2026. gada sākumā bibliotēkas grāmatu un periodikas krājums ir sadalīts arhīva un aktīvajā (agrāk – operatīvais) fondā. Arhīva fondā glabājas viens eksemplārs no katra iespieddarba (obligātais eksemplārs), kas paredzēts īpaši saudzīgai glabāšanai. To paredzēts izsniegt lietošanai lasītavā pētījumiem tikai gadījumā, ja otra eksemplāra nav. Aktīvajā fondā glabājas katra iespieddarba otrais vai trešais eksemplārs, kas paredzēts izsniegšanai arī mājas abonementā.
Misiņa bibliotēkas krājums no 782 grāmatām 500 sējumos (kopsējumos) 1890. gadā izaudzis līdz vairāk nekā 1,5 miljoniem grāmatu, periodisko izdevumu un sīkiespieddarbu un vairāk nekā vienu miljonu rokrakstu lielu krājumu (2025. gada 1. decembrī).
Jau ar 1932. gadu Misiņa bibliotēka sāka saņemt t. s. obligāto preses eksemplāru, t. i., pa vienam eksemplāram no visiem Latvijā iespiestajiem drukas izdevumiem. No 1959. gada septembra Misiņa bibliotēka sāka saņemt LPSR bezmaksas obligāto grāmatas eksemplāru. 50. gadu beigās starptautiskās grāmatu apmaiņas ceļā vai kā dāvinājumu Misiņa bibliotēka sāka saņemt ārzemēs izdotus iespieddarbus latviešu valodā, tie lielākoties nokļuva specfondā, bet 1987. gadā sākās specfonda pārskatīšana un pakāpeniska fondu sapludināšana. 2026. gada sākumā Misiņa bibliotēka saņem divus obligātos eksemplārus no katra Latvijā iespiestā drukas izdevuma.
Misiņa bibliotēkas krājumu veido grāmatas, periodiskie izdevumi (laikraksti, žurnāli un turpinājumizdevumi), sīkiespieddarbi un rokraksti. Starp retākajiem izdevumiem minami Georga Manceļa (Georg Manzel) “Latvietis” (Lettus, das ist Wortbuch..., 1637), Ernsta Glika (Johann Ernst Glück) latviešu valodā tulkotās Bībeles pirmizdevums (1689), Liborija Depkina (Liborius Depkin) “Jāņa Stakela gaudu dziesma” (1703), “Līvlandes zemes likumi” (Lieffländische Landes-Ordnungen, 1705), “Jauna un veca latviešu laiku un notikušu lietu grāmata” (1762–1798) u. c.; no žurnāliem – “Latviešu Ārste” (1768), “Latviska Gada grāmata” (1797–1798) u. c.; no laikrakstiem – “Latviešu Avīzes” (1822–1915) u. c.
Bibliotēkas krājumā sīkiespieddarbi ir izdalīti atsevišķi, tie ir – kalendāri, kuros maz teksta (kabatas, sienas, pārliekamie, noplēšamie, tabeļkalendāri), mācību u. c. iestāžu prospekti, mācību programmas, izstāžu katalogi, dažādu organizāciju un biedrību statūti, teātru un koncertu programmas, mākslinieku zīmētas afišas, pastkartes u. tml.
Rokrakstu krājumā glabājas vietējo un trimdas latviešu rakstnieku, valodnieku, literatūrzinātnieku, folkloristu, komponistu, skolotāju, mākslinieku, zinātnieku, kultūras un sabiedrisko darbinieku u. c. fondi, ko veido dažādi personīgie dokumenti, vēstules, manuskripti, piezīmes, fotogrāfijas, notis, grafikas darbi, piemiņas lietas un citas personas un laikmeta liecības. Vecākā rokrakstu kolekcija iegūta no Latviešu draugu biedrības materiāliem, tajā ietilpst senu latviešu grāmatu un vārdnīcu manuskripti, to noraksti un citi materiāli vācu, latīņu un latviešu valodā no 17., 18. un 19. gs. Pie lielākajiem rokrakstu fondiem minami Latviešu draugu biedrības, K. Egles, J. Misiņa, Teodora Zeiferta, Matīsa Kaudzītes, Reiņa Kaudzītes, Anša Gulbja, Alfrēda Gobas, Artūra Ozola, Alfrēda Bīlmaņa, Jāņa Andrupa, Pētera Aigara, Ulda Ģērmaņa, Jāņa Liepiņa, Jura Soikana, Eduarda Berklava, Veltas Tomas, Mildas Grīnfeldes, Sigizmunda Timšāna, Mavrika Vulfsona, Astrīdes Ivaskas, I. Ziedoņa un daudzi citi fondi.