Dzimis saimnieka, kuršu brīvzemnieku (ķoniņu) dzimtas pēcteču ģimenē. Beidzis Kuldīgas ministrijas skolu. 1900. gadā iestājās Čugujevas kājnieku junkurskolā (no 1901. gada portupejjunkurs – junkuru rotas unteroficieris; beidzis 1902. gadā; podpraporščiks). 1913. gadā ar otro mēģinājumu iestājās Ģenerālštāba akadēmijā Pēterburgā.

1896. gadā iestājies dienestā Krievijas armijā, 133. kājnieku pulkā Jekaterinoslavā, Ukrainā (no 1898. gada unteroficieris, no 1899. gada – feldfēbelis, no 1899. gada – virsdienestā). Dienējis 121. kājnieku pulkā Harkivā, Ukrainā. Podporučiks (no 1902. gada), poručiks (no 1906. gada), štābkapteinis (no 1910. gada), kapteinis (07.1915.), apakšpulkvedis (03.1916.), pulkvedis (03.1916.).

Sava pulka sastāvā piedalījās Krievijas–Japānas karā kā komandas priekšnieks, rotas komandieris, bataljona adjutants. Pēc atgriešanās Harkivā bija vada komandieris, podpraporščiku skolas lektors un pārzinis. 07.1914., sākoties Pirmajam pasaules karam, mācības akadēmijā pārtrauca un atgriezās 121. kājnieku pulkā. Piedalījās kaujās Galīcijā, Polijā un Baltkrievijā; rotas komandieris (no 06.1916. bataljona komandieris). Kaujās ievainots un kontuzēts. 2. Rīgas latviešu strēlnieku pulka komandieris (no 11.1916.). 2. Latviešu strēlnieku brigādes komandiera vietas izpildītājs (09.–11.1917.).

Lielinieku apvērsuma laikā kopā ar citiem virsniekiem M. Peniķis uz dažām dienām atradās apcietinājumā Cēsīs. 1917. gada beigās, pulkam dodoties uz Krieviju, palika Vidzemē un 02.1918. krita vācu gūstā. M. Peniķi izveda uz karagūstekņu nometnēm Vācijā. No gūsta atbrīvots 11.1918. un atgriezās Latvijā.

08.12.1918. Rīgā iestājās Latvijas Pagaidu valdības bruņotajos spēkos (pulkvedis); Kurzemes kara iecirkņa (apgabala) priekšnieks Jelgavā. Bijis arī Latvijas karaspēka organizācijas komitejas loceklis. 1919. gada sākumā ar valdības atļauju devās uz Rietumeiropu, Latvijā atgriezās 1919. gada jūnija sākumā. Liepājas latviešu karaspēka priekšnieks (no 06.1919.), Kara mācību iestāžu priekšnieks (no 01.09.).

Sākoties Pāvela Bermonta (Павел Рафалович Бермонт-Авалов) spēku uzbrukumam 12.10.1919. iecelts par Vidzemes divīzijas komandieri un Dienvidu frontes pavēlnieku. Pēc tam divīzija piedalījās Latgales atbrīvošanā. Galvenā štāba priekšnieks (no 13.08.1920.), ģenerālis (no 08.1920.). Karaspēka inspektora vietas izpildītājs (faktiski – armijas komandieris; 1921.–1924. gads). Latvijas armijas komandieris.

Pētījis militāro vēsturi, lasījis lekcijas Augstākajā kara skolā; daudzu grāmatu autors. Lāčplēša Kara ordeņa domes priekšsēdētāja biedrs, Ordeņu kapitula loceklis, Latvijas Vēstures institūta loceklis (1936–1940).

Nacistiskās Vācijas okupācijas laikā 1943. gadā atteicās no piedāvātā latviešu leģiona ģenerālinspektora amata. 1944. gadā ar ģimeni devās bēgļu gaitās uz Vāciju. Nokļuva padomju okupācijas zonā, no kuras atgriezās Latvijā.

Jau kā armijas inspektors pildīja armijas komandiera amatu (oficiāli tāds neeksistēja). Armijai pārejot uz miera laika štatiem, vadīja karaspēka samazināšanu, optimālās struktūras izveidi un izvietošanu pastāvīgajās novietnēs, apmācību un apgādi. Ievērojami samazinātā budžeta apstākļos tas nebija viegls uzdevums. Armijas inspektoram un armijas komandierim bija nepieciešamas arī diplomāta iemaņas sakaros ar ārvalstu pārstāvniecībām un organizācijām.

Priekštecis un pēctecis Pēteris Radziņš.

Krievijas–Japānas kara laikā apbalvots ar pieciem kaujas ordeņiem, Pirmajā pasaules karā – ar Svētā Jura ordeni (IV šķira) un Jura zobenu, vairākiem ordeņiem, piemēram, Svētā Staņislava ordeni (II šķira, III šķira), Svētās Annas ordeni (II šķira, III šķira, IV šķira), Serbijas baltā Ērgļa ordeni (IV šķira). Apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (II šķira un III šķira), Triju Zvaigžņu ordeni (I šķira). Saņēmis Francijas, Igaunijas, Lietuvas, Polijas, Somijas, Zviedrijas ordeņus un goda zīmes.