J. Pommers piedzima pareizticīgu latviešu zemnieku daudzbērnu ģimenē. Deviņu gadu vecumā iestājās Lazdonas pareizticīgo Liseskalna skolā, turpināja izglītību Rīgas Garīgajā skolā (1887–1891), ieskaitīts Rīgas Pareizticīgo garīgajā seminārā (1891), kuru pabeidza ar 1. pakāpes diplomu (1897). Pildīja tautskolotāja pienākumus Ļaudonas draudzes skolā (1897–1899). 1899. gada sākumā pārcelts uz Liepāju kalpot par garīdznieka palīgu (psalmotāju), vienlaikus bija skolotājs draudzes skolā. Studēja Kijivas Garīgajā akadēmijā (1900–1904), kuru pabeidza ar teoloģijas kandidāta grādu. Studiju laikā ar Kronštates Ioana (Иоанн Кронштадтский) svētību kļuva par mūku, vārdā Ioans (13.03.1903.). Iesvētīts par diakonu (23.09.1903.) un garīdznieku (13.06.1904.).

Pēc akadēmijas absolvēšanas Černihivas Garīgajā seminārā J. Pommers mācīja Svēto Rakstu kursu (1904), tad pārcelts uz Vologdas Garīgo semināru par inspektoru (1906), kur viņam nācās samierināt revolucionāri noskaņotos studējošos. Viņa stingrā konservatīvā nostāja un prasme ieviest kārtību “dumpinieku” vidē guva Baznīcas hierarhu atzinību. Jau nākamajā gadā viņu iesvētīja par arhimandrītu (1907). Kopš 1908. gada J. Pommers bija Lietuvas Garīgā semināra rektors (Viļņā), vadīja Svētās Trīsvienības vīriešu klosteri (Viļņā), iecelts par Lietuvas eparhijas skolu padomes un izdevniecības komitejas priekšsēdētāju.

Ioanu kā tā laika Krievijas Impērijā gados jaunāko (35 gadi) pretendentu Pēterburgas Aleksandra Ņevska lavrā (Свято-Троицкая Александро-Невская лавра) 11.03.1912. hirotonizēja par bīskapu Maskavas un Kolomnas metropolīts (svētmoceklis) Vladimirs (Владимир Богоявленский). Bīskapa rezidence atradās Minskā, kur viņš vadīja Svētā Gara klosteri un bija Minskas eparhijas skolu padomes priekšsēdētājs, pildīja Minskas eparhijas pagaidu pārvaldnieka pienākumus. 11.1912., ņemot vērā smagi slimojošā Hersonas arhibīskapa Dmitrija (Дмитрий Ковальницкий) lūgumu, Sinode pārcēla bīskapu Ioanu uz Hersonas eparhiju. Viņš tika iecelts par Taganrogas bīskapu, Jekaterinoslavas (tagad Dņipro Ukrainā) eparhijas vikāru (04.04.1913.), kopš 05.10.1916. tika dēvēts par Pieazovas un Taganrogas bīskapu. Pirmā pasaules kara laikā organizēja palīdzību bēgļiem no Galīcijas un Krievijas Impērijas rietumu guberņām.

Pēc 1917. gada februāra revolūcijas J. Pommers publiski nosodīja jauno Pagaidu valdību, tika arestēts, bet atbrīvots, pateicoties ticīgo atbalstam, kuri sarīkoja krusta gājienu pie cietuma. Pareizticīgās Krievijas baznīcas vietējā koncila (Поместный собор Православной российской церкви) dalībnieks (1917–1918), atbalstīja patriarhāta atjaunošanu Pareizticīgajā baznīcā Krievijā un patriarha Tihona (Тихон Беллавин) ievēlēšanu. Tika iecelts par Staricas bīskapu, Tveras un Kašinas eparhijas vikāru (07. vai 13.09.1917.). Tā paša gada beigās tika izsūtīts no Tveras, bet uzņēmās Tveras eparhijas pagaidu pārvaldnieka pienākumus, pildīja Tveras arhibīskapa (svētmocekļa) Serafima (Серафим Чичагов) lēmumu.

