Saskaņā ar J. A. Komenska uzskatiem viss esošais (πάντα (panta), omnia) emanējas, iziet no Dieva (Vienā, bet tomēr trīsvienīgā) septiņpakāpīgā pasaulē, lai atkal atgrieztos (ἐπιςτροφή, epistrophē) Vienajā. Itin visam esošajam ir pamats Vienajā, nodrošinot daudzveidīgā vienotību un harmoniju. Cilvēkā ir visa esošā elementi, tāpēc viņa uzdevums ir nodrošināt atgriešanos (epistrophē) pie pastāvošā avota, un viņš kļūst par līdzradītāju jeb mikrodievu (μικρόθεος, mikrotheos). Tāpēc cilvēkam jāapgūst pansofiskās zināšanas, lai ieraudzītu principus, likumus, struktūras (teoriju), kas ļautu visu saglabāt un uzturēt (praksi), virzot to uz pilnību (lietojumu). Tas izdarāms saistībā ar Dievu, sekojot Kristum. Kristū ir rodams ceļš (e-ducatio) no jūkļa, ar Kristu kā skolotāju cilvēks ir tā iekārtots (in-stitutio), ka var rīkoties atbilstīgi Vienam un visam, kas izgaismojas (via lucis) emanētajā gaismā.
No aristoteliski ptolemajiskā pasaules skatījuma J. A. Komenskis centās atsvabināties ar paracelzisko physica chemica un renesanses kosmogoniskajām mācībām. Dievs ir radījis trīs principus (matēriju, garu, gaismu), bet to sajaukumā – trīs substancionālas kvalitātes (Sulphur, Mercurium, Sal) un četrus elementus (zemi, ūdeni, gaisu, ēteru). No visa sajaukuma septiņās pakāpēs izvēršas, eksplicējas (explicatio) pastāvošais: elementi, izgarojumi (vapores), minerāli (concreta et mineralia), augi, dzīvās būtnes, cilvēki, eņģeļi. Katra augstākā pakāpe tiek noteikta attiecībā pret iepriekšējo. Dieva iejaukšanās radītajā nepastāv, taču esošo raksturo augšupejoša dabiskā kārtība (ordo naturae). Tādējādi J. A. Komenska fiziku raksturo triādisms, dinamisms un imanentisms.
Cilvēka uzlabošanas mācības populārā un īsā versija ir izklāstīta darbā “Lielā didaktika”, skatot cilvēku izglītošanas, audzināšanas aspektā. Uzlabošanas mācība ir izklāstīta 33 nodaļās: cilvēka veidošana (1–7), skolas teorija (8–14), mācīšanas un mācīšanās metodes (15–19), speciālās metodes (20–24), pagānu kritika (25), kārtība jeb disciplīna (26). Pēdējās septiņās nodaļās J. A. Komenskis aplūko četrpakāpju skolu: Mātes skolu (Gremium maternum), Dzimtās valodas skolu (Schola Vernacula publica), ģimnāziju (Schola latina) un akadēmiju. Izglītošanās norisinās līdz 24 gadu vecumam, un tajā ievērojami tādi principi kā 1) vārdu un lietu simultānums svešvalodu apguvē, 2) piemēru, noteikumu, vingrinājumu (exempla, praecepta, usus) metodiskā trejādība, 3) paša uzlūkojums, darbība, piemērošana, 4) gara, valodas, “rokas” skološana.
Līdz darba “Par cilvēku lietām” (De rerum humanarum emendatione consultatio catholica resp. Consultatio catholica) atklāšanai un publicēšanai (1966) par galveno J. A. Komenska pedagoģisko darbu tika uzskatīta “Lielā didaktika”. Visaptverošā versija tiek izklāstīta vairākās grāmatās: Panegersia (I; aicinājums), Pannuthesia (VII; skubinājums), Panaugia (II; reformas pamatojums), Panorthosia (VI; priekšlikumi), Pansophia (III; zinātņu reforma), Pampaedia (IV; pedagoģija); Panglottia (V; valodas reforma). J. A. Komenskis iestājās par kristietisku cilvēkdzimuma kultivēšanu (totius humane gentis cultura universalis), pedagoģiskajā sadaļā (Pampaedia) rakstot par visskolu (Panscholia), visgrāmatu (Pamblia) un visskolotāju (Pandidascalia). Skološanā tiek izšķirtas septiņas skolu pakāpes, savienojot domāšanu, runāšanu, darbību (ratio, oration, operation). Vispārējo pedagoģizāciju raksturo omnes, omnia, omnino jeb πάντες, πάντα, πάντως (pantes, panta, pantōs) – ‘visi’, ‘viss’, ‘pamatīgi’.
