Īsa vēsture Senākās ateisma idejas ir sastopamas hinduisma vēdu periodā (ap 1500.–500. g. p. m. ē.). Sānkjas tradīcijas tekstus ir iespējams interpretēt ateistiskā gaismā. Šīs skolas pārstāvji ticēja tam, ka cilvēka dvēsele var sasniegt augstāko stāvokli. To neveicina kāds ārējs spēks; nemainīgais dievs radītājs nevar būt mainīgās pasaules veidotājs. Čarvakas skolas (6. gs. p. m. ē.) pārstāvji tiek uzskatīti par materiālistiem un ateistiem hinduisma kontekstā. Viņu autentiskie teksti nav saglabājušies, un šīs skolas iespējami ateistisko pieeju galvenokārt ir fiksējuši oponenti, kuri tajā saskatīja draudu hinduisma tradīcijai.
Rietumu kontekstā ateisma ideju izcelsme ir saistīta ar seno grieķu filozofiju. Šajā periodā ar ateismu saprata gan uzskatus, kas vērsās pret dievu pastāvēšanu, gan jebko, ko varēja uzskatīt par necieņu pret tradicionālo reliģiozitāti. Daudzi filozofi pirms Sokrata (Σωκράτης) ir skaidrojuši pasaules uzbūvi materiālistiski, netiešā veidā kritizējot teoloģiskās pārliecības par dievu radīto pasauli. Ksenofans (Ξενοφάνης) kritizēja antropomorfiskus dievu tēlus, kas bija raksturīgi seno grieķu kultam, un uzskatīja, ka dievi nevar izskatīties kā cilvēki. Sokrats tika apsūdzēts bezdievībā jeb ateismā un savu ideju izplatīšanā, kaut arī pats saskaņā ar liecībām ir noraidījis savu vainu. Teodora no Kirēnas (Θεόδωρος ὁ Κυρηναῖος) piemērs rāda, ka antīkā laikmeta filozofu kritika pret tautas reliģijas izpausmēm (antropomorfiskas dievības, kulti un rituāli) varēja tikt saukta par ateismu. Cits spilgts piemērs ir kristietības agrīnais periods (1.–3. gs.), kurā šīs tolaik jaunās reliģiskās kustības pārstāvji nereti tika dēvēti par ateistiem, jo atteicās pielūgt Romas Impērijas tradicionālās dievības, kaut arī paši kristieši tic Dievam, kas ir radītājs. Viņi uzskatīja un joprojām uzskata, ka pagāniskas dievības ir nepatiesas.
Renesanses laikmeta domātāji attīstīja zinātnē un eksperimentos balstītu pieeju pasaules izziņai, kas nereti izvērtās konfliktā ar baznīcu. Nikolaja Kopernika (Nicolaus Copernicus) heliocentriskās sistēmas publiskošana izraisīja Romas katoļu baznīcas pārstāvju asu reakciju. Viņi rakstīja atspēkojošus traktātus, kritizējot N. Kopernika teorijas. Nikolo Makjavelli (Niccolò Machiavelli) uzskatīja reliģiju par cilvēku izgudrojumu, kas ir noderīgs valsts pārvaldei un sabiedrības kārtībai.
Filozofu Baruhu Spinozu (Baruch Spinoza) laikabiedri arī uzskatīja par ateistu, jo viņa Dieva koncepcijas izpratne atšķīrās no kristiešu un jūdu uzskatiem par Dievu kā personu, kurai ir griba, mērķi un prāts. B. Spinoza drīzāk bija panteists, jo viņš domāja, ka dievišķais piemīt visai realitātei. B. Spinozas uzskati iedvesmoja arī vēlāko ateisma domu, savukārt viņa konflikts ar baznīcu kalpoja par piemēru neatkarīgai un teoloģijai nepiesaistītai filozofijai.
Vācu filozofs Matiass Knucens (Matthias Knutzen) tiek uzskatīts par pirmo atklāto ateisma pārstāvi Rietumu filozofijas vēsturē. M. Knucens noraidīja pārdabiskos spēkus, būtnes, jēdzienus, to starpā Dievu, sātanu un dvēseles nemirstību. Viņš uzskatīja, ka Bībele nevar būt uzticams informācijas avots vairāku pretrunu dēļ, kuras M. Knucens tajā saskatīja. Cilvēku lēmumiem, viņaprāt, jābalstās saprātā, nevis reliģiskajās vai laicīgajās autoritātēs.