22.04.1918. pārcelts uz Penzas un Saranskas eparhiju, iecelts par arhibīskapu. Ierodoties Penzā, viņam nācās risināt konfliktu ar bijušo Penzas arhibīskapu Vladimiru Putjatu (Владимир Путята; ekskomunicēts no bīskapa amata 20.04.1918.) un viņa atbalstītājiem, kuri iesaistījās t. s. atjaunotnes kustībā (Обновленчество). To oficiālā Krievu Pareizticīgā baznīca uzskatīja par šķeltniecisku. Gada laikā arhibīskapam Ioanam izdevās normalizēt situāciju eparhijā, neskatoties uz atklātiem uzbrukumiem no konflikta iniciatoru puses un represijām no jaunās lielinieciskās padomju varas puses – atkārtotie aresti, pratināšana un slikti ieslodzījuma apstākļi iedragāja viņa veselību.

Politiskās vēstures kolīzijas pēc Krievijas Impērijas sabrukuma, revolūcijas un ateistiskās padomju varas nostiprināšanās ietekmēja gan J. Pommera personīgo, gan visas Krievu Pareizticīgās baznīcas likteni. Pēc iecelšanas par Penzas arhibīskapu viņš nonāca asa konflikta epicentrā, kurā bija iesaistīti ne tikai pretēji noskaņoti baznīcēni, bet arī jaunās varas struktūras, kuras centās izmantot šo konfliktu, lai šķeltu ticīgos un mazinātu Baznīcas – un reliģijas kopumā – autoritāti. Bijušā Penzas arhibīskapa V. Putjatas nodibinātā “tautas baznīca” ar Viskrievijas Ārkārtējās komisijas (Всероссийская чрезвычайная комиссия, ВЧК, VČK) atbalstu Penzā tika reģistrēta kā oficiāla organizācija un atteicās pildīt kanoniskā arhibīskapa rīkojumus. Tā mēģināja kontrolēt Penzas dievnamus un nelaist tajos kanoniskās Baznīcas atbalstītājus. Savukārt arhibīskaps Ioans turpināja konsekventi ievērot Pareizticīgās Krievijas baznīcas koncila lēmumus, vadīt dievkalpojumus Penzas Sv. apustuļu Pētera un Pāvila dievnamā (Храм Святых апостолов Петра и Павла), nostiprinot autoritāti ticīgo vidē. Arī turpmāk, neskatoties uz VČK un V. Putjatas sekotāju draudiem un vajāšanām, arhibīskaps aizstāvēja oficiālās Baznīcas pozīcijas. 

Pēc V. Putjatas atbalstītāju atkārtotajiem mēģinājumiem ar spēku ieņemt Penzas katedrāli gan V. Putjata, gan arhibīskaps Ioans tika arestēti (27.09.1918.). Cietumā, kur tika ievietoti ieslodzītie, norisinājās aizturēto masu slepkavošana; sarakstos bija arī J. Pommera vārds. Pēc Vācijas konsula iejaukšanās arhibīskapam piemēroja mājas arestu. Turpinājās pratināšanas un kratīšanas. Lielinieku nežēlīgums un terors, kuru J. Pommeram nācās piedzīvot Padomju Krievijā, būtiski ietekmēja viņa radikālo nostāju pret komunistiem un sociāldemokrātiem. Eparhijas padomes darbība tika atjaunota 02.1919., bet 06.1919. arhibīskaps tika iesaukts aizmugures zemessargos, tomēr draudzes panāca iesaukšanas atlikšanu. Tā paša gada novembrī arhibīskapu Ioanu atkal arestēja VČK un apsūdzēja dalībā “kontrrevolucionārajā organizācijā”. Sākumā viņu turēja Penzas cietumā, tad pārveda uz Maskavu (1920). Šajā laikā Pareizticīgās baznīcas Latvijā koncils ievēlēja Ioanu par arhibīskapu un vērsās ar lūgumu pie patriarha Tihona atļaut arhibīskapam doties uz Latviju. Martā J. Pommers tika atbrīvots no cietuma un nosūtīts uz Penzu, lai pabeigtu risināt ieilgušo konfliktu. Pateicoties viņa pūlēm, vairums pareizticīgo draudžu atgriezās kanoniskajā Baznīcā. Izdevās novērst arī nekārtības dievnamos. 

