Janu Amosu Komenski mēdz uzskatīt par mūsdienu pedagoģijas un didaktikas pamatlicēju, kaut arī viņš pats sevi izprata kā teologu un risināja filozofiskus jautājumus. Tikai pēdējā laikā apzinās, ka viņam svarīga bija ne tikai didaktika, bet arī matētika (μάθησις, mathēsis) – mācība par mācīšanos. J. A. Komenska risinājums reljefi atklājas viņa laika pārējo triju ievērojamāko filozofu – Renē Dekarta (René Descartes), Tomasa Hobsa (Thomas Hobbes), Pjēra Gasendi (Pierre Gassendi) – kontekstā.

Jūklīgais (labirintiskais) stāvoklis J. A. Komenska ieskatā liedz cilvēkam atrast ceļu uz sevi pašu un dievu. Tāpēc vienīgā līdzekļa (remedicum unicum) noskaidrošana, risinot jautājumu par cilvēka atbildībā esošo uzlabošanu (emendatio rerum humanarum), kļuva par viņa dzīves uzdevumu. Uzlabošanas nolūkam, atsaucoties uz kristietisko (hermētisko) platonismu (Kūzas Nikolaja (Nicolaus Cusanus) mācību Tomazo Kampanellas (Tommaso; Giovanni Domenico Campanella) un dievzinīgā enciklopēdista Johana Heinriha Alšteda (Johann Heinrich Alsted) pastarpinājumā) un sava laika natūrfilozofiju, J. A. Komenskis izstrādāja savu pansofiju, kas apvienoja teoloģijas un filozofijas pamatidejas. Uzlabojamās lietas ir trīs: prāta gudrība (sapientia mentis), sirds dievbijība (pietas cordis) un dzīves miers (tranquillitas vitae). Tās nodrošina izstrādājamā filozofija, reliģija un politika. Šāda risinājuma uztakts un risinājuma ternārisms (triādisms) ļauj J. A. Komenski dēvēt arī par protostrukturālistu. 

J. A. Komenskis piedzima turīgu birģeru, Morāvijas brāļu draudzes locekļu Martina un Annas Komensku ģimenē. Par viņa piedzimšanas vietu – Nivnici, Uherski Brodu, Komnu – aizvien pastāv domstarpības. Uz to norāda arī J. A. Komenska paša izmantotie pavārdi: Nivanus (1611), Nivnicensis (1613), Komensky (1623), Comenius (1627), Hunno Brodensis (1657).

Sākotnēji (1608–1611) J. A. Komenskis apmeklēja brāļu draudzes ģimnāziju (“latīņu skolu”) Pršerovā, tad iestājās Herbornas Augstajā skolā (Academia Nassauensis). Šajā vācu augstskolā dominēja ramisms (franču humānista, protestantiskā reformētāja Pjēra Ramē, Petra Ramusa (Pierre de la Ramée, Petrus Ramus) antiaristoteliskā tradīcija) un vēlīnā humānisma enciklopēdisms, tā raksturīgā iezīme – teorija praksei un didaktisks izklāsts. Herbornā J. A. Komenskis iepazinās arī ar J. H. Alšteda protestantisko dievestības mācību.

Pēc ceļojuma uz Nīderlandi J. A. Komenskis imatrikulējās (1613) Heidelbergas Universitātē (Universität Heidelberg), kurā acīmredzot iepazinās ar tekstiem, kas iekļaujas par hermētisko platonismu (arī barokālo mistiku) dēvētajā tradīcijā, kā arī teologa, rekristianizācijas utopijas pārstāvja Johana Valentīna Andrees (Johann Valentin Andreae) darbu kontekstā. Atgriezies Pršerovā, J. A. Komenskis kļuva par ģimnāzijas rektoru un mācītāju Fulnekā. Viņš iepazinās ar T. Kampanellas un Huana Luisa Vivesa (Juan Luis Vives) darbiem, sarakstīja pāvestību un sociālo netaisnību kritizējošus tekstus: “Palīdzība pret Antikristu un viņa kārdinājumiem” (Retuňk proti Antikristu a svodům jeho, 1617/1618), “Vēstules uz debesīm” (Listové do nebe, 1619). J. A. Komenskis apprecējās ar Magdalenu Vizovsku (Magdalena Vizovská), kura ar dēliem nomira mēra laikā; Marija Dorota Cirillova (Marie Dorota Cyrillová) kļuva par viņa otro sievu (1624–1648), bet Johanka Gajusova (Johanka Gajusová) – par trešo sievu (1649–1670).

