Dzimis Rīgā, Jānis Apals bērnību pavadīja Ezeres pagastā Vecšauļos.

Pirmo izglītību J. Apals ieguva Ezeres pamatskolā. Mācības turpināja Liepājas pedagoģiskajā skolā, kur vēstures skolotājs tolaik bija pazīstamais arheologs Pēteris Stepiņš. 1951.–1956. gadā studēja Latvijas Valsts universitātes Vēstures un filoloģijas fakultātes Vēstures nodaļā. 1995. gadā aizstāvēja vēstures doktora disertāciju par pētījumiem Āraišu ezermītnē.

1958. gadā, iedvesmojies no teikām par nogrimušām pilīm, uzsāka to meklējumus Latvijas ezeros. No 1959. līdz 1973. gadam J. Apala vadītās ekspedīcijas pārmeklēja ap 100 ezeru, 15 purvu un dažas upes, meklējot galvenokārt senās celtniecības paliekas. 1959. gadā trijos Vidzemes ezeros tika konstatētas ezermītņu paliekas, tādējādi atklājot jaunu, līdz tam nezināmu arheoloģijas pieminekļu kategoriju – dzelzs laikmeta ezermītnes. Līdz tam vairākos Eiropas ezeros, īpaši Šveicē, bija zināmas akmens un bronzas laikmeta ezermītnes. Par ezermītnēm šīs dzīvesvietas dēvēja arī to atklājējs grāfs Karls Georgs fon Zīverss (Jakob Carl Georg Graf von Sievers) 19. gs. Sākotnēji J. Apals ezeros atklātās mītnes dēvēja par “klātu celtnēm ezeros”, 1966. gadā nosaukumu precizēja kā “ezeru mītnes”, bet, veicot tālākus pētījumus Āraišu ezermītnē, nonāca pie secinājuma, ka tai, tāpat kā pilīm pilskalnos, ir bijušas savas aizsargbūves un mītnē dzīvojusi sociāli diferencēta sabiedrība, tajā skaitā sabiedrības virsslānis. Tādēļ kopš 1969. gada senmītnes Latvijas ezeros J. Apals dēvēja par ezerpilīm.

1959. gadā J. Apals tika uzaicināts darbā Latvijas Zinātņu akadēmijas (LZA) Latvijas vēstures institūtā (no 1959. līdz 1994. gadam bija jaunākais zinātniskais līdzstrādnieks, no 1994. gada – vadošais pētnieks), kur viņš varēja profesionāli pievērsties ezermītņu pētniecībai.

Par piemērotāko izpētei atzina ezermītni Āraišu ezerā. 1966. gadā Gaujas meliorācijas sistēmas pārvalde, atbalstot nozīmīgo pētījumu, pazemināja Āraišu ezera līmeni par vienu metru. Pēc tam ap izrakumu laukumiem no pārmeklētā kultūrslāņa uzbēra dambjus un strādāja poldera apstākļos, laukumos ieplūstošo ezera ūdeni izsūknējot ar motorsūkņiem.

Desmit arheoloģisko izrakumu sezonu laikā (1965–1969, 1975–1979) tika izpētītas trīs ceturtdaļas ezermītnes, t. i., apmēram 2500 m² liela kultūrslāņa platība un ap 80 garo uzeju, kas to savieno ar krastu. Kultūrslānis 1,5–3 m biezumā tika izpētīts līdz pamatzemei.

Mitrā kultūrslāņa dēļ tajā zem ūdens bija labi saglabājušies organiskas izcelsmes materiāli – koka celtņu paliekas, organiskas izcelsmes senlietas. Pēc senlietu tipoloģijas, radioaktīvā oglekļa un dendrohronoloģiskās metodes ezermītnes pastāvēšanas laiks tika attiecināts uz 9.–10. gs. Ezermītnē un tās tuvumā pētītajos kapulaukos iegūtais arheoloģiskais materiāls liecina, ka tur pils pastāvēšanas laikā dzīvojuši latgaļi.

Izrakumu laikā radās ideja par ezermītnes rekonstrukciju, veidojot Āraišu brīvdabas arheoloģisko parku.

1983. gadā tika pieņemts lēmums par Āraišu ezermītnes saglabāšanu un parka muzeja izveidi. Āraišu ezermītnes rekonstrukcijas projektu J. Apals izstrādāja sadarbībā ar arhitektu Dzintaru Dribu. Salīdzinošais materiāls tika iegūts no etnogrāfu pētījumiem Lietuvā, Skandināvijā un Krievijā.  Rekonstrukcija tika veikta, ievērojot 9. gs. apbūvi. Āraišu ezermītni rekonstruēja no svaiga kokmateriāla kā brīvdabas modeli mērogā 1:1. Muzejparka celtniecības darbi sākās 1987. gadā. 1993. gadā Āraišu muzejparka izpētes un rekonstrukcijas veicināšanai tika nodibināja bezpeļņas sabiedriskā organizācija – Āraišu ezerpils fonds; J. Apals bija tā vadītājs no 1993. līdz 2011. gadam.

