Ūdeņu bioloģiskās kontroles metodes iedalāmas divās grupās: 1.) ekoloģiskās metodes (aprakstoši analītiskās metodes brīvā dabā); 2.) fizioloģiskās un ķīmiskās metodes (eksperimentāli ekoloģiskās metodes tiek veiktas speciālās laboratorijās). Ekoloģisko metožu pamatā ir atziņa, ka organismu daudzveidība un skaits, to sastāvs biocenozēs atbilst kopējai ekoloģiskai situācijai ūdeņos un vienlaikus atspoguļo arī ūdens fizikālās un ķīmiskās īpatnības. Ekoloģisko metožu priekšrocības, salīdzinot ar fizikālajām un hidroķīmiskajām metodēm, balstās uz to, ka dzīvie organismi ir ļoti jutīgi pret vides izmaiņām, jo īpaši pret piesārņojumu, kuru grūti konstatēt ar ķīmiskām metodēm, bet dzīvie organismi, to klātbūtne un fizioloģiskais stāvoklis rāda piesārņojuma paliekošo efektu ūdenstilpē. Tā kā organismi dzīves laikā pakļauti atšķirīgām ūdens kvalitātes ietekmēm, tad tie uzrāda kopējo ietekmju paliekošo efektu. Ekoloģisko metožu galvenais trūkums ir, ka nav iespējams iegūt konkrētu slēdzienu par ūdens piesārņojuma apjomu, piesārņojošo vielu veidu un daudzumu. Saskaņā ar Eiropas Savienības, Eiropas parlamenta un padomes direktīvu 2000/60/EK (23.10.2000.), ar ko izveido sistēmu Kopienas rīcībai ūdens resursu politikas jomā (OV L 327, 22.12.2000.), bioloģiskie kritēriji (ekoloģiskās metodes) ūdeņu vides kvalitātes novērtēšanai tiek uzskatīti kā noteicošie, kurus papildina hidromorfoloģiskie, fizikāli ķīmiskie un ķīmiskie kritēriji.

Limnoloģisko paraugu ievākšana Zēņu dīķī. Kolka, 07.2011.
Fotogrāfs Ivars Druvietis.