Trešais posms – Otrais pasaules karš. Pamatojoties uz Pirmā pasaules kara psiholoģiskajām atziņām, turpinās pētījumi militārajā psiholoģijā, kas saistās ar kaujas vidi, personāla atlasi un morāli, kā arī militārā personāla profesionalitāti dažādos spēka veidos. Papildus zinātniskais pienesums bija testu tehnikas izstrāde, lai noteiktu karavīru psiholoģiskās problēmas traumatiskā vidē, ko vēlāk ieviesa civilā sektorā. Kara laikā pastāvēja speciālistu centieni identificēt karavīru bailes, kaujas izsīkumu, ko definē kā kaujas stresu, tomēr šīs zināšanas nebija pietiekami attīstītas, lai identificētu karavīru garīgās veselības problēmas un identificētu karavīru psiholoģiskās reakcijas pēc dalības karadarbībā. Psihologi atzina, ka kara ķirurgu medicīniskie novērojumi bija nozīmīgi, bet nepietiekami, lai veiktu zinātniskas atziņas militārās psiholoģijas jomā. Pirmās ziņas par kara vides ietekmi uz karavīru psihi ieguva no pacientu sūdzībām par organisma specifiskām somatiskām reakcijām, kam nav fizioloģiska pamata (iedomāts aklums pēc kontūzijas, muskuļu krampji, trauksme, bezmiegs un galvassāpes, dezorganizācija laikā un telpā).
Militārā vidē sāka attīstīties klīniskā psiholoģija, tomēr vēl nebija zinātnisku skaidrojumu par ievainoto karavīru psiholoģiskajiem simptomiem. Tika diagnosticēti pieci galvenie garīgās veselības traucējumi: neiroze, personības disociācija, alkoholisms, epilepsija un vājprāts. Pētot izdzīvojošo psiholoģiskās reakcijas pēc atomieroču pielietošanas, tika konstatētas pēctraumatiskā stresa sindroma reakcijas, par kurām militārās psiholoģijas nozarē runā tikai daudzus gadus vēlāk. Šajā laika periodā tika fiksētas atziņas par genocīdu, kas vēlāk turpinājās sociālās psiholoģijas ietvaros, pētot pakļaušanos autoritātei, ietekmi un agresiju.
Galvenie militārās psiholoģijas jaunievedumi Otrā pasaules kara laikā:
1. Psihometriskā testēšana (atlase, morāle, uzvedība, personāla novērtēšana, apmācība, sociālās attiecības),
2. Kaujas vides izpēte (kaujas spars, kaujas nolemtība jeb izsīkums – kaujas stress),
3. Garīgās veselības izpētes kategorijas: neiroze, personības disonance, alkoholisms, epilepsija un vājprāts,
4. Kultūras un sociālo grupu atšķirību pētījumi,
5. Kara psiholoģisko faktoru raksturojums un propagandas pielietošana,
6. Genocīda izpēte (vardarbība un cilvēka izdzīvošanas spēks),
7. Attīstījās aviācijas un klīniskā psiholoģija,
8. Akūtu un hronisku psiholoģisko reakciju noteikšana izdzīvojušiem upuriem pēc atomieroču pielietošanas.