Augstskolas struktūra laika gaitā būtiski mainījusies. Pēc augstskolas akreditācijas 2007. gadā LA struktūru veidoja četras nodaļas – Pastorālā nodaļa, Pedagoģijas nodaļa, Baznīcas mūzikas un liturģijas nodaļa, Mazā Lutera akadēmija. Mazā Lutera akadēmija piedāvāja ikvienam interesantam klausīties lekciju ciklus par dažādām ar teoloģiju saistītām tēmām. Šobrīd LA struktūra organizēta, piedāvājot akadēmiskās un profesionālās izglītības studiju programmas. Kopš 2012. gada LA ir divas akreditētas studiju programmas: akadēmiskā bakalaura programma “Teoloģija” un profesionālā bakalaura programma “Baznīcas mūzika”. Tomēr pēdējos gados LA tiek īstenota tikai studiju programma “Teoloģija”. Reflektantu un studējošo skaita samazinājuma dēļ studiju programmu “Baznīcas mūzika” plānots slēgt vai reorganizēt.
Kā atsevišķa struktūrvienība LA 05.2021. izveidota Atvērtā akadēmija mūžizglītības pieejamības, piedāvājuma un pārvaldības nodrošināšanai. 2024. gadā LA Atvērtā akadēmija piedāvā neformālās izglītības programmu “Teoloģija un kalpošana”, kurā tiek sniegta pamatizglītība baznīcas atzītai kalpošanai par evaņģēlistu, lektoru, diakonāta darbinieku, svētdienas skolas skolotāju, kā arī citu aicinājumu pildīšanai kalpošanai draudzē un sabiedrībā.
Zinātniskajai pētniecībai LA nav izveidota atsevišķa struktūrvienība, bet tā integrēta LA kopējā darbā. LA īsteno zinātnisko pētniecību lietišķo pētījumu jomā. Atbilstoši LA stratēģijai kā prioritārie pētniecības virzieni noteikti: vispārējā un Latvijas baznīcas vēsture, sistemātiskā teoloģija, bibliskā un ekseģētiskā teoloģija, praktiskā teoloģija.
Studentu skaita ziņā LA ir viena no mazākajām augstskolā Latvijā. Pirmajā darbības gadā LA mācības uzsāka 13 studējošie. Vislielāko studējošo skaitu LA sasniedza 2013./2014. gadā, kad augstskolā mācījās 61 students. Turpmākajos gados LA studējošo skaits samazinājies, tomēr raksturojams kā kvantitatīvi stabils. 2017./2018. gadā studējošo kopskaits LA bija 38, 2018./2019. gadā – 29, 2019./2020. gadā – 26, 2020./2021. gadā – 28 un 2021./2022. gadā – 28.