Histoloģijas pētījumi Latvijas teritorijā aizsākās 20. gs. 20. gados Latvijas Universitātes (LU) Medicīnas fakultātes histoloģijas institūtā. Latvijas pirmā histoloģe bija Ausma Bebre, bet histoloģijas skolas aizsācējs ir profesors Jānis Arnolds Eglītis. Histoloģijas skolas izveidi secīgi turpinājuši profesors Konstantīns Bogojavļenskis (Константин Сергеевич Богоявленский), Aina Dālmane un Māra Pilmane. Nozīmīgākie mūsdienu pētījumi ir saistīti ar šūnu kultūrām un citoloģiju, kā arī ar kompleksu audu faktoru izpēti diagnostiski prognostisko algoritmu izveidei dažādu slimību morfopatoģenēzē. Aktuālākās strādājošās laboratorijas ir Rīgas Stradiņa universitātes (RSU) morfoloģijas, starpkatedru elektronmikroskopijas un in situ hibridizācijas laboratorijas.

Viens no šūnu teorijas pamatlicējiem – vācu botāniķis Matiass Šleidens (Matthias Jakob Schleiden) – 18. gs. beigās bija Rīgā un lasīja interesentiem lekciju par specialitātes tēmu. Vācu modernās šūnu patoloģijas radītājs Rūdolfs Virhovs (Rudolf Ludwig Karl Virchow) ļoti interesējās par Livonijas, tostarp baltu sentautu, galvaskausu pētījumiem 18. gs. 70. gados, par ko nolasīja ziņojumu Berlīnes Vācu antropologu biedrībā (Deutsche Gesellschaft der Anthropologen in Berlin) Berlīnē. Pirmos 2000 histoloģiskos preparātus uz Latviju atveda zviedru anatomijas profesors Gastons Bakmans (Gaston Victor Backman), kurš tos saņēma dāvinājumā jaunajai LU Medicīnas fakultātei no sava dvīņubrāļa histologa Eižena Bakmaņa (Eugène Louis Backman). Pirmā lekcija histoloģijā tika nolasīta 13.02.1920., un histoloģijas institūts (kabinets) tika izveidots tā paša gada aprīlī. No 1925. gada līdz 1930. gadam obligāto histoloģijas un embrioloģijas kursu lasīja Maksis Brants. Docētāju trūkuma dēļ priekšmetu vairākkārtīgi apvienoja vienā institūtā ar anatomiju, pēdējo reizi to darot 1929. gadā. Pirmā latviešu histoloģe A. Bebre sagatavoja un izdeva 1927. gadā pirmo histoloģijas mācību līdzekli latviešu valodā “Īss normālās histoloģijas kurss”. Par Latvijas histoloģijas skolas aizsācēju uzskatāms J. A. Eglītis no Anatomijas un histoloģijas institūta, kurš aizstāvēja divas disertācijas: 1940. gadā – “Histoloģiski-embrioloģiski pētījumi par rodenta tūpļa apvidus dziedzeriem”, saņemot Kultūras fonda promocijas darbu balvu, un 1942. gadā – habilitētā medicīnas doktora grādam darbu “Muguras smadzeņu kaudālās daļas attīstība. Neuroporus secundarius”. Irma Eglīte-Liepiņa strādāja histoloģijā no 1932. gada un sagatavoja disertāciju par liesas artērijas līkumainības cēloņiem, bet nepaguva to aizstāvēt Latvijā. 1944. gadā kopā ar vīru J. A. Eglīti devās bēgļu gaitās uz Vāciju, kur strādāja Baltijas Universitātē (Baltische Universität), bet no 1951. gada – Ohaio pavalsts Kolumbusas Pavalsts Universitātē (Columbus State University), kur strādāja kā profesori – J. A. Eglītis no 1955. gada, bet I. Eglīte-Liepiņa – no 1967. gada. 