Pēc zaudējuma kaujā pie Baltā kalna (Bílá hora) Morāvijā un Bohēmijā aizsākās kontrreformācija. Šajā laikā tapa J. A. Komenska konsilatorie darbi: “Pasaules labirints un sirds paradīze” (Labyrint světa a ráj srdce, 1623/1631), “Centrum securitatis jeb Drošības dziļums” (Centrum securitatis čili hlubina bezpečnosti, 1625) un citi. Ar 1627. gadā izdoto ediktu no Hābsburgu čehu zemēm tika izraidīti nekatoļi, un J. A. Komenskis kopā ar draudzi devās uz poļu pilsētu Lešno.

Lešno tapa J. A. Komenska darbi, kas nostiprināja viņa kā skolas (audzināšanas) reformētāja slavu: “Čehu didaktika” (Česká didaktika, 1627/1632), “Mātes skola” (Informatorium školy mateřské, 1630), “Valodām atvērtās durvis” (Janua linguarum reserata, 1631). 1632. gadā J. A. Komenskis kļuva par brāļu draudzes vecāko. Neraugoties uz dažādiem amata pienākumiem, J. A. Komenskis paplašināja un pārtulkoja latīniski “Čehu didaktiku” kā “Lielo didaktiku” (Didactica magna, 1657), sarakstīja darbu “Fizika” (Physicae ad lumen divinum reformatae synopsis, 1633) un darbā “Pansofijas priekšspēle” (Pansophiae prodromus, 1639) iezīmēja savu pansofisko programmu. Pēc vairākkārtējas uzturēšanās Lešno (1628–1641; 1648–1650; 1654–1656) J. A. Komenskis to atstāja pēc pilsētas nopostīšanas 1656. gadā.

J. A. Komenska paziņa, vācu un angļu zinību vīru koordinētājs Samuels Hartlībs (Samuel Hartlib) 1641. gadā nodrošināja viņam iespēju doties uz Londonu, lai piedalītos izglītības un sabiedrības reformēšanā. Tas rezultējās darbā “Gaismas ceļš” (Via lucis, 1642). Atceļā J. A. Komenskis Nīderlandē tikās ar R. Dekartu un pārcēlās uz Prūsijas Elbingu (tagadējās Polijas Elblonga). Elbingas periodā (1642–1648) J. A. Komenskis Zviedrijas kanclera (rikskansler) Aksela Uksenšērna (Axel Gustafsson Oxenstierna af Södermöre) uzdevumā strādāja pie skolu reformēšanas projekta. J. A. Komenskis kļuva par brāļu draudzes (Jednota bratrská) bīskapu (1647), tomēr nespēja panākt sociālpolitisko atbalstu, lai tā atgrieztos dzimtenē. Viņš personiski iepazinās ar dievzinīgo reformētāju un rozenkreicisma mitoloģijā iesaistīto J. V. Andreu, pārcēlās uz ungāru Šārošpataku, lai reformētu tās skolu. Līdztekus mācībgrāmatu sarakstīšanai J. A. Komenskis strādāja ar sociālpolitisko jautājumu risināšanu (Sermo secretis Nathanis ad Davidem, 1651; Panegyricus Carlo Gustavo, 1655; Gentis felicitas, 1659; Ecclesiae Slavonicae brevis historiola, 1660; Letzte Posaun Uber Deutschland, 1663, u. c.). Viņš izstrādāja arī darbus “čehu lietas” risināšanā: “Par čehu poēziju” (O poezii české), “Senčehu gudrība” (Moudrost starých Čechů) un citus. Vīlies savos centienos, J. A. Komenskis atgriezās Lešno, sarakstīja pravietojumu tulkojumu apkopojumu “Gaisma tumsā” (Lux in tenebris, 1657) un pārcēlās uz Amsterdamu.

