Dzimis muižas vecākā kalpa Jukuma Vācieša daudzbērnu ģimenē. Mācījies Šķēdes pagasta un Jaunmuižas skolā. 1891. gadā beidzis Kuldīgas ministrijas skolu. 1895. gadā iestājās un 1897. gadā ar I šķiru beidza Viļņas kājnieku junkurskolu (Виленское военное училище). No 10.1906. mācījās un 05.1909. ar II šķiru izgāja pilnu kursu Nikolaja Ģenerālštāba akadēmijā (Николаевская академия Генерального штаба). No 1922. gada mācījās un vēlāk absolvēja 1. Maskavas Valsts universitātes (Московский государственный университет) Sabiedrisko zinātņu fakultāti.

1904. gadā apprecējās ar Rīgas vācbaltiešu būvuzņēmēja meitu Margaretu Adolfīni Otīliju Kergeri. Meitas Irēna un Vera, dēls Joahims. Ģimene 09.1921. atgriezās Latvijā no Padomju Krievijas. Sieva un meitas 11.1939. izceļoja uz Vāciju un pēc kara dzīvoja Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV).

Mācoties Kuldīgas skolā, vienlaikus strādāja sērkociņu fabrikā “Vulkāns”, darbojās Kuldīgas latviešu biedrībā. 09.1891. brīvprātīgi iestājās Unteroficieru mācību bataljonā Rīgā. Bataljona mācību kursu beidza 08.1893., jaunākais unteroficieris 105. Orenburgas kājnieku pulkā Viļņā, 12.1893. paaugstināts par vecāko unteroficieri, no 09.1894. – virsdienestā. Pēc junkurskolas beigšanas no 08.1897. iedalīts 2., 11.1897. – 3. Kauņas cietokšņa kājnieku pulkā. Podpraporščiks (08.1897.), podporučiks (11.1897.), poručiks (04.1902.), štābkapteinis (10.1905.), kapteinis (11.1909.), apakšpulkvedis (09.1912.), pulkvedis (09.1916.). 06.1902. pārvietots uz Unteroficieru mācību bataljonu Rīgā, bija jaunākais virsnieks. Pēc akadēmijas beigšanas 09.1909. pārvietots uz 3. Kauņas cietokšņa kājnieku bataljonu, bija rotas komandieris. No 09.1910. dienēja 100. Ostrovas kājnieku pulkā Daugavpilī, no 09.1912. – 102. Vjatkas kājnieku pulkā Grodņā, 4. bataljona komandieris. Sākoties Pirmajam pasaules karam 08.1914., pulka sastāvā uzreiz iesaistījās kaujās ar Vācijas armiju Austrumprūsijā, pēc tam Polijā. 11.1914. kaujā kontuzēts un ievainots kājā ar šautenes lodi, evakuēts uz hospitāli aizmugurē. Pēc izārstēšanās no 02.1915. taktikas pasniedzējs Viļņas karaskolā. 11.1915. iecelts par 5. Zemgales latviešu strēlnieku bataljona komandieri Ziemeļu frontes Rīgas sektorā (11.1916. latviešu strēlnieku bataljoni pārformēti par pulkiem; pulka komandieris). 