Pirmā draudze, kurā J. Kalvāns kalpoja, bija Būtiņģes luterāņu draudze, kas lielākoties bija latviešu un Lietuvas latviešu draudze. Sākotnēji J. Kalvānu Konsistorija nozīmēja par Mažeiķu apriņķa administratoru, bija plāns viņu nosūtīt kalpot uz Eltišķu evaņģēliski luterisko draudzi, kas bija Lietuvas latviešu draudze. To ilgstoši vadīja Gustavs Rauskiņš (Gustavas Rauskinas), taču saistībā ar mācītāja Augusta Aleksandra Vīmera (August Alexander Wiemer, Augustas Aleksandras Vymeris) slimību J. Kalvāns 26 gadu vecumā uzsāka kalpošanu Tauraģē.
Padomju pirmās okupācijas un nacistiskās Vācijas periodā Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas Konsistorijā notika sastāva izmaiņas, ko bija izraisījušas pirmās represijas pret garīdzniecību un inteliģenci, arī kara migrācija. 1941. gada 28. aprīlī mācītājs Ēriks Leijeris (Erikas Leijeris) Konsistorijas vārdā lūdza J. Kalvānu būt tās sastāvā un vienlaikus kļūt par Lietuvas ziemeļrietumu reģiona (Žemaitijas) visu draudžu mācītāju.
Tauraģes draudze bija galvenā J. Kalvāna darbavieta, taču kalpošanas periodā viņš aprūpēja arī Bataķu, Skaudviles, Ķelmes, Raseiņu, Arjogalas, Šilales, Sartininku, Žemaiču Naumiestes, Švēkšnas, Gargždu, Kretingas, Palangas, Kauņas un Viļņas draudzes.
Otrā pasaules kara laikā kopā ar Ē. Leijeri nodrošināja Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas darbības nepārtrauktību, vienlaikus saskaroties ar novērošanu, pratināšanu un pastāvīgu spriedzi gan nacistiskās Vācijas, gan vēlāk padomju varas īstenotās kontroles apstākļos. Īsi pēc Otrā pasaules kara beigām padomju drošības dienesti plānoja savervēt J. Kalvānu par aģentu, taču šis plāns neizdevās mācītāja nesadarbošanās dēļ.
1946. gada 9. jūnijā J. Kalvāns apprecējās ar Martu Račkauskaiti (Marta Račkauskaitė). 1949. gada maijā nakts vidū notika kratīšana Kalvānu dzīvesvietā, pēc kuras J. Kalvāns tika aizvests uz nopratināšanu. Līdz pat 20. gs. 50. gadu beigām ģimene ar sešiem bērniem, arī Jonu Kalvānu jaunāko, atradās padomju valsts drošības iestāžu uzraudzībā.
J. Kalvāns vairākkārt tika aizturēts, pratināts, apsūdzēts pretpadomju darbībā, taču nekad netika tiesāts. Viņa tuvāko draugu un kaimiņu lokā Tauraģē bija aģenti, tai skaitā mācītāji un cilvēki, kuriem Kalvāni bija palīdzējuši pēckara grūtībās. Viņi regulāri informēja gan par J. Kalvāna, gan par Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas darbību. Reliģijas un kulta lietu padomes ziņojumos regulāri parādījās piezīmes par J. Kalvāna noraidošo attieksmi pret padomju režīmu, potenciālu sadarbību ar Lietuvas nacionālo pretošanās kustību, dokumentu (metrisko datu) nodrošināšanu cilvēkiem bez dokumentiem, pretpadomiskiem sprediķiem, ikdienas sarunu izteikumiem u. c., proti, par padomju režīmam neatbilstošu rīcību.
Pēc mācītāja Ē. Leijera deportācijas uz Sibīriju un nāves 1951. gadā J. Kalvāns kļuva par baznīcas garīgo patriarhu. J. Kalvāns uzturēja komunikāciju arī ar Latvijas Evaņģēliski luterisko baznīcu (LELB), tai skaitā arhibīskapu Gustavu Tursu, baznīca piedalījās padomju ekumenisma kustībā. 20. gs. 60. gadu vidū J. Kalvāns un Konsistorija uzsāka aktīvu komunikāciju ar Pasaules Luterāņu federāciju (Lutheran World Federation; PLF), pārvarot šķēršļus no padomju režīma un sākotnējo skepsi no Rietumiem. 1968. gadā Lietuvas evaņģēliski luteriskā baznīca tika uzņemta PLF. No Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas puses J. Kalvāns tika ievēlēts par pārstāvi PLF uz septiņiem gadiem. Viņš pārstāvēja okupētās Baltijas luterāņus pasaulē.
No 1951. gada J. Kalvāns bija Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas Konsistorijas priekšsēdētāja vietnieks, 1970. gadā kļuva par Konsistorijas priekšsēdētāju. 1971. gada 20. jūnijā kļuva par Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas virsmācītāju. Ceremoniju vadīja LELB arhibīskaps Jānis Matulis un Igaunijas evaņģēliski luteriskās baznīcas arhibīskaps Alfreds Tomings (Alfred Tooming). 1976. gada 20. jūnijā pēc Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas Sinodes lēmuma atjaunot bīskapa amatu J. Kalvāns kļuva par Lietuvas evaņģēliski luteriskās baznīcas bīskapu, amatu ieņemot līdz mūža beigām. 1995. gadā par bīskapu kļuva viņa dēls Jons Kalvāns jaunākais.