Ernests Burtnieks bija latviešu izcelsmes medicīnas profesors Krievijā. Pēc otrreizējās padomju okupācijas pārcēlās uz Latviju un bija Latvijas Valsts universitātes (LVU, tagad Latvijas Universitāte, LU) Medicīnas fakultātes pēdējais dekāns (1949–1950) un pirmais RMI direktors (1950–1958).

E. Burtnieks bērnību pavadīja Limbažos. Vidējais no trim bērniem strādnieka Mārtiņa (no Umurgas pagasta) un Trīnes, dzimušas Ķezberes, ģimenē.

E. Burtnieks pamatizglītību ieguva Limbažos. Pirmā pasaules kara laikā – 1915. gadā – evakuējās uz Tērbatu (Tartu). Ģimnāzijas gala eksāmenus nolicis eksternātā Petrogradā (tagad Sanktpēterburga) 1917. gadā, kur dzīvoja no 1915. gada un strādāja Tīlika aptiekā (аптека Тилика) Vasīlija salā. Tērbatas Universitātē (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) 12.08.1917. ieguva aptiekāra palīga diplomu. 1920. gadā E. Burtnieks iestājās 1. Petrogradas medicīnas institūtā (tagad Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова, agrākais Sieviešu medicīnas institūts, Женский медицинский институт), ko kā ārsts absolvēja 1926. gadā.

E. Burtnieks strādāja par ārstu Ļeņingradā (tagad Sanktpēterburga), vēlāk Karēlijā (Medvežjegorskā) un īslaicīgi arī Urālos. No 1929. gada specializējās ftiziatrijā, izstrādājot medicīnas zinātņu kandidāta disertāciju par tuberkulozi Ļeņingradā (Туберкулезная болезненность в Ленингаде, 1943). No 01.06.1935. līdz 01.02.1947. E. Burtnieks bija Ļeņingradas Tuberkulozes zinātniski pētnieciskā institūta (Ленинградский научно-исследовательский туберкулезный институт) direktora vietnieks. Otrā pasaules kara laikā, Ļeņingradas blokādes posmā (1941–1944), E. Burtnieks vadīja arī kara hospitāli (netālu no savas dzīvesvietas Vasīlija salā); medicīnas dienesta majors.

Pēc Paula Stradiņa aicinājuma E. Burtnieks atgriezās Latvijā padomju otrreizējās okupācijas laikā (02.1947.) un kļuva par LVU Medicīnas fakultātes (no 1950. gada – RMI) Iekšķīgo slimību diagnostikas un propedeitikas katedras vadītāju un Republikas klīniskās slimnīcas (tagad Paula Stradiņa klīniskās universitātes slimnīca) galveno ārstu (1947–1951).

15.06.1948. LVU E. Burtnieks aizstāvēja medicīnas zinātņu doktora disertāciju par plaušu tuberkulozes ārstēšanu ar pneimotoksisko serumu (Экспериментальные иклинические материалы о лечении легочного туберкулеза пневмотоксической сывороткой). No 1949. gada bija profesors. No 18.03.1949. LVU Medicīnas fakultātes dekāns (līdz reorganizācijai 1950. gada vasarā, kad kļuva par RMI pirmo direktoru).

E. Burtnieks no 1942. gada bija Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Komunistiskās partijas biedrs. Ieņēma Latvijas Komunistiskās partijas Centrālās komitejas locekļa amatu (no 1949. līdz 1951. gadam). Darbojās arī profesionālās organizācijās: bija Latvijas Terapeitu zinātniskās biedrības priekšsēdētājs un Latvijas Ftiziatru zinātniskās biedrības priekšsēdētājs (1952–1958).

E. Burtnieks gāja bojā 60 gadu vecumā pēc satiksmes negadījuma uz Jūrmalas šosejas. Apbedīts Serafima kapsētā Ļeņingradā (tagad Sanktpēterburga), kur atdusas arī E. Burtnieka dzīvesbiedre Vera, meita Gertruda un mazdēls Ernests. 

Ievērojami ir E. Burtnieka pētījumi plaušu tuberkulozes ārstēšanā, izmantojot paraaminosalicilskābi, pneimotoksisko serumu, neliela asins daudzuma pārliešanu, mainīgu diētu un mākslīgu pneimotoraksu.

E. Burtniekam bija izšķiroša nozīme RMI izveidošanā. 10.06.1950. ar PSRS Ministru padomes rīkojumu, ko parakstīja Josifs Staļins (Иосиф Виссарионович Джугашвили/Сталин), Latvijas PSR Ministru padomei tika atļauts uz LVU Medicīnas fakultātes bāzes organizēt RMI. RMI darbu sāka 01.09.1950. Par RMI direktoru Latvijas Komunistiskās partijas Centrālās komitejas birojs ieteica E. Burtnieku. Savā rīcībā un uzskatos E. Burtnieks rīkojās atbilstoši principiem, kurus bija apguvis, ilgus gadus dzīvojot un strādājot PSRS.

1975. gadā Ernesta Burtnieka vārdā nosaukta auditorija Paula Stradiņa klīniskajā universitātes slimnīcā (Pilsoņu ielā 13).

E. Burtnieks 1949. gadā saņēma Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Nopelniem bagātā zinātnes darbinieka goda nosaukumu. 1955. gadā E. Burtnieks ievēlēts par PSRS Medicīnas zinātņu akadēmijas korespondētājlocekli. Apbalvots ar diviem PSRS ordeņiem (Darba Sarkanā Karoga ordenis, ordenis “Goda Zīme”) un vairākām medaļām.