Laikabiedri īpaši izceļ viņa spēju teoloģiski sarežģītas idejas ietvert baznīcēniem saprotamos vārdos, izteikties kodolīgi, bet nevairīties no tēlainības un daiļrunības paņēmieniem. Pārvaldot abas – latviešu un krievu – valodas vienlīdz brīvi un būdams intelektuāli spēcīgs orators, arhibīskaps prata atrast ceļu gan uz dažādas etniskās piederības ticīgo, gan arī uz savu politisko atbalstītāju sirdīm. Arhibīskapa raksti regulāri parādījās lielākajās Latvijas avīzēs krievu valodā “Slovo” (Слово) un “Segodnja” (Сегодня). Publikāciju vidū bija gan reliģiskajām tēmām veltītās esejas, gan arī viņa runas Saeimā, to skaitā Latvijas politikas kritika attiecībā uz līgumiem ar Padomju Krieviju (Latvijas–Krievijas tirdzniecības līgums, 1927). Šī stratēģija, pēc viņa domām, izraisīja Latvijas pakļaušanu padomju varai un komunistiskās ideoloģijas izplatīšanos. Izteikta pretpadomju un antikomunistiskā retorika bija raksturīga arī J. Pommera sprediķiem, piemēram, viņa aizlūgums, pieminot komunistiskā terora upurus 10 gadus pēc lielinieku apvērsuma, noslēdzās ar tik asu padomju sistēmas kritiku, ka izraisīja Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) pārstāvniecības oficiālu protestu.