Amsterdamas periodā J. A. Komenskis pilnveidoja savus didaktiskos darbus, publicēja divas daļas no iecerētā septiņdaļu darba Consultatio catholica (1662) un turpināja strādāt pie sava pedagoģiskā pamatdarba Pampaedia. 1658. gadā J. A. Komenskis publiskoja savu slaveno “bilžaino” vācu un latīņu mācībgrāmatu Orbis pictus (“Pasaule bildēs”; Orbis sensualium pictus – “Jutekļiem uztveramo lietu pasaule attēlos”). Nīderlandē J. A. Komenskis laida klajā savus pēdējos konsilatoros darbus: vedinājumu uz mieru (Angelus pacis, 1667), mierinājumtekstu un garīgo testamentu “Viens ir nepieciešams” (Unum necessarium, 1668; sal.: Lk 10:42). J. A. Komenskis cerēja uz ekumenisku koncilu, lai pasauli iepazīstinātu ar savu pansofiski reformatorisko plānu, tomēr cerības nepiepildījās. Viņš nomira Amsterdamā un tika apglabāts Nārdenā.

Saskaņā ar J. A. Komenska uzskatiem viss esošais (πάντα (panta), omnia) emanējas, iziet no Dieva (Vienā, bet tomēr trīsvienīgā) septiņpakāpīgā pasaulē, lai atkal atgrieztos (ἐπιςτροφή, epistrophē) Vienajā. Itin visam esošajam ir pamats Vienajā, nodrošinot daudzveidīgā vienotību un harmoniju. Cilvēkā ir visa esošā elementi, tāpēc viņa uzdevums ir nodrošināt atgriešanos (epistrophē) pie pastāvošā avota, un viņš kļūst par līdzradītāju jeb mikrodievu (μικρόθεος, mikrotheos). Tāpēc cilvēkam jāapgūst pansofiskās zināšanas, lai ieraudzītu principus, likumus, struktūras (teoriju), kas ļautu visu saglabāt un uzturēt (praksi), virzot to uz pilnību (lietojumu). Tas izdarāms saistībā ar Dievu, sekojot Kristum. Kristū ir rodams ceļš (e-ducatio) no jūkļa, ar Kristu kā skolotāju cilvēks ir tā iekārtots (in-stitutio), ka var rīkoties atbilstīgi Vienam un visam, kas izgaismojas (via lucis) emanētajā gaismā.

No aristoteliski ptolemajiskā pasaules skatījuma J. A. Komenskis centās atsvabināties ar paracelzisko physica chemica un renesanses kosmogoniskajām mācībām. Dievs ir radījis trīs principus (matēriju, garu, gaismu), bet to sajaukumā – trīs substancionālas kvalitātes (Sulphur, Mercurium, Sal) un četrus elementus (zemi, ūdeni, gaisu, ēteru). No visa sajaukuma septiņās pakāpēs izvēršas, eksplicējas (explicatio) pastāvošais: elementi, izgarojumi (vapores), minerāli (concreta et mineralia), augi, dzīvās būtnes, cilvēki, eņģeļi. Katra augstākā pakāpe tiek noteikta attiecībā pret iepriekšējo. Dieva iejaukšanās radītajā nepastāv, taču esošo raksturo augšupejoša dabiskā kārtība (ordo naturae). Tādējādi J. A. Komenska fiziku raksturo triādisms, dinamisms un imanentisms.

Cilvēka uzlabošanas mācības populārā un īsā versija ir izklāstīta darbā “Lielā didaktika”, skatot cilvēku izglītošanas, audzināšanas aspektā. Uzlabošanas mācība ir izklāstīta 33 nodaļās: cilvēka veidošana (1–7), skolas teorija (8–14), mācīšanas un mācīšanās metodes (15–19), speciālās metodes (20–24), pagānu kritika (25), kārtība jeb disciplīna (26). Pēdējās septiņās nodaļās J. A. Komenskis aplūko četrpakāpju skolu: Mātes skolu (Gremium maternum), Dzimtās valodas skolu (Schola Vernacula publica), ģimnāziju (Schola latina) un akadēmiju. Izglītošanās norisinās līdz 24 gadu vecumam, un tajā ievērojami tādi principi kā 1) vārdu un lietu simultānums svešvalodu apguvē, 2) piemēru, noteikumu, vingrinājumu (exempla, praecepta, usus) metodiskā trejādība, 3) paša uzlūkojums, darbība, piemērošana, 4) gara, valodas, “rokas” skološana.

