Mūzikas pedagoģijas vēsture saistīta ar skolu rašanos, kultūras un sabiedrības attīstību. Senajā Grieķijā mūzika bija viens no harmoniskas personības audzināšanas līdzekļiem. Sengrieķu filozofs Platons (Πλάτων) darbā “Valsts” (Πολιτεία) uzsver mūzikas nepieciešamību garīgi pilnvērtīgu pilsoņu tapšanā, jo tā māca savaldību un lēnprātību, bet Aristotelis (Ἀριστοτέλης) darbā “Valstslietas” (Πολιτικά) pauž pārliecību, ka mūzika spēj ietekmēt cilvēka psihi un morālās īpašības.
Eiropā, sākot ar viduslaikiem, mūzikas pedagoģija attīstījās trīs virzienos: tradicionālā mūzika, baznīcas mūzika un laicīgā mūzika. Vecāki ar tradicionālās mūzikas palīdzību audzināja savus bērnus, bet ceļojošo muzikantu un aktieru grupas iezīmēja viduslaiku laicīgās mūzikas attīstības tendences. Šajā periodā mūzikas pedagoģija dominēja speciālās baznīcas skolās un klosteros, kuros baznīcas koristiem mācīja dziedāt reliģiska satura dziesmas. Lai vieglāk varētu iemācīties dziedāt dziesmas, radās nepieciešamība pēc mūzikas pieraksta. To 11. gs. izgudroja priesteris un mūzikas skolotājs Gvido no Areco (Guido d'Arezzo) Itālijā.
Renesanses laikmetā skolēni mācījās liturģisko dziedāšanu. Šajā periodā arvien vairāk attīstījās laicīgās mūzikas kultūra, kurai raksturīga muzicēšana salonos un muzikālā izglītošanās ģimenēs.
Apgaismības laikmetā Žans Žaks Ruso (Jean-Jacques Rousseau) iesaistījās mūzikas izglītības sistēmas pilnveidē, radot ciparu notāciju. Izmantojot šo metodi, notis pierakstīja ar cipariem, bet dziedāja ar nošu nosaukumiem.
19. gs. mūzikas pedagoģijas attīstību veicināja mūzikas apguves iespējamība visām sociālajām grupām. 20. gs. mūzikas pedagoģijā tika izstrādātas vairākas atšķirīgas metodiskās pieejas. 20. gs. sākumā Šveices komponists un pedagogs Emīls Žaks-Dalkrozs (Emile Jaques-Dalkroze) izveidoja ritmiskās audzināšanas sistēmu, kuras pamatā ir ritmika, solfedžo un improvizācija. Vingrinājumu izpildīšanā svarīga ir secība – no vienkāršākā uz sarežģītāko, no elementāru mūzikas izteiksmes līdzekļu apguves līdz skaņdarba interpretēšanai kustībās. Vācu mūzikas pedagogs un komponists Karls Orfs (Carl Heinrich Maria Orff) 20. gs. 20. gados izveidoja muzikālās audzināšanas sistēmu, kura apvienoja mūziku un kustību, runu un drāmu. K. Orfa muzikālās audzināšanas sistēmā skolēni lielākoties radīja mūziku improvizējot ‒ dziedāja, spēlēja elementāros mūzikas instrumentus un dejoja individuāli vai grupās. K. Orfs ticēja, ka neatkarīgi no piemītošajām muzikālajām spējām iespējams atklāt katra cilvēka dabisko muzikālo talantu. 20. gs. vidū ungāru mūzikas pedagogs un komponists Zoltāns Kodājs (Kodály Zoltán) izveidoja mūzikas mācīšanas metodi, kuras pamatā ir relatīvā solmizācija. Z. Kodāja izveidotā metode paredz, ka dziedāšanā izmanto rokas zīmes, kuras palīdz attīstīt pakāpju izjūtu. Japānā neilgi pēc Otrā pasaules kara Šiniči Suzuki (鈴木 鎮, Shinichi Suzuki) izveidoja mācību metodi, kuru lieto, lai mācītos spēlēt mūzikas instrumentus. Šīs metodes pamatā ir uzskats, ka vispirms jāmācās spēlēt mūzikas instrumentu, bet pēc tam notis. Svarīga ir sociāla mijiedarbība ar vienaudžiem un vecāku līdzdalība. 20. gs. otrajā pusē amerikāņu pētnieks un mūzikas pedagogs Edvīns Gordons (Edwin Gordon) radīja mūzikas mācīšanās teoriju, kuras pamatā ir audiācija. Teorijas pamatā ir līdzība starp to, kā indivīds mācās valodu, un to, kā iemācās radīt un saprast mūziku.