No 18.07.1944. Sarkanā armija karadarbības gaitā pakāpeniski pārņēma kontroli pār Latvijas teritoriju. Reokupētajos reģionos tūlītēji darbu uzsāka PSRS drošības dienestu – Iekšlietu Tautas komisariāta, NKVD (Народный комиссариат внутренних дел, НКВД) un Valsts Drošības tautas komisariāta, NKGB (Народный комиссариат государственной безопасности СССР, НКГБ СССР) nodaļas, kā arī Aizsardzības komisariāta galvenā pretizlūkošanas pārvalde Смерш (saīsinājums no Смерть шпионам!, “Nāvi spiegiem!”; “Smerš”). Šīs iestādes nekavējoties uzsāka represējamo personu arestus. Daļa represijām potenciāli pakļauto cilvēku sāka slēpties, lai netiktu apcietināti. Dažu dienu laikā reokupētajos reģionos tika uzsākta arī iedzīvotāju nelikumīga mobilizācija Sarkanajā armijā, kas līdzīgi arestiem izraisīja cilvēku pāriešanu nelegālā stāvoklī. Pagrīdē aizgājušie cilvēki pakāpeniski sāka apvienoties nacionālo partizānu grupās. Lielākajā daļā Latvijas teritorijas, kas nonāca PSRS kontrolē līdz 08.05.1945., jau kopš 1944. gada nogales norisinājās partizānu grupu veidošanās, kas pastiprinājās 1945. gada pavasarī pēc siltāku laikapstākļu iestāšanās. Partizānu grupu veidošanās Kurzemē norisinājās vēlāk, 1945. gada vasarā.
Partizānu cīņa ar okupācijas režīma spēkiem norisinājās no 1944. gada vasaras nogales. Pirmā reģistrētā sadursme ar okupācijas režīma spēkiem notika 27.08.1944. Abrenes apriņķa Šķilbēnu pagastā. Aktīva partizānu darbība Vidzemē un Latgalē sākās 1945. gada pavasara otrajā pusē un īpaši pastiprinājās 1945. gada vasarā, kad uzbrukumi padomju okupācijas režīmam visā Latvijā notika gandrīz katru dienu. Partizānu uzbrukumu galvenie mērķi bija vietējās civilpārvaldes institūcijas un to darbinieki, dažādi saimnieciskie objekti, vietējie padomju aktīvisti, drošības iestāžu darbinieki un paramilitāro palīgvienību jeb t. s. istrebiķeļu bataljonu (истребительные батальоны, padomju drošības dienestiem padotas un uz brīvprātības principa komplektētas vienības dažādu represīvo un apsardzes uzdevumu izpildei) kaujinieki. Bieži tika ieņemti pagastu centri, piemēram, Valkas un Alūksnes apriņķī 1945. gadā partizāni ieņēma deviņu pagastu centrus, turklāt divus no tiem divreiz. Nereti šajās operācijās piedalījās vairāki desmiti partizānu. Tā kā okupācijas režīms daudzviet Latvijas lauku reģionos līdz pat 1945. gada vasarai nebija spējis nostiprināties, nacionālie partizāni spēja tos daļēji kontrolēt. Unikāla epizode, kas apliecināja partizānu kustības spēku, bija Alsviķu pamiers. Tas izpaudās kā ugunspārtraukšanas režīms starp partizāniem un padomju drošības iestāžu darbiniekiem Valkas apriņķī 28.09.–09.10., kas ar nelieliem izņēmumiem tika ievērots.
Lielākā nacionālo partizānu kauja pret okupācijas režīma spēkiem visā nacionālo partizānu cīņu laikā Latvijā bija Stompaku kauja Abrenes apriņķī 02.03.1945.–03.03.1945. Tajā NKVD 143. strēlnieku pulka kaujas grupa 483 cilvēku sastāvā uzbruka Latvijas Nacionālo partizānu apvienības (LNPA) mītnei Stompaku purvā (starp Balviem un Viļaku), kur dzīvoja apmēram 350 cilvēki. Nacionālie partizāni spēja noturēties līdz vakara tumsai un naktī izlauzties no aplenkuma. Kaujā krita un vēlāk no ievainojumiem mira 28 partizāni, bet pretiniekam bija 46 kritušie.
Partizānu cīņu pirmajā posmā tika izveidotas arī nozīmīgākās nacionālo partizānu organizācijas, piemēram, 10.12.1944. Abrenes apriņķa Viļakas pagastā tika dibināta LNPA, savukārt 07.1945. savus statūtus pieņēma Latvijas Tēvzemes sargu (partizānu) apvienība. Kurzemē 1945. gadā izveidojās Latvijas Nacionālo partizānu organizācija un Ziemeļkurzemes partizānu organizācija. Visu nacionālo partizānu organizāciju deklarētais cīņas mērķis bija Latvijas valstiskās neatkarības atgūšana, kas tika uzsvērts arī šo organizāciju dibināšanas dokumentos un statūtos. Partizānu organizāciju darbība ietvēra ne tikai militāras operācijas, bet arī propagandas darbu, kas izpaudās dažādu pagrīdes uzsaukumu, kā arī avīžu drukāšanā un izplatīšanā. Kopumā partizānu cīņu laikā Latvijā izdotas vismaz 14 dažādas partizānu avīzes.