1917. gada vasarā un rudenī aktivizēja jau iepriekšējā gadā aizsāktos centienus panākt taktiskās vienības – latviešu korpusa – izveidošanu no strēlnieku pulkiem. 12.1917. iecelts par Padomju Krievijas Revolucionārā lauka štāba Operatīvās daļas priekšnieku, latviešu strēlnieku korpusa komandieri un pēc tam visas 12. armijas pavēlnieku, taču abos pēdējos amatos J. Vācietis nepaspēja darboties vispārīgās militāri politiskās situācijas dēļ. 01.1918. J. Vācietis vadīja 1. poļu korpusa pakļaušanas mēģinājumu Baltkrievijā, 02.1918. devās uz Maskavu, iecelts par Armijas un flotes Centrālās izpildu komitejas Revolucionārā lauka štāba apvienotās komitejas priekšsēdētāju. No 13.04.1918. Sarkanās armijas Latviešu strēlnieku padomju divīzijas komandieris, 07.1918. vadīja sociālistu revolucionāru sacelšanās apspiešanu Maskavā. No 18.07.1918. Austrumu frontes pavēlnieks, vadīja cīņas pret čehoslovāku korpusu un krievu pretlieliniecisko spēku vienībām, kas to atbalstīja. 02.09.1918. iecelts par Padomju Krievijas bruņoto spēku virspavēlnieku. No 01.1919.–03.1919. vienlaikus arī Padomju Latvijas armijas virspavēlnieks. 25.06.1919. apcietināts, jo tika apsūdzēts bijušo virsnieku atbalstīšanā un “kontrrevolucionārā darbībā”. 07.10.1919. izdots rīkojums par atbrīvošanu, atbrīvots, piekomandēts Kara revolucionārajai padomei “sevišķi svarīgu uzdevumu izpildei” (piemēram, bija komisijas priekšsēdētājs, kas nodarbojās ar jautājumiem par pāriešanu uz milicijas sistēmu valsts aizsardzības lietās). No 1920. gada Sarkanās armijas Ģenerālštāba akadēmijas (Aкадемия Генерального штаба, 1921. gadā pārdēvēta par akadēmiju, 1925. gadā piešķirts Mihaila Frunzes, Михаил Васильевич Фрунзе, vārds) pasniedzējs Maskavā. Pasniedza militārās mākslas vēsturi, militāri sabiedrisko psiholoģiju, bija katedras vadītājs, no 1927. gada – profesors. 1935. gadā piešķirta II ranga armijas komandiera dienesta pakāpe. Sarakstīja daudz darbu militārajā vēsturē Pirmā pasaules kara un Krievijas pilsoņu kara norišu un procesu jautājumos. 29.11.1937. apcietināts, apsūdzot par dalību “latviešu kontrrevolucionārā organizācijā”. 28.07.1938. PSRS Augstākās Tiesas Kara kolēģija Maskavā J. Vācietim piesprieda nāvessodu, nošaujot par “spiegošanas darbību Vācijas un Latvijas izlūkdienestiem, nodevību Pilsoņu kara frontēs, atrodoties visu Republikas bruņoto spēku virspavēlnieka amatā, militāras slepenas fašistiskas latviešu spiegošanas organizācijas izveidošanu cīņai ar padomju varu”.

