Arhitekts kopā ar inženieriem radīja eksperimentālo dzīvojamo ēku paneļu konstrukcijās Saulgožu ielā (1958). Institūtā viņš kļuva par Arhitektūras plānošanas darbnīcas Nr. 5 vadītāju (1972) un institūta galveno arhitektu (1979). M. Ģelzis 1990. gadā pārstāvēja Latviju pirmajā Ziemeļu–Baltijas arhitektūras triennālē (Nordic- Baltic Architecture Triennale) Tallinā. Pēc “Pilsētprojekta” likvidēšanas 1991. gadā viņš izveidoja individuālo uzņēmumu “Arhitekta Modra Ģelža birojs”, kurā strādāja pie Latvijas Nacionālās bibliotēkas projekta kopā ar Gunāru Birkertu līdz sava mūža beigām. Pēc M. Ģelža biroja projektiem izbūvēta Latvijas Republikas vēstniecība Briselē (1994) un vairākas apjomīgas savrupmājas Rīgā, Pierīgā, Jūrmalā un Ventspilī. M. Ģelzis bija arī pasniedzējs Latvijas PSR Valsts Mākslas akadēmijā (1961–1967; mūsdienās Latvijas Mākslas akadēmija) un Rīgas Politehniskajā institūtā (1967–1980; mūsdienās Rīgas Tehniskā universitāte), kur nolūkoja studentus savai darbnīcai institūtā. Tajā pirmo rūdījumu guva arhitekti Andris Kronbergs, Juris Paegle, Viktors Valgums, Zane Kalinka u. c., kuri ir līdzautori vairākiem M. Ģelža projektiem. Jau arhitekta pirmie darbi – grāmatu veikals “Mākslas grāmata” (1958) un Dzintaru vasaras koncertzāle (1959, iekļauta Latvijas kultūra kanonā) – ieguva sabiedrības uzmanību dabīgo materiālu atklāta lietojuma un formas oriģinalitātes dēļ, ar ko īpaši izcēlās vasarnīca paša arhitekta ģimenei Pabažos (1959). Vēlāk sekoja vairākas brīvdienu mājas: Elzai Radziņai Plieņciemā (1971), Dinai Kuplei Berģos (1968), Ilmāram Lazovskim Pabažos (1969) u. c., kas normatīvo ierobežojumu ietvaros pārliecināja par laikmetīgās arhitektūras priekšrocībām. Rīgas centrā padomju nomenklatūras mājokļa piemērs ir dzīvojamās ēkas dzeltenajā ķieģelī kvartālā starp Veidenbauma (agrāk Baznīcas), Stabu (agrāk Fr. Engelsa), Skolas (agrāk A. Upīša) un Bruņinieku (agrāk Sarkanarmijas) ielām (1968–1973, 2003).
Nozīmīgākās publiskās ēkas: Filharmonijas koncertzāle (Lielās Ģildes pārbūve, kopā ar Veru Savisko un Jāni Kārkliņu, 1964), sanatorijas “Rīgas Jūrmala” pansionāts Jūras ielā Majoros (Latvijas Republikas Saeimas viesu nams, 1965), Ļeņina rajona (Zemgales priekšpilsētas) administratīvā ēka Rīgā (1976), sanatorijas “Rīgas Jūrmala” guļamkorpuss un peldbaseins (“Baltic Beach Hotel”, 1982) un “Aeroflot” centrālā aģentūra Rīgā, Brīvības un Blaumaņa ielu stūrī (1984–1991). Skaisti iecerēts, bet nepilnīgi īstenots ir Mežciema dzīvojamais rajons Rīgā (1975–1982). Padomju režīma ekonomiskā mazspēja kavēja kultūras celtņu būvniecību un Valmieras teātris tapa tik ilgā laika periodā (1961–2004), ka arhitekts ēkas sākotnējo koncepciju pārveidoja atbilstoši vietas kontekstam. Vērienīgāko nerealizēto projektu vidū ir Dailes teātra rekonstrukcija (1961), Mākslinieku nams 11. novembra krastmalā (1971–1976), Latvijas PSR Viļa Lāča valsts bibliotēka (1977), baznīca un kultūras centrs Gaujienā (1989–1992, 2006), Latvijas Kristīgā akadēmija Jūrmalā (2000), Lielās ģildes rekonstrukcija (2003).