Atsaucoties uz Pareizticīgās baznīcas Latvijā koncila lūgumu (1920), patriarhs Tihons ar savu svētību atļāva arhibīskapam Ioanam pamest Penzas eparhiju, lai dotos uz Rīgu un pildītu Latvijas pareizticīgo virsgana pienākumus (19.07.1921.). Arhibīskaps Ioans ieradās Rīgā 24.07.1921. Maskavas un visas Krievijas patriarhs Tihons piešķīra arhibīskapam Ioanam plašas pilnvaras administratīvajā, saimnieciskajā un izglītības jomā. Tas nozīmēja arī Pareizticīgajai baznīcai Latvijā plašas autonomijas tiesības Maskavas Patriarhāta jurisdikcijā.

J. Pommers aktīvi piedalījās Pareizticīgās baznīcas Latvijā statūtu izstrādē (pieņemti 1923. gadā, reģistrēti 1924. gadā), kas bija pamats Satversmes 81. panta kārtībā izdotajiem Ministru kabineta Noteikumiem par Pareizticīgās baznīcas stāvokli (08.10.1926.).

Arhibīskaps uzturēja kontaktus ar izglītības iestādēm un sabiedriskajām organizācijām, bija studenšu korporācijas “Sororitas Tatiana” goda filistrs. Piedalījās “Krievu kultūras dienas” (1925. gadā krievu emigrantu ierosinātie svētki) organizēšanā un svinībās, bija krievu minoritātes pārstāvis Latvijas Kultūras fondā. Veicināja pareizticīgo jauniešu iesaisti draudzēs un sabiedriskajās organizācijās, līdz 1931. gadam atbalstīja arī Krievu pareizticīgo studentu vienību (Русское студенческое православное единение, РСПЕ), kas bija Krievu kristīgo studentu kustības ārzemēs (Русское студенческое христианское движение за рубежом, РСХД) filiāle. Piedalījās ar Pareizticīgās baznīcas Latvijā atbalstu dibinātās Latvijas pareizticīgo atturībnieku biedrības pasākumos, bija Sarkanā Krusta biedrības priekšsēdētājs.

1925. gadā arhibīskaps piedalījās Saeimas vēlēšanās kā Pareizticīgo vēlētāju un krievu apvienoto organizāciju bloka vadītājs. Viņš tika ievēlēts 2. Saeimā, 1928. un 1931. gadā – atkārtoti ievēlēts Saeimā. 20. gs. 30. gadu sākumā pret J. Pommeru tika vērsta diskreditēšanas kampaņa, kas sakrita ar Baznīcas iekšējām problēmām (naudas izsaimniekošana, garīdznieku disciplīnas pārkāpumi u. c.) un arhibīskapam sagādāja dziļus pārdzīvojumus. Naktī uz 12.10.1934. arhibīskaps Ioans tika nogalināts Ozolkalnu muižā, kur atradās pareizticīgo virsganu vasarnīcā (1841–1939). Cenzdamies iznīcināt nozieguma pēdas, slepkavas aizdedzināja māju. Ugunsdzēsējiem izdevās likvidēt ugunsgrēku. Notikuma vietā atrastais līķis bija izkropļots, tika konstatētas spīdzināšanas pazīmes, arhibīskapa personīgais arhīvs bija izpostīts. Šis noziegums tā arī palika neatklāts, lai gan tika izvirzītas vairākas versijas. Virsgana traģiskā bojāeja satricināja ticīgo kopienu un radīja bažas par Baznīcas turpmāko pastāvēšanu. Pēc aizlūguma Kristus Piedzimšanas katedrālē, kuru vadīja Tallinas un Igaunijas metropolīts Aleksandrs Paulus (Aleksander Paulus, krievu митрополит Александр Паулус), arhibīskaps Ioans tika apglabāts Rīgas Pokrova kapos (21.10.1934.). Virsganu pēdējā ceļā pavadīja ap 100 000 cilvēku.

