Pētniekiem nav pieejams Vissavienības Komunistiskās (boļševiku) partijas Centrālās Komitejas (VK(b)P CK) un PSRS Tautas Komisāru padomes (TKP) lēmums par deportācijām no Baltijas republikām. Nereti autori atsaucas uz 1941. gada 14. maija lēmumu “Par sociāli svešo elementu izsūtīšanu no Baltijas republikām, Rietumukrainas, Rietumbaltkrievijas un Moldāvijas”, norādot arī lēmuma numuru – 1299-526ps (ps – pilnīgi slepeni). Lēmums 14.05. ar šādu numuru tika pieņemts par deportāciju no Rietumukrainas, taču šī deportācija būtiski atšķīrās no akcijas Baltijā.
Vienīgais dokuments, kas ir vēsturnieku rīcībā, ir iekšlietu tautas komisāra Lavrentija Berijas (Лаврeнтий Павлович Бeрия) un valsts drošības tautas komisāra Vjačeslava Merkulova (Всеволод Николаевич Меркулов) Josifam Staļinam (krievu Иосиф Виссарионович Джугашвили/Сталин, gruzīnu იოსებ სტალინი) 16.05. iesniegtais lēmuma projekts “Par pasākumiem Lietuvas, Latvijas un Igaunijas PSR attīrīšanai no pretpadomju, krimināliem un antisociāliem elementiem”. Projektu sākumā izstrādāja Lietuvai, bet pēdējā brīdī tajā iekļāva arī Latviju un Igauniju. Nav zināms, vai J. Staļins projektu patiešām apstiprināja, bet dokumenti liecina, ka akcija tika īstenota atbilstoši lēmuma projektā izvirzītajiem noteikumiem.
Deportējamie tika sadalīti trīs lielās grupās pēc politiskās bīstamības kritērijiem. Pirmā un vislielākā grupa bija “pretpadomju elementi” (“kontrrevolucionāro” partiju un sabiedrisko organizāciju biedri, agrākā valsts varas aparāta augstākie ierēdņi, pārstāvji, policisti, virsnieki, fabrikanti, tirgotāji, namīpašnieki, lielie zemes īpašnieki u. c. pret padomju okupācijas varu naidīgi noskaņotas personas). Šajā grupā ietilpstošos ģimenes apgādniekus, bet faktiski arī pārējos pilngadīgos vīriešus bija paredzēts arestēt, ievietot nometnēs, ar PSRS Iekšlietu Tautas komisariāta (IeTK) Sevišķās apspriedes lēmumu piespriest ieslodzījumu nometnē no 5 līdz 8 gadiem, bet pēc soda izciešanas nosūtīt nometinājumā uz 20 gadiem. Viņu ģimenes locekļus (sievietes, bērnus un pusaudžus līdz 16 gadu vecumam, seniorus virs 70 gadu vecuma) gaidīja nometinājums uz 20 gadiem. Šīm ģimenēm tika piemērota mantas konfiskācija. Ģimenes, kuras bija repatriējušās no Vācijas, vai arī tās, kuras bija pieteikušās repatriācijai, bet pēc tam pārdomājušas, nebija paredzēts izšķirt, bet gan nosūtīt nometinājumā uz 20 gadiem.
Otrā un trešā grupa bija mazskaitlīgākas – kriminālelementi (recidīvisti) un “antisociālie elementi” – prostitūtas. Kriminālnoziedzniekus bija paredzēts deportēt bez ģimenēm, ar mantas konfiskāciju un ievietot nometnēs uz 5–8 gadiem, bet pēc soda izciešanas nosūtīt uz 20 gadiem nometinājumā. Prostitūtas bija paredzēts izsūtīt nometinājumā uz Kazahstānu uz pieciem gadiem. Kriminālnoziedznieku un prostitūtu iekļaušana deportējamo sarakstos atbilda noziedzības un deviantās uzvedības politizācijas praksei, kas pastāvēja PSRS kopš 1933. gada, kad J. Staļins cīņu ar noziedzniekiem un margināliem elementiem pasludināja par šķiru cīņas formu.
Lēmums formāli uzlika atbildību par paredzēto pasākumu izpildi Baltijas republiku Kompartiju Centrālajām Komitejām (CK) un republiku valsts drošības tautas komisariātiem (VDTK), IeTK, bet PSRS VDTK un IeTK uzdeva “palīdzēt” republikām.
Sīkāk akcijas sagatavošanu un realizāciju vajadzēja izskaidrot speciālās VDTK un IeTK instrukcijās, kas pētniekiem nav pieejamas, izņemot ar 14.06. datēto IeTK plānu deportējamo no Baltijas un Moldāvijas etapēšanai, nometināšanai un iekārtošanai darbā. Bieži tiek apgalvots, ka deportāciju īstenoja atbilstoši VDTK vietnieka Ivana Serova (Ивaн Алексaндрович Серoв) instrukcijai, taču tā skaidroja tikai daļu no operācijas – deportējamo ģimeņu arestu procedūru, operatīvo grupu sastāvu u. tml.