Formāli Jans Patočka pārstāvēja fenomenoloģiju un tās otro paaudzi. Viņa pārdomās nepārprotami ir dzirdamas huserliskas un heidegeriski eksistenciālās toņkārtas. Tomēr J. Patočka centās veidot asubjektīvu fenomenoloģiju. Viņu mēdz dēvēt par Prāgas Sokratu; to veicināja arī “samizdatā” pavairotie un izplatītie darbi, kas saistīti ar publicēšanās aizliegumu Čehoslovākijā. Starp tiem īpaši izceļams ir darbs “Ķeceriskās esejas par filozofijas vēsturi” (Kacířské eseje o filosofii dějin, 1975), kas tūdaļ tiek pārtulkots un izdots vairākās valodās. Šajā darbā atklājas Platona (Πλάτων) un platonisma nozīmīgums J. Patočkas idejiskajos meklējumos. Tas parādās arī citos darbos: “Negatīvais platonisms” (Negativní platonismus, 1952), “Platons un Eiropa” (Platón a Evropa, 1973), “Platona rūpes par dvēseli un taisnīga valsts” (Platónova péče o duši a spravedlivý stát, 2012) un citos. Platoniskais nojēgums “rūpes par dvēseli” savā ziņā ir J. Patočkas domas caurviju motīvs un kalpo par par triju sējumu virsrakstu Kopotajos darbos. Vienlaikus J. Patočkas filozofiju iezīmē pašizskaidrošanās ar pašmāju filozofisko tradīciju, kurā nozīmīgākie domātāji viņam ir Tomāšs Gariks Masariks (Tomáš Garrigue Masaryk) un Jans Amoss Komenskis (Jan Amos Komenský), kura darbu sagatavošana publicēšanai ļauj J. Patočkam kļūt par atzītu komeniologu. Pašizskaidrošanās darbs viņam liek risināt jautājumus par čehiem, Eiropu, tagadni un Eiropu pēc Eiropas (Europa und Nach-Europa, 1977), lai iespētu dzīvot patiesībā.

J. Patočka piedzima klasicista Josefa Patočkas (Josef Patočka) un operdziedātājas Františkas Prohāzkovas (Františka Procházková) ģimenē Turnovā, pie vietējās paradīzes – Bohēmijas jeb Čehijas paradīzes (Český ráj). Pēc izglītošanās mājās J. Patočka Prāgā iestājās ģimnāzijā (Gymnázium Jana Nerudy) un 1925. gadā imatrikulējās Prāgas Kārļa universitātē (Univerzita Karlova), uzsākot romānistikas, slāvistikas un filozofijas studijas. Trīs gadus vēlāk pēc Aleksandra Koires (Alexandre Koyré; Александр Вольфович Койра) ieteikuma J. Patočka Sorbonnā noklausījās Edmunda Huserla (Edmund Gustav Albrecht Husserl) lekcijas, kuras vēlāk tika publicētas kā “Kartēziskās meditācijas” (Méditations Cartésiennes, 1931). Atgriezies Prāgā, J. Patočka 1931. gadā Jana Blahoslava Kozāka (Jan Blahoslav Kozák) vadībā aizstāvēja disertāciju.

Jau gadu vēlāk J. Patočka devās uz Berlīnes Universitāti (Friedrich-Wilhelms-Universität zu Berlin), lai klausītos filozofa, kādreizējā rīdzinieka Nikolaja Hartmana (Paul Nicolai Hartmann) un 20. gs. pirmās puses vadošā klasicista Vernera Jēgera (Werner Wilhelm Jaeger) lekcijas. Pēc kādreizējā liepājnieka Jākoba Kleina (Jacob Klein) ieteikuma J. Patočka pievērsa uzmanību švābu meistardomātājam Martinam Heidegeram (Martin Heidegger). No Berlīnes J. Patočka devās uz Freiburgu pie E. Huserla un viņa asistenta Eižena Finka (Eugen Fink), ar kuru izveidojās draudzība mūža garumā. Prāgā J. Patočka iepazinās un sadraudzējās ar E. Huserla ieteikto savu privātasistentu Ludvigu Landgrēbi (Ludwig Landgrebe).