Arhibīskapa Ioana kalpošana Latvijā bija saistīta ar Baznīcas kanoniskā statusa nostiprināšanu un tā juridiskā statusa noteikšanu. Arhibīskapa nostāja Baznīcas kanoniskajos jautājumos bija izteikti konservatīva: viņš neatbalstīja ierosinājumus mainīt jurisdikciju, turpināja uzturēt saites ar Maskavas Patriarhātu, izmantojot patriarha Tihona piešķirtās autonomijas tiesības. Ņemot vērā to, ka attieksme pret Pareizticīgo baznīcu Latvijas politiskajās aprindās bija visnotaļ pretrunīga – to uzskatīja par bijušās impērijas “lauskām”, turēja aizdomās par monarhisma ideju atbalstu un nelojalitāti Latvijas valstij –, arhibīskapam nācās uzņemties ne tikai administratora pienākumus, atjaunojot kara laikā izpostītos draudžu īpašumus un draudžu reliģisko dzīvi, bet arī iesaistīties politikā. Viņš apzinājās risku iegūt ienaidniekus gan “kreisajā”, gan “labajā” spektrā.

Pareizticīgās baznīcas situācija Latvijā 20. gs. 20. gadu sākumā bija sarežģīta, jo nebija noteikts tās juridiskais statuss valstī, nebija nostiprinātas arī īpašuma tiesības, tāpēc daļa no dievnamiem un laicīgā rakstura celtnēm tika konfiscēta un nodota sabiedriskajām organizācijām vai citām konfesijām (piemēram, Sv. Aleksija vīriešu klosteris Vecrīgā ar arhibīskapa rezidenci, Pareizticīgo semināra ēka u. c.). Arhibīskaps mitinājās Rīgas Kristus Piedzimšanas katedrāles pagrabā, pēc viņa vārdiem, simboliski demonstrēdams visas Pareizticīgās baznīcas vietu jaundibinātajā valstī. Lai stabilizētu Baznīcas stāvokli, bija nepieciešams sakārtot arī tās struktūru un iekšējās dzīves noteikumus. Nozīmīgs arhibīskapa ieguldījums ir 1923. gada rudenī Pareizticīgās baznīcas Latvijā koncilā pieņemtie Baznīcas statūti, kurus reģistrēja Iekšlietu ministrijā 1924. gada sākumā, kā arī Noteikumi par pareizticīgās baznīcas stāvokli (1926). Tie regulēja Baznīcas pašpārvaldes, juridiskās personas, īpašuma tiesības, kā arī tiesības dibināt mācību iestādes pareizticīgo garīdznieku sagatavošanai un pareizticīgo sabiedriskās organizācijas (saskaņā ar likumu par biedrībām). Tika atjaunota Rīgas Pareizticīgo garīgā semināra darbība (1926).

Pareizticīgās baznīcas juridiskā statusa nostiprināšana sniedza iespēju no valsts budžeta saņemt tradicionālajām konfesijām piešķirtos pabalstus, kurus novirzīja draudžu dievnamu remontam. Ar arhibīskapa dalību un par Baznīcas līdzekļiem izdevās reevakuēt Pirmā pasaules kara laikā aizvestos Baznīcas zvanus un citus rituāla priekšmetus (1927). Arhibīskaps iniciēja Baznīcas oficiālā izdevuma – žurnāla “Ticība un Dzīve” – regulāru iznākšanu (1923–1940).

