Mācoties Kuldīgas skolā, vienlaikus strādāja sērkociņu fabrikā “Vulkāns”, darbojās Kuldīgas latviešu biedrībā. 09.1891. brīvprātīgi iestājās Unteroficieru mācību bataljonā Rīgā. Bataljona mācību kursu beidza 08.1893., jaunākais unteroficieris 105. Orenburgas kājnieku pulkā Viļņā, 12.1893. paaugstināts par vecāko unteroficieri, no 09.1894. – virsdienestā. Pēc junkurskolas beigšanas no 08.1897. iedalīts 2., 11.1897. – 3. Kauņas cietokšņa kājnieku pulkā. Podpraporščiks (08.1897.), podporučiks (11.1897.), poručiks (04.1902.), štābkapteinis (10.1905.), kapteinis (11.1909.), apakšpulkvedis (09.1912.), pulkvedis (09.1916.). 06.1902. pārvietots uz Unteroficieru mācību bataljonu Rīgā, bija jaunākais virsnieks. Pēc akadēmijas beigšanas 09.1909. pārvietots uz 3. Kauņas cietokšņa kājnieku bataljonu, bija rotas komandieris. No 09.1910. dienēja 100. Ostrovas kājnieku pulkā Daugavpilī, no 09.1912. – 102. Vjatkas kājnieku pulkā Grodņā, 4. bataljona komandieris. Sākoties Pirmajam pasaules karam 08.1914., pulka sastāvā uzreiz iesaistījās kaujās ar Vācijas armiju Austrumprūsijā, pēc tam Polijā. 11.1914. kaujā kontuzēts un ievainots kājā ar šautenes lodi, evakuēts uz hospitāli aizmugurē. Pēc izārstēšanās no 02.1915. taktikas pasniedzējs Viļņas karaskolā. 11.1915. iecelts par 5. Zemgales latviešu strēlnieku bataljona komandieri Ziemeļu frontes Rīgas sektorā (11.1916. latviešu strēlnieku bataljoni pārformēti par pulkiem; pulka komandieris). 1917. gada vasarā un rudenī aktivizēja jau iepriekšējā gadā aizsāktos centienus panākt taktiskās vienības – latviešu korpusa – izveidošanu no strēlnieku pulkiem. 12.1917. iecelts par Padomju Krievijas Revolucionārā lauka štāba Operatīvās daļas priekšnieku, latviešu strēlnieku korpusa komandieri un pēc tam visas 12. armijas pavēlnieku, taču abos pēdējos amatos J. Vācietis nepaspēja darboties vispārīgās militāri politiskās situācijas dēļ. 01.1918. J. Vācietis vadīja 1. poļu korpusa pakļaušanas mēģinājumu Baltkrievijā, 02.1918. devās uz Maskavu, iecelts par Armijas un flotes Centrālās izpildu komitejas Revolucionārā lauka štāba apvienotās komitejas priekšsēdētāju. No 13.04.1918. Sarkanās armijas Latviešu strēlnieku padomju divīzijas komandieris, 07.1918. vadīja sociālistu revolucionāru sacelšanās apspiešanu Maskavā. No 18.07.1918. Austrumu frontes pavēlnieks, vadīja cīņas pret čehoslovāku korpusu un krievu pretlieliniecisko spēku vienībām, kas to atbalstīja. 02.09.1918. iecelts par Padomju Krievijas bruņoto spēku virspavēlnieku. No 01.1919.–03.1919. vienlaikus arī Padomju Latvijas armijas virspavēlnieks. 25.06.1919. apcietināts, jo tika apsūdzēts bijušo virsnieku atbalstīšanā un “kontrrevolucionārā darbībā”. 07.10.1919. izdots rīkojums par atbrīvošanu, atbrīvots, piekomandēts Kara revolucionārajai padomei “sevišķi svarīgu uzdevumu izpildei” (piemēram, bija komisijas priekšsēdētājs, kas nodarbojās ar jautājumiem par pāriešanu uz milicijas sistēmu valsts aizsardzības lietās). No 1920. gada Sarkanās armijas Ģenerālštāba akadēmijas (Aкадемия Генерального штаба, 1921. gadā pārdēvēta par akadēmiju, 1925. gadā piešķirts Mihaila Frunzes, Михаил Васильевич Фрунзе, vārds) pasniedzējs Maskavā. Pasniedza militārās mākslas vēsturi, militāri sabiedrisko psiholoģiju, bija katedras vadītājs, no 1927. gada – profesors. 1935. gadā piešķirta II ranga armijas komandiera dienesta pakāpe. Sarakstīja daudz darbu militārajā vēsturē Pirmā pasaules kara un Krievijas pilsoņu kara norišu un procesu jautājumos. 29.11.1937. apcietināts, apsūdzot par dalību “latviešu kontrrevolucionārā organizācijā”. 28.07.1938. PSRS Augstākās Tiesas Kara kolēģija Maskavā J. Vācietim piesprieda nāvessodu, nošaujot par “spiegošanas darbību Vācijas un Latvijas izlūkdienestiem, nodevību Pilsoņu kara frontēs, atrodoties visu Republikas bruņoto spēku virspavēlnieka amatā, militāras slepenas fašistiskas latviešu spiegošanas organizācijas izveidošanu cīņai ar padomju varu”.