Rekonstrukcijas gaitā tika gatavotas ēku oriģinālu kopijas pēc izrakumos uzietām būvdetaļām, apdares darbos izmantotas seno darbarīku replikas.

Papildu izrakumiem Āraišu ezermītnē J. Apals vadīja vairākus citus arheoloģiskos izrakumus Cēsu apkaimē: 1971.–1973. gadā, īstenojot ieceri par Āraišu muzejparka izveidi, J. Apala vadībā tika veikti arheoloģiskie izrakumi 9.–12. gs. Drabešu Liepiņu kapulaukā, izpētot 193 apbedījumus.

1972.–1974. un 1981.–1992. gadā J. Apala vadībā tika veikti arheoloģiskie izrakumi Āraišu viduslaiku pilī, atsedzot kultūrslāni 3330 m² platībā. 1972. gadā J. Apals veica izrakumus Lazdiņu 1.–4. gs. uzkalniņā.

1998. gadā J. Apala vadībā notika aizsardzības izrakumi Āraišu baznīcas kapsētā, pilnīgi vai daļēji izpētot 28 apbedījumus, kas datējami ar 14.–18. gs.

J. Apals cieši sadarbojās ar dzīvesbiedres Zigrīdas Apalas vadīto Cēsu pils arheoloģisko ekspedīciju, kas nodrošināja arī arheoloģisko pieminekļu apzināšanu un izpēti Cēsu novadā. 1980. gadā J. Apals vadīja arheoloģiskos izrakumus Cēsu Riekstu kalna pilskalnā.

J. Apals atklāja Latvijas teritorijā jaunu arheoloģisko pieminekļu tipu – vēlā dzelzs laikmeta ezermītnes, vienu no tām – Āraišu ezerā – izpētot pilnībā.

Āraišu ezermītnes rekonstrukcija ir unikāla arheoloģiskā pieminekļa – dzelzs laikmeta ezermītnes – rekonstrukcija, kas veikta uz konkrēta arheoloģiskā materiāla bāzes. Tas labi saglabājies, – visas rekonstrukcijā izmantotās būvdetaļas ir atrastas arheoloģisko izrakumu gaitā. Rekonstrukcija atbilst konkrētam periodam (9. gs.), tā izgatavota ar attiecīgā perioda darbarīku replikām, izmantojot senos būvpaņēmienus. Līdz ar to Āraišu senās dzīvesvietas – ezermītnes – rekonstrukcijai ir augsta vēsturiskās ticamības pakāpe, kas to padara unikālu visā Eiropas ziemeļaustrumu daļā.

Ezermītnes izpētes un rekonstrukcija laikā J. Apals izpētīja dažādus senās celtniecības paņēmienus, kas neattiecās tikai uz dzelzs laikmetu vien. 1999. gadā Āraišu arheoloģiskā muzejparka teritorijā, Meitu salā, tika uzcelta pirmā akmens laikmeta mājokļa rekonstrukcija, 2005. gadā – bronzas laikmeta. Latvijas pieredze arheoloģiskā materiāla restaurācijā tika novērtēta arī starptautiski – 20. gs. 90. gados J. Apals ar referātiem uzstājās Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV), Kanādā, Lielbritānijā, Lietuvā, Vācijā un Zviedrijā. J. Apals bija viens no 2001. gadā izveidotās Starptautiskās arheoloģisko brīvdabas muzeju un eksperimentālās arheoloģijas organizācijas EXARC dibinātājiem.

Āraišu ezermītnes materiāls būtiski paplašinājis priekšstatus par celtniecību dzelzs laikmetā, telpu interjeru, kā arī par tādām saimniecības nozarēm kā meža dravniecība, amatniecība, transports.

1995. gadā piešķirta Latvijas Kultūras fonda Spīdolas balva, 1997. gadā ar LZA senāta lēmumu piešķirts LZA goda doktora grāds, 1999. gadā piešķirta Valsts Kultūrkapitāla fonda mūža stipendija, 2009. gadā apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni (IV šķira).

J. Apala pētījumi ieguva sabiedrības uzmanību jau uzreiz pēc to uzsākšanas, – pirmās publikācijas par viņa uzsāktajiem ezermītņu meklējumiem plašsaziņas līdzekļos parādījās vēl pirms viņa paša publikācijām. 2020. gadā Āraišu ezermītnes apmeklētāju centrā izveidota ekspozīcija, kas veltīta J. Apalam un viņa īstenotajam sapnim – Āraišu ezermītnes arheoloģiskajai izpētei un rekonstrukcijai.

Lai gan J. Apals par savu galveno dzīves uzdevumu uzskatīja Āraišu ezermītnes rekonstrukciju, kuru vērtēja augstāk par publikācijām, viņš publicējis ap 200 zinātnisku un populārzinātnisku rakstu, vairākas grāmatas un ceļvežus. J. Apala galvenie pētījumi apkopoti grāmatā “Jānis Apals: Āraišu ezerpils: rakstu izlase un draugu atmiņas”, sastādītāji Andris Caune, Zigrīda Apala, Rīga, Latvijas vēstures institūta apgāds, 2012.