Padomju okupācijas laikā histoloģiju nopietni attīstīja no Kurskas medicīnas institūta (Курский медицинский институт) ataicinātais bioloģijas profesors K. Bogojavļenskis, kurš uzsāka plašus nukleīnskābju un citoloģijas pētījumus. Profesora K. Bogojavļenska skolniece A. Dālmane kļuva par secīgu Latvijas histologu skolas turpinātāju un izstrādāja šādas medicīnas zinātņu kandidāta un medicīnas zinātņu doktora disertācijas: 1955. gadā – “Dzeltenuma veidošanās morfoloģija un histoķīmija vistas ovocītos” un 1967. gadā – “Zīdītāju olnīcu funkcionālā morfoloģija” (Функциональная морфология яичников млекопитающих; Но. 773 – Гистология). A. Dālmane vadīja histoloģijas katedru no 1965. gada līdz 1993. gadam. Profesores nopelns ir pareizas terminoloģijas izveide histoloģijā un pirmās mācību grāmatas “Histoloģija” (1990) uzrakstīšana latviešu valodā. Profesore bija izcila histoloģisko attēlu zīmētāja, un viņas radītie morfoloģiskie attēli līdztekus mikrofotogrāfijām arī apkopoti mācību atlantā “Histoloģijas atlants” (2005). 

Histoloģijas katedras vadību LU 1994. gadā pārņēma M. Pilmane, kura aizstāvēja medicīnas doktora un habilitētā medicīnas doktora disertācijas: 1993. gadā – “Ar hroniskām nespecifiskām slimībām slimu bērnu bronhu un plaušu parenhīmas vietējās aizsardzības sistēmas nozīme kompensatori adaptīvās reakcijās” un 1997. gadā – “Plaušu difūzās neiroendokrīnās sistēmas imūnhistoķīmiskie un radioimūnhistoķīmiskie pētījumi dažāda vecuma ar nespecifiskām un specifiskām slimībām slimiem cilvēkiem”, pēc tam uzsākot plašu imūnhistoķīmijas metodes ieviešanu histoloģijā.

No 1998. gadā Latvijā ir divas medicīnas fakultātes – RSU un LU. LU Anatomijas un histoloģijas katedru izveidoja M. Pilmane, kļūstot par LU profesori 1998. gadā un nostrādājot tur līdz 2001. gadam. No 2001. gada M. Pilmane vada RSU Anatomijas un antropoloģijas institūtu un Histoloģijas katedru; no 2002. gada – Histoloģijas un embrioloģijas katedru, bet no 2009. gada – apvienoto Morfoloģijas katedru. Katedras darbs iekļauj histoloģijas akadēmiskās skolas turpināšanu un morfoloģijas popularizēšanu (no 2000. gada aizstāvētas ap 30 doktora disertācijas, kurās ar morfoloģijas metodēm risināti klīnikai aktuāli jautājumi). Mācību procesā regulāri piedalās ārvalstu vieslektori, izveidota morfoloģijas laboratorija ar plašu imūnhistoķīmijas metožu pielietošanu, darba uzsākusi in situ laboratorija, kas ir vienīgā tāda Baltijā; regulārs ir starpkatedru elektronmikroskopijas laboratorijas (SEL) darbs. Katedra organizējusi starptautiskās un atjaunojusi regulārās Baltijas Morfologu zinātniskās konferences, organizē ikgadējās studentu starptautiskās morfoloģijas zinātņu konferences.