Nozīmīgākā arhibīskapa Ioana virsgana dzīves sastāvdaļa bija dievkalpojumi un sprediķi. Laikabiedri īpaši izceļ viņa spēju teoloģiski sarežģītas idejas ietvert baznīcēniem saprotamos vārdos, izteikties kodolīgi, bet nevairīties no tēlainības un daiļrunības paņēmieniem. Pārvaldot abas – latviešu un krievu – valodas vienlīdz brīvi un būdams intelektuāli spēcīgs orators, arhibīskaps prata atrast ceļu gan uz dažādas etniskās piederības ticīgo, gan arī uz savu politisko atbalstītāju sirdīm. Arhibīskapa raksti regulāri parādījās lielākajās Latvijas avīzēs krievu valodā “Slovo” (Слово) un “Segodnja” (Сегодня). Publikāciju vidū bija gan reliģiskajām tēmām veltītās esejas, gan arī viņa runas Saeimā, to skaitā Latvijas politikas kritika attiecībā uz līgumiem ar Padomju Krieviju (Latvijas–Krievijas tirdzniecības līgums, 1927). Šī stratēģija, pēc viņa domām, izraisīja Latvijas pakļaušanu padomju varai un komunistiskās ideoloģijas izplatīšanos. Izteikta pretpadomju un antikomunistiskā retorika bija raksturīga arī J. Pommera sprediķiem, piemēram, viņa aizlūgums, pieminot komunistiskā terora upurus 10 gadus pēc lielinieku apvērsuma, noslēdzās ar tik asu padomju sistēmas kritiku, ka izraisīja Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) pārstāvniecības oficiālu protestu.

Arhibīskaps Ioans visa mūža garumā veica ne tikai pastorālo kalpošanu, bet saskārās ar nopietnām problēmām kā Baznīcas iekšējās dzīves organizācijā, tā arī konstruktīvu Baznīcas un valsts attiecību uzturēšanā. Pareizticīgās baznīcas Latvijā juridiskā statusa saskaņošana ar jaundibinātās Latvijas Republikas likumdošanu, Latvijas pareizticīgo iespējas un tiesības paust savu reliģisko pārliecību bija nopietns izaicinājums viņam kā Latvijas pareizticīgo virsganam.

Sarežģītais politiskais fons un paša arhibīskapa raksturs bija un joprojām ir iemesls viņa darbības pretrunīgiem vērtējumiem. No vienas puses, J. Pommeru atzīst par vienu no visietekmīgākajām personībām Pareizticīgajā baznīcā Latvijā. Viņa autoritāte starpkaru laika krievu minoritātes pareizticīgo daļā bija tikpat kā neapstrīdama; tika atzīti nopelni pareizticīgo interešu aizstāvēšanā valsts līmenī. No otras puses, arhibīskapu pamatoti kritizēja par viņa konservatīvo pozīciju gan attiecībā uz sociāldemokrātijas idejām (radikāla “kreiso” partiju nepieņemšana, kas bija abpusēja), gan uz Baznīcas jurisdikcijas pārmaiņām, gan arī uz liberāli domājošo pareizticīgo loku krievu emigrācijā.

Pastāvīgā fona spriedze, kas ietekmēja pareizticīgos Latvijā 20. gs. 20.–30. gadu sākumā, bija Baznīcas konflikts krievu emigrācijā starp Maskavas Patriarhāta Rietumu eparhiju ar centru Parīzē metropolīta Jevlogija (Евлогий Георгиевский) vadībā (kopš 1931 – Konstantinopoles Patriarhāta jurisdikcijā) un Aizrobežu Krievu Pareizticīgo baznīcu (Русская Православная церковь заграницей) ar centru Dienvidslāvijā Sremski Karlovici (Сремски Карловци) metropolīta Antonija (Антоний Храповицкий) vadībā. Somijas un Igaunijas Pareizticīgo baznīcu lēmums pāriet Konstantinopoles jurisdikcijā šķita piemērotāks risinājums daudziem latviešu izcelsmes pareizticīgajiem, kā arī Latvijas varasiestāžu pārstāvjiem. Arhibīskapa kalpošanas laiks iezīmēja sava veida cezūru starp Pareizticīgās baznīcas iepriekšējās vēsturiskās pieredzes apzināšanos un tās vietu Latvijas valstī.

Arhibīskapa piemiņas godināšanai Rīgas Pokrova kapos pēc arhitekta Sergeja Antonova projekta tika uzbūvēta Sv. Jāņa Kristītāja kapela (1936). To rotā Latvijas mākslinieka Jevgēņija Kļimova veidotā Sv. Jāņa Priekšteča mozaīka, bet būvmateriāliem izmantotas drupas no stacijas laukumā uzspridzinātās (1925) Sv. Aleksandra Ņevska pareizticīgo kapelas, par kuras saglabāšanu savulaik iestājās arhibīskaps. Daudzi pareizticīgie šo kapelu uzskatīja par svētceļojuma vietu, godinot virsgana piemiņu.

