J. Klīdzējs ir reālisma tradīciju turpinātājs 20. gs. latviešu literatūrā. Viņa prozas stils ir poētisks, nozīmīga vieta tajā ir dabas un sadzīves tradīciju aprakstiem. Daiļrades centrā ir Latgales tēlojums, kam rakstnieks atkārtoti pievērsies arī trimdā pavadītajos gados, atmiņu romānos atspoguļojot gan paša, gan savu laikabiedru jaunības gadu pieredzi dzimtajā novadā. “Cilvēka bērns” (1956) ir viens no pirmajiem spilgtākajiem atmiņu romāniem trimdas rakstniecībā, tā vēstījums veidots maza zēna Bonifācija Pāvulāna, saukta par Boņu, skatījumā. Romāna “Cilvēka bērns” norises aptver nepilnu gadu, un līdzīgi rakstnieks rīkojies jaunības atmiņās balstītajā romānā “Sniegi” (1963), kurā attēlots laiks no pavasara līdz pavasarim. J. Klīdzēja darbiem nozīmīgo radošā cilvēka pasauli šajā romānā pārstāv klejojošais muzikants Florians Ruduks. Rakstnieka jaunības gadu Latgalei veltīto darbu kopainā iekļaujas arī romāns “Dāvātās dvēseles” (1986), kura veidojumā būtiska loma ir J. Klīdzēja sievas Emīlijas atmiņām. Viņa uzskatāma arī par centrālā tēla Milces Salānes prototipu. Daļa no darbiem, kas veltīti dzimtajam novadam, ir sacerēti vai paša rakstnieka pārveidoti latgaliešu rakstu valodā. Tāpat J. Klīdzēja uzmanības lokā ir trimdas pieredze, it īpaši psiholoģiskās problēmas, kas pavada bijušo Otrā pasaules kara dalībnieku dzīvi svešumā, kā arī trimdinieku psiholoģiskā sašķeltība, vienlaikus dzīvojot vairākās realitātēs – pasaulē un Latvijā, respektīvi, profesionālajā jomā, kas aizrit sveštautiešu vidū, un ikdienas sadzīvē, kas lielā mērā risinās latviešu sabiedrībā. Šīs tēmas skartas garstāstā “Džūna” (1954), romānos “Zilie kalni” (1960), “Dzīvīte, dzīvīte, šūpojos tevī” (1979. gadā, Latvijā 1995. gadā ar nosaukumu “Bārenis”), “Otrais mūsos” (1983), “Gribējās saullēkta” (1990–1991, periodikā) un citos literārajos darbos. Svešumā pavadītajos gados J. Klīdzējam nozīmīga ir kolektīvās atmiņas uzturēšana un ar to cieši saistītā kultūras personību devuma dokumentācija. Viņa uzmanība īpaši bija pievērsta Latgales novada pārstāvjiem Antonam Rupainim, Albertam Sprūdžam, Francim Murānam, Aleksim Rubulim, Leonardam Latkovskim, Heronīmam Tihovskim un citiem. Atsevišķas esejas J. Klīdzējs veltījis arī Zentai Mauriņai, Konstantīnam Raudivem, Zinaīdai Lazdai, Jānim Andrupam, Edgaram Andersonam, Leonīdam Slaucītājam un citiem latviešu rakstniekiem un zinātniekiem. Savas atziņas par sabiedriskās dzīves jautājumiem rakstnieks apkopoja apceru grāmatās “Prezidents un Latvijas paaudze” (1975) un “Ievainotā dzīve” (1976). Viņš vērīgi sekoja arī notikumiem Latvijā.