Pirmie zemūdens pētījumi Latvijā, kas veikti vēsturiskas intereses dēļ, notika 1913.–1914. gadā Ziemupē, kur tā laika Ziemupes muižas īpašnieka, atvaļinātā Krievijas armijas virsnieka Ivana Gartonga (Иван Владимирович Гартонг) vadībā tika meklēts krievu līnijkuģa “Moskva” vraks, kas gāja bojā pie Ziemupes 1758. gadā. No kuģa tika izcelti vairāki lielgabali, taču, sākoties Pirmajam pasaules karam, pētījumi tika pārtraukti, un izcelto lielgabalu tālākais liktenis nav zināms.

“Moskva” vraka meklējumi tika atsākti 20. gs. 30. gados, taču šoreiz ar praktisku mērķi, – 25 kuģa čuguna lielgabalus un nezināmu daudzumu munīcijas izcēla pārkausēšanai Liepājā. Lai iegūtu Liepājā pārkausējamus metāllūžņus, starpkaru periodā Rietumkurzemes piekrastē darbojās vairākas latviešu uzņēmēju vadītas ekspedīcijas, kas saspridzināja un izcēla ievērojamu skaitu Pirmajā pasaules karā nogremdētu kuģu. Vairāki no tiem mūsdienās tiktu uzskatīti par vēsturiski ārkārtīgi vērtīgiem: 1934. un 1936. gadā tika saspridzināts un izcelts tvaikoņa “Saratov” vraks; šis kuģis Neatkarības kara laikā uz vairākiem mēnešiem bija kļuvis par Latvijas Pagaidu valdības mītni.

Starpkaru periods ir iezīmīgs arī ar 1938.–1939. gadā veiktajiem līdz šim vienīgajiem profesionālajiem kuģa vraka arheoloģiskajiem izrakumiem Latvijā, – būvējot jauno Armijas ekonomisko veikalu (tagad “Galerija Centrs”) Vecrīgā, tā būvbedrē kādreizējās Rīdziņas upes gultnē tika atrasts 13. gs. sākuma kravas kuģa vraks, t. s. “Rīgas kuģis”. Diemžēl daļa no izceltajām vraka konstrukcijām gāja bojā Otrā pasaules kara laikā, tā saglabājušās daļas aplūkojamas Rīgas Vēstures un kuģniecības muzejā.

Ar zemūdens pētniecību Baltijas jūrā padomju okupācijas periodā nebija iespējams brīvi nodarboties, tāpēc zemūdens pētījumi tika veikti iekšzemes ūdeņos. Iedvesmojoties no zemūdens niršanas pioniera Žaka Īva Kusto (Jacques-Yves Cousteau) un ievērojot folkloras liecības par ezeros nogrimušām baznīcām, ciemiem un pilīm, pirmais un līdz šim arī vienīgais profesionālais latviešu zemūdens arheologs Jānis Apals no 1959. līdz 1973. gadam pārbaudīja 103 dažādas iekšzemes ūdenstilpnes, atklājot jaunu arheoloģisko pieminekļu tipoloģisko grupu – ezermītnes. Visas desmit J. Apala atklātās ezermītnes atrodas Vidzemes augstienē un saistāmas ar senajiem latgaļiem, kas tās apdzīvojuši no 8. līdz 11. gs. J. Apals arī veica arheoloģiskos izrakumus divās no atklātajām ezermītnēm – nelielā apmērā Ušura ezermītnē, bet jau daudz lielākos apmēros Āraišu ezermītnē, kur desmit izrakumu sezonu laikā tika izpētītas ¾ visas ezermītnes platības. Izrakumi tika veikti, pazeminot ezera līmeni un atsūknējot pieplūstošo ūdeni no izrakumu laukumiem, jo šādi tos veikt bija daudz vienkāršāk nekā zemūdens vidē, līdz ar to šie nebija zemūdens arheoloģiskie izrakumi. Nirēju grupa J. Apala vadībā veica arī detalizētu Lisas ezermītnes stāvokļa zemūdens fiksāciju, kas uzskatāms par nopietnāko un detalizētāko šāda veida darbu Latvijas zemūdens arheoloģijas vēsturē. Nelieli izrakumi zemūdens apstākļos J. Apala vadībā 1967. gadā veikti Talsu Vilkumuižas ezerā zem ūdens līmeņa esošajos kuršu ugunskapos.

20. gs. 90. gados, Latvijai atjaunojot neatkarību, parādījās iespējas uzsākt pētniecību arī Baltijas jūrā, taču, trūkstot ieinteresētiem speciālistiem un organizatoriskajai bāzei, ar zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma pētījumiem kopš Latvijas neatkarības atgūšanas pārsvarā nodarbojušies amatiervēsturnieki un ieinteresēti sporta nirēji, kas reti dokumentē savus atklājumus vai ziņo par tiem plašākai sabiedrībai. Aktīvākais un pazīstamākais šī perioda darbinieks ir nirējs un amatiervēsturnieks Voldemārs Rains, kas ilgāku laiku bijis arī Jūrmalas pilsētas muzeja darbinieks. V. Raina darbība bija saistīta gan ar niršanu uz vrakiem Rietumkurzemes piekrastē, gan dažādu iekšzemes ūdenstilpņu apsekošanu sadarbībā ar J. Apalu un arheologu Juri Urtānu. Diemžēl liela daļa šo darbu, īpaši jūrā veiktie, nav dokumentēti. V. Raina iesākto turpina 2004. gadā izveidotā nevalstiskā organizācija “Zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma asociācija”.