Līdz darba “Par cilvēku lietām” (De rerum humanarum emendatione consultatio catholica resp. Consultatio catholica) atklāšanai un publicēšanai (1966) par galveno J. A. Komenska pedagoģisko darbu tika uzskatīta “Lielā didaktika”. Visaptverošā versija tiek izklāstīta vairākās grāmatās: Panegersia (I; aicinājums), Pannuthesia (VII; skubinājums), Panaugia (II; reformas pamatojums), Panorthosia (VI; priekšlikumi), Pansophia (III; zinātņu reforma), Pampaedia (IV; pedagoģija); Panglottia (V; valodas reforma). J. A. Komenskis iestājās par kristietisku cilvēkdzimuma kultivēšanu (totius humane gentis cultura universalis), pedagoģiskajā sadaļā (Pampaedia) rakstot par visskolu (Panscholia), visgrāmatu (Pamblia) un visskolotāju (Pandidascalia). Skološanā tiek izšķirtas septiņas skolu pakāpes, savienojot domāšanu, runāšanu, darbību (ratio, oration, operation). Vispārējo pedagoģizāciju raksturo omnes, omnia, omnino jeb πάντες, πάντα, πάντως (pantes, panta, pantōs) – ‘visi’, ‘viss’, ‘pamatīgi’.

J. A. Komenska idejas tieši ietekmēja piētismu, hernhūtismu un pedagoģiju. Latvijas vēsturiskajā teritorijā viņa idejas tieši ietekmēja Ernstu Gliku (Johann Ernst Glück), bet pastarpināti – Gothardu Frīdrihu Stenderu (Gotthard Friedrich Stender) un brāļu draudzes kustību, veicinot latviešu literatūras, teātra u. tml. rašanos. J. A. Komenska ideju pedagoģiskā iestrāde kulminēja 19. gs., laika gaitā atklājot arī bērnības pašvērtību un matētikas nozīmi. Savukārt viņa izstrādātā fizika pastāvēja līdztekus dekartiskajai fizikai, līdz 18. gs. to pakāpeniski aizstāja ņūtoniskā fizika. Par J. A. Komenska nopelnu tiek uzskatīta dabas jēdziena dinamizēšana, izvairoties no dabas mehāniskā traktējuma. Jau dzīves laikā tika kritizēti J. A. Komenska sociālpolitiskie risinājumi, laika gaitā pastiprinājās arī viņa hiliasma (pasaules beigu gaidīšanas) un kristietiskā utopisma kritika.

J. A. Komenska vārdā ir nosauktas dažādas mācību un audzināšanas iestādes, institūcijas, programmas un ielas; viņam ir veltīti pieminekļi un piemiņas zīmes. Viņa vārdā nosauktā programma (Comenius programme, 1995) 2014. gadā tika iekļauta Eiropas Savienības izglītības sadarbības un mobilitātes programmā Erasmus+.

Ievērojamākie komeniologi: Jāns Kvačala (Ján Kvačala), Dmitrijs (Dmitro) Čiževskis (Dmitrij Tschižewskij, Дмитрий Иванович Чижевский, Дмитро Чижевьский), Jans Patočka (Jan Patočka), Francs Hofmans (Franz Hofmann), Klauss Šallers (Klaus Schaller) un Dagmara Čapkova (Dagmar Čapková).

J. A. Komenska tēls ir izmantots dažādās filmās: “Gaisma no tumsas” (Světlo z temnot, 1980; režisors Jirži Belka, Jiří Bělka), “Jana Amosa klejojumi” (Putování Jana Amose, 1983; režisors Otakars Vāvra, Otakar Vávra), “Ja eju caur nāves ēnas ieleju...” (Bude-li mi jíti přes údolí stínu smrti..., 1991; režisors Mihaels Tarants, Michael Tarant), “Kā vasaras sniegs” (Jako letní sníh, 2012; režisors Lubomīrs Hlavsa, Lubomír Hlavsa).