Pirmie zemūdens pētījumi Latvijā, kas veikti vēsturiskas intereses dēļ, notika 1913.–1914. gadā Ziemupē, kur tā laika Ziemupes muižas īpašnieka, atvaļinātā Krievijas armijas virsnieka Ivana Gartonga (Иван Владимирович Гартонг) vadībā tika meklēts krievu līnijkuģa “Moskva” vraks, kas gāja bojā pie Ziemupes 1758. gadā. No kuģa tika izcelti vairāki lielgabali, taču, sākoties Pirmajam pasaules karam, pētījumi tika pārtraukti, un izcelto lielgabalu tālākais liktenis nav zināms.
“Moskva” vraka meklējumi tika atsākti 20. gs. 30. gados, taču šoreiz ar praktisku mērķi, – 25 kuģa čuguna lielgabalus un nezināmu daudzumu munīcijas izcēla pārkausēšanai Liepājā. Lai iegūtu Liepājā pārkausējamus metāllūžņus, starpkaru periodā Rietumkurzemes piekrastē darbojās vairākas latviešu uzņēmēju vadītas ekspedīcijas, kas saspridzināja un izcēla ievērojamu skaitu Pirmajā pasaules karā nogremdētu kuģu. Vairāki no tiem mūsdienās tiktu uzskatīti par vēsturiski ārkārtīgi vērtīgiem: 1934. un 1936. gadā tika saspridzināts un izcelts tvaikoņa “Saratov” vraks; šis kuģis Neatkarības kara laikā uz vairākiem mēnešiem bija kļuvis par Latvijas Pagaidu valdības mītni.
Starpkaru periods ir iezīmīgs arī ar 1938.–1939. gadā veiktajiem līdz šim vienīgajiem profesionālajiem kuģa vraka arheoloģiskajiem izrakumiem Latvijā, – būvējot jauno Armijas ekonomisko veikalu (tagad “Galerija Centrs”) Vecrīgā, tā būvbedrē kādreizējās Rīdziņas upes gultnē tika atrasts 13. gs. sākuma kravas kuģa vraks, t. s. “Rīgas kuģis”. Diemžēl daļa no izceltajām vraka konstrukcijām gāja bojā Otrā pasaules kara laikā, tā saglabājušās daļas aplūkojamas Rīgas Vēstures un kuģniecības muzejā.
Ar zemūdens pētniecību Baltijas jūrā padomju okupācijas periodā nebija iespējams brīvi nodarboties, tāpēc zemūdens pētījumi tika veikti iekšzemes ūdeņos. Iedvesmojoties no zemūdens niršanas pioniera Žaka Īva Kusto (Jacques-Yves Cousteau) un ievērojot folkloras liecības par ezeros nogrimušām baznīcām, ciemiem un pilīm, pirmais un līdz šim arī vienīgais profesionālais latviešu zemūdens arheologs Jānis Apals no 1959. līdz 1973. gadam pārbaudīja 103 dažādas iekšzemes ūdenstilpnes, atklājot jaunu arheoloģisko pieminekļu tipoloģisko grupu – ezermītnes. Visas desmit J. Apala atklātās ezermītnes atrodas Vidzemes augstienē un saistāmas ar senajiem latgaļiem, kas tās apdzīvojuši no 8. līdz 11. gs. J. Apals arī veica arheoloģiskos izrakumus divās no atklātajām ezermītnēm – nelielā apmērā Ušura ezermītnē, bet jau daudz lielākos apmēros Āraišu ezermītnē, kur desmit izrakumu sezonu laikā tika izpētītas ¾ visas ezermītnes platības. Izrakumi tika veikti, pazeminot ezera līmeni un atsūknējot pieplūstošo ūdeni no izrakumu laukumiem, jo šādi tos veikt bija daudz vienkāršāk nekā zemūdens vidē, līdz ar to šie nebija zemūdens arheoloģiskie izrakumi. Nirēju grupa J. Apala vadībā veica arī detalizētu Lisas ezermītnes stāvokļa zemūdens fiksāciju, kas uzskatāms par nopietnāko un detalizētāko šāda veida darbu Latvijas zemūdens arheoloģijas vēsturē. Nelieli izrakumi zemūdens apstākļos J. Apala vadībā 1967. gadā veikti Talsu Vilkumuižas ezerā zem ūdens līmeņa esošajos kuršu ugunskapos.
20. gs. 90. gados, Latvijai atjaunojot neatkarību, parādījās iespējas uzsākt pētniecību arī Baltijas jūrā, taču, trūkstot ieinteresētiem speciālistiem un organizatoriskajai bāzei, ar zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma pētījumiem kopš Latvijas neatkarības atgūšanas pārsvarā nodarbojušies amatiervēsturnieki un ieinteresēti sporta nirēji, kas reti dokumentē savus atklājumus vai ziņo par tiem plašākai sabiedrībai. Aktīvākais un pazīstamākais šī perioda darbinieks ir nirējs un amatiervēsturnieks Voldemārs Rains, kas ilgāku laiku bijis arī Jūrmalas pilsētas muzeja darbinieks. V. Raina darbība bija saistīta gan ar niršanu uz vrakiem Rietumkurzemes piekrastē, gan dažādu iekšzemes ūdenstilpņu apsekošanu sadarbībā ar J. Apalu un arheologu Juri Urtānu. Diemžēl liela daļa šo darbu, īpaši jūrā veiktie, nav dokumentēti. V. Raina iesākto turpina 2004. gadā izveidotā nevalstiskā organizācija “Zemūdens kultūrvēsturiskā mantojuma asociācija”.