Nozīmīgākie zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma objekti Latvijas iekšzemes ūdeņos ir J. Apala apzinātās desmit ezermītnes. Ušuru un it īpaši Āraišu ezermītnē veiktie pētījumi ir devuši ievērojamu ieguldījumu izpratnē par seno latgaļu ikdienas dzīvi, saimniecību, amatniecību un būvniecību. Mitrajos apstākļos ideāli bija saglabājušies no koka un citiem organiskiem materiāliem darināti priekšmeti un citas arheoloģiskās liecības, kas sauszemes apstākļos saglabājas slikti vai pilnībā izzūd.

Pētījumi iekšzemes ūdeņos notikuši arī J. Urtāna vadībā; sadarbībā ar “Zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma asociācijas” nirējiem veikta daudzu ezeru zemūdens apzināšana arheoloģisko senvietu tuvumā. Turpinot šo sadarbību, 2016. gadā Sāvienas ezerā notika Latvijā pirmie zemūdens pētījumi, izmantojot ežektoru.

Baltijas jūrā, kuras tumšie, aukstie un saldūdenim līdzīgie apstākļi ir ideāli piemēroti, lai tajā saglabātos gan koka, gan metāla kuģu vraki, ir zināmi vairāki tūkstoši kuģu vraku un citu arheoloģiski vērtīgu objektu. Latvijas teritoriālie ūdeņi un ekskluzīvā ekonomiskā zona vēl joprojām ir visai maz apzināta, – Latvijas Jūras administrācijas hidrogrāfi veic jūras gultnes kartēšanu tikai kuģošanas drošībai nozīmīgajos kuģu ceļos un akvatorijās, bet informācija par sporta nirējiem zināmajiem vrakiem reti nonāk Nacionālās kultūras mantojuma pārvaldes rīcībā. Līdz šim Nacionālās kultūras mantojuma pārvaldes vraku reģistrā apkopota informācija par 320 kuģu avārijām Latvijas ūdeņos, aptuveni pusē gadījumu zināmas arī šo kuģu vraku koordinātas. Lielākā daļa no zināmajiem kuģu vrakiem ir datējami ar 19. gs. beigām un 20. gs. un ir no metāla būvēti, senāku koka kuģu vraku zināms ļoti maz.

Līdz šim valsts aizsargājamo kultūras pieminekļu sarakstā kā īpaši vērtīgi iekļauti tikai divu kuģu vraki – Kolkas vraks I un vācu kreisera “Bremen” vraks. Kolkas vraks I ir aptuveni 20 m gara un 6 m plata no ozolkoka būvēta burukuģa vraks, ko tā atklājējs V. Rains saista ar dokumentēto avāriju pie Kolkas raga 1625. gadā, kad vētras laikā pie raga gāja bojā 10 zviedru karakuģi. Šī identifikācija nav droša, jo trūkst vraku datējošu atradumu un nav veikta arī koksnes dendrohronoloģiskā datēšana. Savukārt 1903. gadā būvētais vācu vieglais kreiseris “Bremen” nogrima 1915. gadā, kad tas iekļuva krievu mīnu laukā apmēram 20 km attālumā no Ventspils. Vairāk nekā 110 m garā kreisera vraks guļ uz ķīļa un, neskatoties uz mīnas sprādzienā priekšgalam nodarītajiem postījumiem, ir ļoti labi saglabājies. Uz vraka saglabājušies dažādi komandas iedzīves priekšmeti, kuģa mehānismi un ieroči.

Līdz šim vienīgais praktizējošais profesionālais zemūdens arheologs Latvijā ir bijis J. Apals, kurš bija aktīvs no 20. gs. 50. gadu otrās puses līdz 80. gadiem un kura vārds saistās ar ezermītņu apzināšanu un pētniecību. 20. gs. 90. gados un 21. gs. pirmajās desmitgadēs kuģu vrakus Baltijas jūras piekrastē aktīvi apzināja amatiervēsturnieki un nirēji V. Rains, Jurijs Šendeļevs un Sergejs Semenovs ar domubiedriem no sporta nirēju klubiem. Publiskajā telpā aktīvākais no šiem nirējiem bija V. Rains, kura iniciatīvai pateicoties, tika izveidotas vairākas nevalstiskās organizācijas, neformālās grupas un Zemūdens arheoloģijas centrs Jūrmalas muzeja struktūrā, tādējādi mēģinot institucionalizēt šīs jomas pētniecību, bet bez paliekošiem panākumiem. Piedaloties V. Rainam, 2004. gadā tika dibināta “Zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma asociācija”, kuras biedri ir sporta nirēji ar interesi par zemūdens kultūrvēsturisko mantojumu. Asociācijas biedri ir piedalījušies dažādos zemūdens apzināšanas un izpētes darbos iekšzemes ūdeņos sadarbībā ar arheologu J. Urtānu, kā arī Nacionālās kultūras mantojuma pārvaldes uzdevumā apzinājuši vairākus vrakus Kurzemes piekrastē. Pašlaik plašākiem zinātniskiem pētījumiem šajā nozarē pietrūkst gan izglītotu speciālistu, gan institucionāli organizatoriskās bāzes.