Nozīmīgākās koncepcijas bioģeogrāfijā ir evolūcija, izmiršana, izplatīšanās, endēmisms, invāzijas, vikariance. Viena no ietekmīgākajām teorijām bioģeogrāfijā un ekoloģijā ir salu bioģeogrāfijas teorija (theory of island biogeography), ko 20. gs. 60. gados izstrādāja amerikāņu ekologi Roberts Makarturs (Robert Helmer MacArthur) un Edvards Vilsons (Edward Osborne Wilson). Tā apraksta sugu skaitu kā dinamisku kopu, kuras lielums un sastāvs mainās atkarībā no sugu imigrācijas un izmiršanas attiecības. Imigrācija atkarīga no salas attāluma no kontinenta jeb sugu avota, bet izmiršana atkarīga no salas lieluma. Uz šīs teorijas pamata amerikāņu ekologs Stīvens Habls (Stephen P. Hubbell) izstrādāja vienoto neitrālo biodaudzveidības un bioģeogrāfijas teoriju (unified neutral theory of biodiversity and biogeography), kas apraksta ne vien sugu skaitu uz salas un kontinentā, bet arī relatīvo sugas daudzumu, sugu skaita-teritorijas platības attiecību un sugu filoģenēzi ekoloģiskā dreifa, gadījuma rakstura izplatīšanās un sugu veidošanās procesu ietekmē. Teorija apvieno divas kontrastējošas, biodaudzveidību skaidrojošas pieejas. Nišas-biokopas pieeja (niche-assembly) apskata biokopas (ekoloģiskās sabiedrības) kā sugu kopumu, kas pastāv līdzsvarā strikti nodalītās nišās limitētu resursu apstākļos. Izplatīšanās-biokopas pieeja (dispersal-assembly) skaidro biokopas kā atvērtas, nepārtraukti mainīgas nelīdzsvara sugu kopas, kuru pastāvēšanu nosaka sugu veidošanās, izplatīšanās, ekoloģiskā dreifa un izmiršanas procesi.