20. gs. 60. gadi Latvijas kinomākslai nozīmīgi arī kā profesionāla animācijas kino sākums. No 1961. gada animācijas filmas neregulāri tika uzņemtas Latvijas TV, bet 1965. gada Rīgas Kinostudijā tapa pirmā leļļu filma “Ki-ker-ri-gū!” (režisors Arnolds Burovs). No 60. gadu 2. puses līdz 80. gadu beigām izveidojās divas spēcīgas animācijas kino tradīcijas: leļļu animācija Rīgas kinostudijā; aplikāciju un zīmētā animācija Latvijas Televīzijā. 60.–80. gados dominēja galvenokārt filmas bērniem, tomēr arī šī Latvijas animācija būtībā bija autorkino, kas ietvēra subjektīvu pasaules redzējumu spilgtā mākslinieciskā formā. Par leļļu kino ietekmīgāko meistaru kļuva A. Burovs, kura filmas vienmēr bija tieši vai pastarpināti saistītas ar viņa dzīves pieredzi un uzskatiem (“Pigmalions”, 1967; “Dullais Dauka”, 1968; “Sarkanās kurpītes”, 1971; “Umurkumurs”, 1976; “Bimini”, 1981; “Sapnis”, 1983, u. c.). A. Burova aizsāktā leļļu kino spilgtākie turpinātāji kopš 90. gadiem līdz mūsdienām ir režisori Jānis Cimmermanis un Māris Putniņš, piešķirot šim kino veidam Latvijā iepriekš neraksturīgu humoru un varoņu raksturu aktivitāti (īpaši filmu ciklā “Avārijas brigāde”; kopš 1991. gada). Līdzīgi veidojās arī aplikāciju un zīmēto filmu (padomju okupācijas laikā – multiplikācija) tradīcija – ievērojami režisori Roze Stiebra un Ansis Bērziņš. Filmu tapšanā tika piesaistīti 70.–80. gadu spilgtākie mākslinieki – grafiķi un gleznotāji (Dzintra Aulmane, Laima Eglīte, Daina Lapiņa, Aivars Rušmanis u. c.), taču noteicošais bija režisora rokraksts. R. Stiebrai tas bija vairāk lirisks un simbolisks (“Zelta sietiņš”, 1975; “Abi gali balti, viducis zaļš”, 1977; “Zaķīšu pirtiņa”, 1979; “Kabata”, 1983, u. c.), A. Bērziņam – skarbāks un konkrētāks (“Sprīdītis”, 1982; “Fantadroms”, 1984, u. c.). 80. un 90. gadu mijā abi režisori jaunizveidotajā filmu studijā “Dauka” izveidoja pirmo Latvijas pilnmetrāžas animācijas (zīmēto) filmu “Ness un Nesija” (1991).