Starpkaru periodā nozīmīgākais čehu filozofs Emanuels Rādls (Emanuel Rádl) organizēja astoto starptautisko filozofijas kongresu (1934), kurā uzstājās N. Hartmans, bet E. Huserlam Vācijas varasiestādes neļāva piedalīties. Līdzīgi Romana Jakobsona (Roman Jakobson; Роман Осипович Якобсон) līdzdibinātajam (1926) Prāgas lingvistikas pulciņam tika izveidots (1934) arī Filozofijas pulciņš (Cercle philosophique de Prague), kura viens no uzdevumiem bija E. Huserla idejiskā mantojuma saglabāšana. Par to J. Patočka arī gādāja. 1936. gadā J. Patočka aizstāvēja habilitācijas darbu “Dabiskā pasaule kā filozofiska problēma” (Přirozený svět jako filosofický problém), kurā “dabiskā pasaule” ir fenomenoloģijā lietotais nojēgums “dzīvespasaule” (Lebenswelt).

1937. gadā J. Patočka apprecējās ar Helēnu Matouškovu (Helena Matoušková), laulībā ar kuru piedzima trīs bērni (Františka, Jana, Jans).

Līdztekus organizatoriskiem darbiem J. Patočka publicēja atreferējumus un pārskatus izdevumā “Čehu doma” (Česká mysl), par kura redaktoru drīz arī kļuva. Tomēr publisko zinātnisko darbību pārtrauca Čehoslovākijas okupācija. 1945. gadā J. Patočka varēja atsākt darbu universitātē, gadu vēlāk viņš uzsāka darbu arī Brno Universitātes Pedagoģijas fakultātē (Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity), tomēr jau 1948. gadā bija spiests to atstāt. Turpmāk J. Patočka strādāja dažādās Čehijas Zinātņu akadēmijas (Akademie věd České republiky) institūcijās, tulkoja no vācu, franču un krievu valodas, gatavoja izdošanai J. A. Komenska darbus. 20. gs. 60. gados J. Patočka uzstājās ar vieslekcijām Vācijā, Francijā, Beļģijā. Viņš docēja (1968–1972) arī Prāgas Kārļa universitātē, taču tad tika atstādināts, bet 1973. gadā viņam aizliedza izceļot no valsts.

Aizlieguma laikos J. Patočka noturēja privātas lekcijas un seminārus, bet viņa darbi tika pavairoti “pašizdevumos”. Kopā ar Vāclavu Havelu (Václav Havel) J. Patočka kļuva par kustības “Harta 77” publisko aizstāvības personu. Ar to saistītā apcietināšana un pratināšana kļuva par J. Patočkas nāves iemeslu.

J. Patočka neatkārtoja E. Huserla idejas un nerevidēja fenomenoloģiju, taču viņam svarīga bija nevis izziņa un vērošana, bet atbildība par savu būšanu, jo tebūšana (pobyt) viņa ieskatā ir cilvēka dzīves sūtība. J. Patočka bija sociālpolitisks, ētisks domātājs brīvības un patiesības kontekstā, viņa pārdomu pamattēmas bija politika, vēsture, filozofija, bet to kopsaucējs ir cilvēks un vedinājums dzīvot patiesībā (žít v pravdě), nevis ļauties maldu valdzinājumam. Dzīvespasaule J. Patočkam bija dzīvot-pasaulē, tāpēc viņš E. Huserla risinājumu papildināja ar J. A. Komenska un Kūzas Nikolaja (Nicolaus Cusanus) risinājumu, veidojot nesubjektīvu jeb asubjektīvu fenomenoloģiju. Īpaši spēcīgi šāda prasība izskan divos programmatiskos darbos: “Huserla fenomenoloģijas subjektīvisms un ‘asubjektīvas’ fenomenoloģijas iespējamība” (Der Subjektivismus der Husserlschen und die Möglichkeit einer ‘asubjektiven’ Phänomenologie, 1970), “Huserla fenomenoloģijas subjektīvisms un prasība pēc asubjektīvas fenomenoloģijas” (Der Subjektivismus der Husserlschen und die Forderung einer asubjektiven Phänomenologie, 1971). Šim nolūkam J. Patočka izmantoja nojēgumu par dzīves, eksistences kustību, tāpēc viņa risinājums tiek dēvēts par dinamisko fenomenoloģiju.