18. gs., apgaismības laikmetā, attīstījās franču materiālisma filozofiskā skola. Tās pārstāvju vidū bija ievērojamais ateisma domātājs Denī Didro (Denis Diderot). D. Didro bija “Enciklopēdijas jeb Zinātņu, mākslu un amatu skaidrojošās vārdnīcas” (Encyclopédie, ou dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers, 1751–1772) redaktors un idejas autors. Šī enciklopēdija izpelnījās kritiku par tās attieksmi pret baznīcu un dabiskā likuma jēdzienu. Enciklopēdijas publicēšana tika īslaicīgi aizliegta ar Francijas monarhijas ediktu 1752. gadā, izdošana turpinājās slepenībā. Aizlieguma pamatojums bija saistīts ar neticības vairošanu, reliģijas un morāles apšaubīšanu, kā arī monarhijas autoritātes graušanu.
Skotu filozofs Deivids Hjūms (David Hume) savā darbā “Par brīnumiem” (On Miracles, 1748), kas ir daļa no grāmatas “Pētījums par cilvēka sapratni” (An Enquiry Concerning Human Understanding, 1748), brīnumus raksturoja kā dabas likumu pārkāpumu, bet stāstus par tiem – par maldiem, kurus izplata neuzticami liecinieki. D. Hjūma izpratnē šādi stāsti nevar būt racionālu spriedumu pamatā. Līdz ar to kristietības centrālais stāsts par Jēzus augšāmcelšanos pēc nāves ir maldīgs. Pastāv uzskats, ka D. Hjūms nebija ateists, bet racionālistisks filozofs, kurš kritizēja trūkumus reliģijas filozofijā. Tomēr D. Hjūma reliģijas kritika ir ietekmējusi turpmākās ateistu paaudzes.
Franču revolūcijas laikā revolucionārie līderi vērsās pret kristietību kā pret daļu no “vecā režīma” (Ancien régime), kas bija monarhijas laikmets. Antiklerikālās darbības, kuras veica revolucionāri, sekmēja garīdznieku izraidīšanu no Francijas vai viņu pakļaušanos jaunajai valdībai. Revolucionārā valdība arī vēlējās aizvietot kristietību ar Augstākās būtnes kultu (Culte de l’Être suprême) kā valsts reliģiju. Šis kults savukārt aizvietoja citu revolucionāro ideoloģiju, Saprāta kultu (Culte de la Raison). Maksimiliāns Robespjērs (Maximilien Robespierre) noraidīja Saprāta kultu, kas bija ateistisks un antropocentrisks. M. Robespjērs uzskatīja, ka reliģija un tās kults ir nepieciešami sabiedrības kārtības uzturēšanai. Šis jaunais kults aizstāvēja Dieva un nemirstīgās dvēseles pastāvēšanu, bet minētie jēdzieni kalpoja Franču republikas un demokrātijas vērtību uzturēšanai.
Vācu filozofs Ludvigs Feierbahs (Ludwig Feuerbach) grāmatā “Kristietības būtība” (Das Wesen des Christentums, 1841) aprakstīja reliģiju no antropocentriskas perspektīvas, proti, tā esot cilvēku izgudrojums un cilvēka iekšējās iedabas projekcija. Dievs un viņa kvalitātes ir cilvēka labāko īpašību iemiesojums. L. Feierbaha uzskati ir ietekmējuši Kārli Marksu (Karl Marx) un Frīdrihu Nīči (Friedrich Nietzsche), kuri savos darbos ir vērsušies pret reliģiju kopumā un atsevišķi – pret kristietību.
20. gs. ateisms kļuva par valsts ideoloģiju komunistiskajās valstīs, Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā (PSRS) un Ķīnas Tautas Republikā (1949). PSRS aizstāvēja ateismu kā valsts ideoloģiju, kas tika mācīta skolās. Praksē tomēr pieļāva reliģisko organizāciju darbību. Tās tika stingri kontrolētas valstiski. Izņēmumi bija vairākas pagrīdes jeb katakombu kristiešu organizācijas, kuras atteicās sadarboties ar PSRS valdību. Ķīnas Tautas Republikas satversme aizstāv reliģisko uzskatu brīvību, lai gan praksē jebkurai reliģiskai organizācijai, kas vēlas pastāvēt, ir jāsadarbojas ar valsts iestādēm.
20. gs. Rietumos ateisms veidojās par filozofisku skolu, kuras pārstāvji bija ievērojami filozofi, piemēram, Bērtrands Rasels (Bertrand Russell), kurš uzskatīja reliģiju par māņticību. 20 un 21. gs. veidojās Jaunā ateisma (New Atheism) domātāju kopa, kuras pazīstamākais pārstāvis ir Ričards Dokinss (Richard Dawkins), grāmatas “Dieva delūzija” (The God Delusion, 2006, latviski 2014) autors. Tā apraksta ticību Dievam mūsdienās kā maldus, kas ir pretrunā ar zinātnes nepārprotamajām liecībām.