JSKS pārvaldi veidoja pilnsapulce, padome, valde un revīzijas komisija. Augstākā vara biedrības pārvaldē bija pilnsapulcei, un tā tika sasaukta reizi gadā. Pilnsapulcē valde informēja biedrus par iepriekšējā darbības gadā paveikto, atskaitījās par JSKS finanšu rādītājiem, apstiprināja biedrības budžetu un turpmākās darbības plānu, ievēlēja padomi un revīzijas komisiju. Padomi ievēlēja uz trīs gadiem. Reizi gadā no padomes izstājās 1/3 no padomes loceklēm, kuru vietā tika ievēlētas kandidātes. Padomē bija 16 locekles, no kurām pusei bija jābūt latvietēm. JSKS statūtu grozījumi 1933. gadā noteica, ka padomē ir 18 locekles, no kurām 2/3 bija jābūt latvietēm. Padome bija atbildīga par biedru uzņemšanu un izslēgšanu, biedrības darbinieču pieņemšanu un atlaišanu, kā arī par valdes ievēlēšanu.
JSKS valdi ievēlēja no padomes locekļu vidus, un valdē bija piecas amatpersonas, kuras ievēlēja uz vienu gadu: valdes priekšsēdētāja, priekšsēdētājas biedre, kasiere, sekretāre un mantzine. Padomē, valdē un revīzijas komisijā varēja ievēlēt tikai pilngadīgās (vecākas par 21 gadu) biedres, bet pēc 1933. gada biedrības amatos varēja ievēlēt biedres, kuras bija sasniegušas 25 gadu vecumu un darbojās savienībā ne mazāk par sešiem mēnešiem. JSKS pastāvēšanas laikā biedrībai bija sešas priekšsēdētājas: Marta Berga (1921), iespējams, Alise Sūna, Vilma Bērziņa (1924–1926), Milda Spudiņa (1927–1931), Elizabete Alksne (1932–1938), Lilija Brante (1939, 1940).
Biedrības centrālā valde atradās Rīgā, bet ar padomes atļauju JSKS varēja dibināt nodaļas, komitejas, klubus un pulciņus. JSKS bija nodaļas Čiekurkalnā (1930), Latgales priekšpilsētā Rīgā (1931), Sarkandaugavā (1931), Bauskā (1931), Valkā (1932), Ventspilī (1933), Kandavā (1935) un Sabilē (1936). Biedrības darbība tika organizēta atsevišķās komitejās: statūtu, biedreņu, izglītības, līdzekļu vākšanas, propagandas, loterijas, Ziemassvētku tirdziņu, izrīkojumu, mājas, internāta, darbības paplašināšanas, pagaidu mītnes, rezerves meiteņu, klubu, pulciņu un citās.
JSKS klubi un pulciņi tika veidoti pēc vecuma un tautības principa – pieaugušo sieviešu klubi, pārejas klubi, jaunatnes klubi (Rezerves meitenes) un meiteņu klubi (Dzirkstelītes). Dzirkstelītes apvienoja meitenes vecumā no 6 līdz 12 gadiem. Rezerves meitenēs varēja uzņemt meitenes vecumā no 12 līdz 18 gadiem. Visām, kuras sasniedza 18 gadus, pēc sešu mēnešu ilgas dalības klubā obligāti bija jāiestājas par aktīvu biedri JSKS. Pārejas klubos ieskaitīja jaunietes vecumā no 18 līdz 21 gadam.
JSKS bija viena no Latvijas Sieviešu organizāciju padomes dibinātājām 08.1925. un tās dalīborganizācija kopš 03.1931.