Galvenie saņemtie apbalvojumi histoloģijā: 2004. gadā – Lauksaimniecības Ministrijas konkursa balvu “Sējējs” ieguva M. Pilmane; 2014. gadā Jēkaba Prīmaņa balva par zinātnisko veikumu – Anatomijas un antropoloģijas institūta anatomisko eksponātu saglabāšanu un embrioloģijas ekspozīcijas izveidošanu – ieguva M. Pilmane, 2017. gadā Tartu Universitātes (Tartu Ülikool) Augusta Raubera balvu par zinātnisko sakaru attīstīšanu starp universitātēm un pētījumiem embrioloģijā ieguva M. Pilmane; 2017. gadā – Latvijas Zinātņu akadēmijas (LZA) un Zinātnes fonda apbalvojums par nozīmīgāko gada Latvijas zinātnes sasniegumu Valērijai Gromai un Sandrai Skujai; 2019. gadā – LZA prezidenta goda raksts par gada nozīmīgāko sasniegumu zinātnē M. Pilmanei. SEL darbinieces Valda Zalcmane un V. Groma ir uzrakstījušas arī grāmatas: 2004. gadā – atlantu “Šūnas ultrastruktūra” un 2012. gadā – mācību grāmatu “Šūna: uzbūve, funkcijas, molekulārie pamati”. Savukārt LU Anatomijas un histoloģijas katedrā par histoloģijas profesoru 2008. gadā kļuva Jurijs Markovs, kurš, atainojot kombinētus struktūras un funkcijas aspektus, sarakstījis vairākas mācību grāmatas medicīniskās histoloģijas jomā. 

RSU morfoloģijas laboratorijā nodrošina histoķīmiskās un imūnhistoķīmiskās metodes: fluorescences, biotīna avidīna, biotīna streptavidīna; in situ hibridizāciju; TUNEL tehniku; šūnu kultūras pētījumus. Galvenie pētījumu virzieni ir starpdisciplināri:

1. difūzā neiroendokrīnā sistēma/pulmonoloģija: doktora grādu ieguvusi Aurika Babjoniševa (2007);
2. starpdisciplināri/eksperimentāli pētījumi par slimības skartu audu faktoru/molekulāro notikumu izpēti: bērnu ķirurģijā/morfoloģijā doktora grādu ieguvuši: Dzintars Mozgis (2004), Zane Ābola (2007) un Olafs Volrāts (2011);
3. zobārstniecībā/morfoloģijā doktora grādu ieguvuši: Kaspars Stāmers (2010), Zane Lauriņa (2011), Iveta Jankovska (2011) un Māris Gržibovskis (2015);
4. dermatoloģijā/morfoloģijā doktora grādu ieguvuši: Māra Rone (2008), Olga Zaikovska (2015) un Elga Sidhoma (2015);
5. doktora grādu ieguvušas: neiroloģijā un morfoloģijā Arta Bārzdiņa (2013), neonatoloģijā un morfoloģijā Ilze Kreicberga (2014), otorinolaringoloģijā un morfoloģijā Gunta Sumeraga (2018).

Biomateriālu un to struktūras biosaderību dažādos laika periodos pēc implantācijas pētījuši un medicīnas doktora grādu šinī jomā ieguvuši: Ilze Šalma (2009), Ģirts Šalms (2013), Jolanta Vamze (2016), Aigars Reinis (2016) un Jānis Zariņš (2020).

RSU SEL nodrošina ultrastruktūru pētījumus ar caurejošo un skenējošo elektronmikroskopu. Elektronmikroskopijas metodes izmantošana ļāvusi grādu iegūt sekojošās starpdisciplinārās jomās: neiroloģija/morfoloģija – Sandra Skuja (2016), dermatoloģija/morfoloģija – Ilze Upeniece (2018), ķirurģija/morfoloģija – Ints Bruņenieks (2020). Abās RSU laboratorijās izstrādāti vairāk nekā 32 gan Latvijas, gan starptautiski zinātniskie projekti. 

Nozīmīgākās organizācijas ir Klīniski integrētās morfoloģijas asociācija (KIMA), kas dibināta 2000. gadā, un Latvijas anatomu, histologu un embriologu biedrība (LAHEB), kas dibināta 1997. gadā.

Nozīmīgākie periodiskie izdevumi histoloģijā Latvijā ir ikgadējās studentu morfoloģisko zinātņu konferenču tēzes (Abstract book of the annual students morphology scientific conference, kopš 1994. gada; Riga Stradins University).