Empīriskas zināšanas izmantoja dzemdībpalīdzībā, ievainojumu un kaulu lūzumu, arī vairāku iekšķīgo slimību dziedināšanā. Veica operācijas, reizēm pat sarežģītas (trepanāciju). Plaši izmantoja ārstniecības augus, dziednieciskos avotus. Radās profesionāli tautas dziednieki. Līdz ar kristietības ekspansiju ienāca Rietumeiropas medicīnas tradīcijas. Rīgā pirmie mediķi minēti 13. gs. beigās, no 1360. gada sāka veidoties pilsētu medicīnas administratīvā sistēma. Pirmās slimnieku patversmes Rīgā – Sv. Jura, Sv. Gara, Sv. Lācara hospitāļi. Tie dibināti 13.–14. gs., un ar tiem nosacīti sākās stacionārā ārstniecība, jo slimnīcas mūsdienu izpratnē radās tikai 19. gs. Pirmā aptieka Rīgā minēta 1357. gadā; 17. gs. beigās Latvijas teritorijā bija 20 aptiekas. Viduslaikos bieži plosījās epidēmijas. Briesmīgākais bija mēris, kas pirmoreiz konstatēts 1351. gadā. Postošākais bija Lielais mēris 1710. gadā. 13.–16. gs. bija izplatīta lepra, kas atjaunojās 19. gs. Bakas, dizentērija un dažādu tīfu epidēmijas plašāk pazīstamas no 16. gs. Sifiliss izplatījās no 16. gs., apogeju sasniedzot 19. gs. Pilsētās pakāpeniski ieviesās sanitārā labiekārtošana, kas mazināja epidēmijas.
Nopietnākas zinātniskās medicīnas tradīcijas iedibinājās 16. gs., kad parādījās pirmie ievērojamie ārsti Jans Kornārijs (Ianus Cornarius), Matiass Frīzners (Matthias Friesner), Zaharijs Stopijs (Zacharias Stopius), Kaspars Fīdlers (Kaspar Fiedler). Medicīnas zinātni sekmēja Tērbatas Universitātes un Jelgavas Pētera akadēmijas (Academia Petrina) dibināšana. 1736.–1824. gadā Rīgā darbojās anatomikums ķirurgu bārddziņu un vecmāšu apmācībai. 1768. un 1769. gadā pirmo periodisko izdevumu latviešu valodā ‒ “Latviešu Ārste” ‒ publicēja Pēteris Ernsts Vilde (Peter Ernst Wilde). 18. gs. sākta kūrortu (Bārbele, Baldone) zinātniskā izpēte.