Neatkarības atgūšanas laikā ar Daugavpils pašvaldības un sabiedrības atbalstu notika Daugavpils teātra atjaunošana. Teātra uzdevums bija izveidot divas – latviešu un krievu – trupas. Šim nolūkam tika uzņemti četri aktieru kursi – divi latviešu un divi krievu kursi. Par galveno režisoru 1988. gadā tika iecelts režisors N. Klētnieks. Par aktieru kursu pedagogiem uzaicināja Annu Eižvertiņu un Pēteri Krilovu. Viņu vadībā izaudzinātie aktieri kļuvuši par ievērojamiem skatuves māksliniekiem vairākos Latvijas teātros. Viņu vidū Jaunā Rīgas teātra aktieri: Vilis Daudziņš, Ģirts Krūmiņš; Dailes teātra aktieris Artis Robežnieks; Valmieras teātra galvenā režisore Indra Roga. P. Krilova režijā 1991. gadā izveidotā pirmā aktieru kursa diplomdarba izrāde – Viljama Folknera (William Cuthbert Faulkner) “Vājprātīgā stāsts, pilns niknuma un trokšņa” (The sound and the fury) – mākslinieciski novatorisko kvalitāšu dēļ kļuvusi par izcilu notikumu visā latviešu teātra vēsturē. Arī jaunākā aktieru kursa diplomdarba izrāde – Fjodora Dostojevska (Федор Михайлович Достоевский) “Velni” (Черты) Pētera Krilova režijā – 1993. gadā guva nedalītu skatītāju un kritikas atzinību. Cerīgi iesāktais Daugavpils teātra atjaunošanas darbs aprāvās 1996. gadā, kad smagās finansiālās situācijas, kā arī skatītāju neatsaucības dēļ talantīgie latviešu aktieru kursu absolventi un režisors P. Krilovs pameta Daugavpili un pārcēlās uz Rīgu. Darbu Daugavpils teātrī no 1996. līdz 1999. gadam spēja turpināt tikai krievu trupa. Par teātra māksliniecisko vadītāju uzaicināja V. Maculēviču, kurš līdzās izrāžu iestudēšanai teātra krievu trupā centās organizēt latviešu aktieru apmācību, lai atjaunotu latviešu trupas iestudējumus. 1999. gada rudenī ar Daugavpils domes atbalstu Daugavpils Universitātē tika uzņemts jauns aktieru kurss. 2001. gadā par Daugavpils teātra direktori kļuva Inese Laizāne. Pēc viņas iniciatīvas tika mainīts Daugavpils teātra pārvaldes modelis: likvidēts mākslinieciskā vadītāja postenis un izveidota mākslinieciskā padome, kurā ietilpa teātra režisori, aktieru pārstāvji, direktors. Par režisoru V. Maculēviča vietā sāka strādāt Harijs Petrockis. 2002. gadā mācības pabeidza latviešu aktieru kurss, kas izveidoja latviešu trupas pamatsastāvu. H. Petrocka mākslinieciskajā vadībā tapušie latviešu un krievu trupas iestudējumi: Raiņa “Pūt, vējiņi” un Edvarda Olbija (Edward Albee) “Kam no Vulfa kundzes bail” (Who`s afraid of Virginia Wolf) krievu trupā 2001. gadā; izrāde-mistērija par Jāni Poruku “Sapņu spēles jeb Dvēseles kumēdiņi”, Māra Čaklā “Čigāns sapnī” 2002. gadā; Aleksandra Kuprina (Александр Иванович Куприн) “Sulamīte” (Суламифь) 2003. gadā; Judžina O` Nīla (Eugene Gladstone O`Neill) “Garas dienas ceļš uz nakti” (Long day`s journey into night) latviešu trupā 2005. gadā apliecina režisora talantu un organizatora spējas. Šajos gados Daugavpils teātris gūst atzinību gan skatītāju, gan teātra kritiķu vidū: 2001. gada balvu kā labākais aktieris saņēma Daugavpils teātra aktieris Rūdolfs Plēpis (izrāde “Sapņu spēles jeb dvēseles kumēdiņi”).
Latviešu un krievu trupā 2019. gadā strādā aktieri: Mihails Abramovs, Miroslavs Blakunovs, Vadims Bogdanovs, Vladimirs Dupaks, Ritvars Gailums, Nikolajs Gedzjuns, Vera Hramņikova, Līga Ivanova, Inese Ivulāne-Mežale, Viktors Jancevičs, Irina Kešiševa, Aleksandrs Komarovs, Maija Korkliša, Māris Korsiets, Natālija Kotona, Žanna Lubgāne, Olga Maksimova, Zanda Mankopa, Jeļena Ņetjosina, Mihails Samodahovs, Milena Savkina, Karīna Sidina, Marks Šelutko, Kristīne Veinšteina, Egils Viļumovs, Kristīna Zaharova.
Pēdējos gados teātris atteicies no dalījuma latviešu un krievu trupās. Teātrī ir vienots aktieru kolektīvs ar dažādās valodās runājošiem aktieriem. Bieži latviešu tautības aktieri piedalās krievu valodā iestudētajās izrādēs un otrādi.
2007. gada oktobrī teātrī tika veikts apjomīgs remonts – tika atjaunota skatītāju zāle, kafejnīca, vestibils un lielā teātra skatuve, t. sk. arī skatuves ripa. Remonts pabeigts 2009. gada maijā.