J. Vācietis saistībā ar darbību Sarkanās armijas augstākajos amatos Krievijas pilsoņu kara pirmajā posmā un viņam piedēvētajiem, zināmā mērā pārspīlētajiem nopelniem – personības loma nevarēja būt noteicoša lielinieku varas uzvarā Pilsoņu karā kopumā – ir viens no Latvijas, Krievijas un pasaules vēsturē kopumā pazīstamākajiem latviešiem.

Latvijas vēsturē J. Vācietis bija viens no latviešu strēlnieku pulku komandieriem Pirmā pasaules kara cīņās, zināmā mērā pateicoties vēlākajai darbībai un attieksmei pret to padomju okupācijas režīma laikā – vēsturiskajā atmiņā viens no redzamākajiem un pat mitoloģizētākajiem strēlnieku komandieriem. Tāpat kā nācijas sarežģītā vēsture kopumā, arī J. Vācieša personība ir pretrunīga, kontrastiem pilna. Viens no tiem ir saistīts ar viņa nostāju nacionālajā jautājumā gan Pirmā pasaules kara, gan Krievijas pilsoņu kara laikā un pēc tā, pastāvīgi uzsverot latviešu tautas cīņu par tiesībām uz savu valsti. Šāda nostāja nebija izplatīta Sarkanās armijas komandieru latviešu vidū. J. Vācietis bija nacionāli noskaņots, taču ne izcila militārpersona, spējīgs publicists. Nebūdams lielinieks, viņš politisko un militāro apstākļu ietekmē 1917.–1918. gadā iesaistījās lielinieku režīma atbalstīšanā. 1918.–1919. gadā izmantoja savu Krievijas armijā un Ģenerālštāba akadēmijā izkopto profesionalitāti, lai izveidotu un nostiprinātu Sarkano armiju (J. Vācietis panāca neregulāru, nedisciplinētu vienību pārveidi kaujasspējīgā regulārā armijā), sekmīgi cīnītos ar tās pretiniekiem. J. Vācieša piesliešanās lieliniekiem izskaidrojuma gan ar viņa personiskajām īpašībām (vēlme palikt kopā ar saviem strēlniekiem, godkāre), gan ar latviešu strēlnieku vienību neviennozīmīgi vērtējamo situāciju Krievijas pilsoņu kara apstākļos, kas radīja t. s. sarkano strēlnieku fenomenu. Starpkaru periodā neatkarīgajā Latvijā bija informācija par J. Vācieša vēlmi atgriezties dzimtenē; avotos atrodama informācija par J. Vācieša rīcību, kas liecina par vēlēšanos ietekmēt strēlnieku apstākļus Padomju Krievijā un panākt viņu atgriešanos Latvijā.

Par nopelniem miera laika dienestā un kaujas nopelniem Pirmā pasaules kara laikā Krievijas armijas sastāvā J. Vācietis apbalvots ar Svētā Staņislava ordeni (II, III šķira, abi ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (II, III šķira, abi ar šķēpiem), Svētā Vladimira ordeni (IV šķira, ar šķēpiem). Par panākumiem mācību darbā Sarkanās armijas akadēmijā apbalvots ar Sarkanā Karoga ordeni, Sarkanās Zvaigznes ordeni.

Padomju okupācijas režīma laikā, pēc J. Vācieša reabilitācijas, viņa vēsturiskais tēls tika mitoloģizēts. J. Vācietis tika uztverts kā nopelniem bagāts un ievērojams cīnītājs par padomju iekārtu, būtībā tendenciozi traktējot, noklusējot un sagrozot vairākus viņa biogrāfijas aspektus. Neraugoties uz J. Vācieša nopelniem padomju varas nostiprināšanā, režīms viņa piemiņas saglabāšanā bija salīdzinoši atturīgs. Tajā pašā laikā J. Vācieša pretrunīgā personība un liktenis padomju okupācijas apstākļos 20. gs. 70.–80. gados kalpoja kā zināms “atļauts” un neoficiāls pretpadomiskās latviešu sabiedrības simbols. 1968. gadā Kuldīgā, pie skolas ēkas, kurā mācījās J. Vācietis, atklāta piemiņas plāksne (saglabāta). 1973. gadā Jaunmuižas kalpu mājā atklāts J. Vācieša piemiņas muzejs (Saldus novadpētniecības un mākslas muzeja filiāle Jaunlutriņos). Tā priekšā atrodas skulpturāls J. Vācieša tēls (tēlniece Lea Davidova-Medene). 1983. gadā J. Vācieša vārdā nosaukta iela Rīgā, Pļavniekos (nosaukums saglabāts); neatkarības atgūšanas laikā (12.1988.) atklāts piemiņas akmens pie Piņķu Svētā Nikolaja baznīcas, kur 19.07.1916. J. Vācietis uzrunāja strēlniekus (notikums iemūžināts Aleksandra Čaka dzejolī “Sprediķis Piņķu baznīcā”). 1958. gadā šī epizode un J. Vācietis pulkveža Rudzīša tēlā (lomā Roberts Mustaps) spilgti attēloti Pāvela Armanda spēlfilmā “Latviešu strēlnieka stāsts”.