Kustību ansamblī var izdalīt trīs cilvēka eksistences pamatkustības, kuras J. Patočka fragmentāri izgaismoja. Pirmā pamatkustība ir pasaules pieņemšana vai iesavināšana; pieņemšana ir arī citu pieņemšana un būšana citam ar citu. Otrā pamatkustība ir pašiekļaušanās, sevis producēšana un reproducēšana. Trešā pamatkustība ir pašiegūšana, izvēršanās, atvērtība. Šāda eksistences kustība ir arī dvēsele, rūpes par dvēseli; J. Patočka pat uzsvēra, ka Eiropa un vēsture ir radušās no rūpēm par dvēseli. Platons ir gluži vai neatņemama J. Patočkas domāšanas pasaules sastāvdaļa; šīs pasaules fonā ir arī filozofa Konrada Gaizera (Konrad Gaiser) darbā “Platona nerakstītā mācība” (Platons ungeschriebene Lehre, 1963) paustās idejas. Vienlaikus (atšķirībā no daudziem fenomenologiem) J. Patočkam negāja secen miesiskā fenomeni, satuvinot viņa risinājumu ar vēlīnā Morisa Merlo-Pontī (Maurice Jean Jacques Merleau-Ponty) izstrādnēm. J. Patočka uzsvēra, ka visa fenomenoloģija ir kustības izpēte.

Sava pozicionējuma skaidrošanai J. Patočka atsaucās uz J. A. Komenski, kuram pretstata Renē Dekartu (René Descartes), kurš iezīmējot izziņas dominēšanu, subjektīvismu un tamlīdzīgi. J. A. Komenskis J. Patočkam ļāva koriģēt E. Huserlu, un tas iezīmējas jau darbā “Jauns skats uz Komenski” (O nový pohled na Komenského, 1941). Vēlāk šādu pretstatījumu J. Patočka relativēja, tomēr pieļāva citu tagadnes, mūsdienīguma tapuma iespēju. Vienlaikus viņš nepieņēma J. A. Komenska mantojuma modernizēšanu un ideoloģizēšanu. Otra svarīgā persona čehu vēsturiskā mantojuma noskaidrošanai J. Patočkam bija filozofs un valstsvīrs T. G. Masariks. Šī pašizskaidrošanās noslēdzas ar darbu “Divi pētījumi par Masariku” (Dvě studie o Masarykovi, 1977).

Eiropeiskajā mantojumā J. Patočka skatīja rūpes par dvēseli, kas vienlaikus ir rūpes par kopienas dvēseli. Viņš aplūkoja saorganizēto un nevienam nepiederošo dzīvi, kara nozīmi mūsdienu dzīvē un tamlīdzīgi. J. Patočka centās parādīt atvērtības un sadarbības svarīgumu un dzīvespasaules tapšanu par pasauli. Šādu dzīvi patiesībā un brīvībā J. Patočka dēvēja par dzīvošanu nenoenkurotībā un aplūkoja jau 1939. gadā publicētajā rakstā “Dzīve līdzsvarā un dzīve amplitūdā” (Životní rovnováha a životní amplituda), kas vienlaikus raksturo viņa filozofiju.

J. Patočkas idejisko meklējumu noskaidrošanai var izmantot arī viņa paša norādītos jautājumus: kas ir vēsture? kas ir cilvēks? ko vēsture dara viņā iespējamu? Tā visa iespējošana nodrošināja J. Patočkas autoritāti čehu intelektuālajā un politiskajā dzīvē.

Lai J. Patočkas arhīva materiāli nenokļūtu Čehoslovākijas varas iestāžu rīcībā, tos nogādāja uz Cilvēkzinātņu institūtu Vīnē (Patocka Archive, Institut für die Wissenschaften vom Menschen) un publicēja darbu izlasi piecos sējumos. Frankofonajā pasaulē par J. Patočkas atpazīstamību gādāja Pols Rikērs (Jean Paul Gustave Ricœur) un Žaks Deridā (Jacques Derrida). Pašrūpju problemātikas iztirzājumā ar J. Patočku sasaucas Mišels Fuko (Paul Michel Foucault). Anglofonajā pasaulē par J. Patočku rakstīja un tulkojumus nodrošināja viņa skolnieks Erazims Kohāks (Erazim Kohák). J. Patočkas skolnieki ir arī filozofs Vāclavs Belohradskis (Václav Bělohradský) un Ivans Hvatīks (Ivan Chvatík). Par J. Patočkas audzēkni sevi uzskatīja V. Havels un veltīja viņam darbu “Bezvarīgo vara” (Moc bezmocných, 1978). J. Patočkas ietekmē filozofijai un cilvēktiesību problemātikai pievērsās arī viņa znots – fiziķis Jans Sokols (Jan Sokol). R. Jakobsons uzskatīja, ka J. A. Komenskis, T. G. Masariks un J. Patočka ir trīs visu laiku nozīmīgākie čehu domātāji.

Prāgā J. Patočkas vārdā nosaukta iela, viņa dzīves vietās ierīkotas piemiņas plāksnes. 2017. gadā pirmizrādi piedzīvoja filma “Prāgas Sokrats” (The Socrates of Prague; režisors Sems Villemss, Sam Willems).