Pirmajos gados labākās filmas un kinoprofesiju pārstāvjus noteica LKS biedru aizklāts balsojums, aizpildot anketas; balvas piešķiršanai bija nepieciešams saņemt vismaz 50 % + vienu balsi. Spēcīgas konkurences apstākļos šī sistēma izradījās problemātiska, jo balsis sadalījās vienmērīgi un neviena filma nesaņēma nepieciešamos 50 %, tāpēc jau par 1985. gada filmām balvas piešķīra LKS valdes izveidota žūrijas komisija. Pirmajos gados tika komplektētas trīs dažādas žūrijas: atsevišķi spēlfilmām, dokumentālajām un animācijas filmām; tajās katrā ietilpa 5–7 dažādu kinoprofesiju pārstāvji. Tomēr arī žūrijas dažādu iemeslu dēļ vairākkārt izvēlējās balvas nepiešķirt, tāpēc 1988. gada filmu vērtēšanas procesā tika izstrādāts jauns nolikums, atgriežoties pie aizklātas LKS biedru anketēšanas. Balsojums bija brīvprātīgs, bet biedru atsaucība nebija liela – jau pirmajā gadā filmu vērtēšanā piedalījās mazāk nekā 50 % LKS biedru, tāpēc kopš 1991. gada filmu vērtēšanā ir nostabilizējies žūrijas princips (pirmajā gadā 9 žūrijas locekļi, pēc tam – visbiežāk 7, atsevišķos finansiālu grūtību gados – 5), un “Lielā Kristapa” nolikumā tika iekļauts nosacījums, ka balva labākajai filmai noteikti jāpiešķir.
Žūrijā visbiežāk tiek aicināti nozares profesionāļi, dažkārt tajā merkantilu apsvērumu dēļ tiek iekļauts kāds sponsoru pārstāvis vai politiķis. 2007. gadā “Lielā Kristapa” žūrija konceptuāli tika veidota tikai no kinokritiķiem, žūrijas vadību uzticot sociālantropologam Robertam Ķīlim. 2014. gadā, kad “Lielais Kristaps” notika jaundibinātā Rīgas Starptautiskā kinofestivāla (Riga IFF) ietvaros, žūrija pirmoreiz bija starptautiska, un tajā strādāja seši Latvijas profesionāļi un trīs kinoteorētiķi no Krievijas, Vācijas un Norvēģijas.
90. gadu sākumā “Lielā Kristapa” rīkošanā iesaistījās jaundibinātais LNKC, kurš 2005. gadā pilnībā pārņēma atbildību par festivāla organizēšanu turpmākajos gados, tomēr 2012. gadā tika pasludināts, ka “Lielais Kristaps atgriežas mājās”, un tā rīkošanu atkal uzņēmās LKS, pārveidojot filmu atlases sistēmu – vispirms filmas vērtēja un nominācijām izvirzīja nozares profesionālās organizācijas un ģildes, bet festivāla laikā žūrija lēma par balvu piešķiršanu. Arī turpmākajos gados saglabājās princips, ka pirmajā atlases posmā visas iesniegtās filmas vērtē profesionālo organizāciju deleģēta atlases komisija, bet žūrija laureātus izvēlas no balvai nominētajām konkursa filmām. Vienīgi 2015. gadā, kad pēc LKS kopsapulces bija nomainījusies organizācijas vadība, arī “Lielā Kristapa” filmu vērtēšanas pamatprincips tika radikāli mainīts – atlases posma nebija, balsošana par visām iesniegtajām filmām notika aizklāti īpaši izveidotā tīmekļa vietnē, kurai ar parolēm varēja piekļūt apmēram 400 nozarē strādājoši profesionālo organizāciju un radošo savienību biedri. Tos visus kopā rīkotāji nodēvēja par festivāla žūriju jeb ““Lielā Kristapa” forumu”, par piemēru ņemot Amerikas Savienoto Valstu (ASV) un Eiropas kinoakadēmiju pieredzi. Tomēr jau nākamajā gadā – 2016. –, atzīstot jaunā modeļa nepilnības, LKS atgriezās pie pārbaudītiem un tradicionāliem filmu atlases un vērtēšanas principiem.
2016. gadā, kad festivālam tika piešķirts Nacionālās balvas statuss, tam seko arī finansējums no Kultūras ministrijas budžeta un noteikums rīkotājus izvēlēties NKC izsludinātā konkursā. Pateicoties ilgu gadu pieredzei, konkursā uzvarēja LKS. Kopš 2020. gada līdzdarbības līgums par Nacionālās kino balvas rīkošanu ar LKS ir noslēgts uz trim gadiem.

"Lielā Kristapa" žūrija un organizatori. Rūmenes muiža, 2018. gads.
Fotogrāfe Agnese Zeltiņa.