Ahibīskaps Ioans ir kanonizēts un iekļauts Krievijas jaunmocekļu un sludinātāju pulkā (Собор новомученников и исповедников Российских) Krievu Pareizticīgajā baznīcā ārzemēs (1981), Krievu Pareizticīgajā baznīcā (17.07.2001.), Baltkrievijas svēto pulkā (Собор Белорусских святых; 2002). Kanonizēts Pareizticīgajā baznīcā Latvijā (24.09.2001.).

Arhibīskapa traģiskās bojāejas vietā tika uzstādīts piemiņas krusts (2001) – tā ir vieta, kur regulāri notiek arhibīskapa piemiņas aizlūgumi. Svētmocekļa Rīgas Ioana nemirstīgo atlieku svinīgā pārvietošana no Pokrova kapiem uz Rīgas Kristus Piedzimšanas katedrāli notika 04.10.2003. Svētmocekļa ikonogrāfijas pamatā ir J. Pommera 20. gs. 20.–30. gadu fotoportreti, kurus ikonu stilistikai pielāgoja Rīgas ikonu gleznotājs, priesteris Aleksandrs Šabeļņiks (2001, 2003). Izmantošanai liturģiskajā praksē tika sastādīts dzīves apraksts un akafists svētmoceklim Ioanam, Rīgas arhibīskapam.

Svētmocekļa Rīgas Ioana medaļu un ordeni nodibināja metropolīts Aleksandrs (Александр Кудряшов) 27.05.2006.

Aizkrauklē tika uzcelta svētmocekļa Rīgas Ioana baznīca (2008).

2016. gadā Latvijas Pasts izdeva pastmarku ar arhibīskapa Ioana portretu; tās dizaina autore ir Lilija Dinere.

Arhibīskapa biogrāfijai ir veltīta dokumentālā filma “Svētmoceklis Rīgas Ioans. Ciešanu ceļš” (Священномученик Иоанн Рижский. На страстном пути; režisors Nikolajs Vasiļjevs, Николай Михайлович Васильев, 2022).

J. Pommers 20. gs. 20. gados būtiski līdzdarbojās un vadīja procesu, kas nodrošināja Pareizticīgās baznīcas Latvijā stabilizāciju. Viņš atjaunoja pēc kara izpostītos dievnamus, atguva uz Krieviju evakuētos Baznīcas rituāla priekšmetus, atjaunoja Rīgas Pareizticīgo garīgā semināra darbību. Būdams sabiedriski aktīvs, viņš atbalstīja kultūras biedrību un izdevēju darbību, īpašu uzmanību pievērsa krievu minoritātes tiesībām izglītībā un kultūras jomā. Pildīdams Saeimas deputāta pilnvaras, J. Pommers panāca Latvijas Pareizticīgās baznīcas juridiskā statusa noteikšanu, kas regulēja šīs konfesijas attiecības ar valsti.

Arhibīskapa nopelni Krievu Pareizticīgajā baznīcā galvenokārt ir saistīti ar viņa nelokāmo nostāju attiecībā uz Baznīcas kanoniskuma saglabāšanu darbības laikā Penzas eparhijā (cīņa pret atjaunotnes kustību). Viņa stingrā pozīcija, kā arī kreiso politisko ideju principiālā noraidīšana bija galvenais pretrunu iemesls attiecībās ar tiem baznīcēniem un politiķiem, kuri atbalstīja Pareizticīgās baznīcas Latvijā autokefāliju Konstantinopoles Patriarhāta jurisdikcijā.

Arhibīskapa traģiskā bojāeja un pašaizliedzīgā kalpošana pareizticīgo baznīcai jau 20. gs. beigās tika atzīta par kanonizācijas pamatu. Svētmocekļa Rīgas Ioana vārda piemiņa tiek godināta Baltkrievijas, Krievu, Latvijas un Serbijas pareizticīgajās baznīcās.