Jāņa Klīdzēja literārā darbība, kas aptver septiņus politiski sarežģītus un pretrunīgus gadu desmitus, aizsākās 20. gs. 30. gados neatkarīgajā Latvijā. Jaunības ideālu pārņemtais rakstnieks iekļāvās t. s. pozitīvisma ievirzē, uzsverot valsts un sabiedrības ekonomisko izaugsmi un akcentējot garīgās augšupejas potenciālu, it īpaši domājot par sava novada cilvēkiem. J. Klīdzēja darbu nozīmīgākās tēmas, kas aizsāktas jau pirmajos darbos un turpinātas vēlākajā daiļradē, ir enerģisku jauniešu tieksme pēc izglītības, kā arī dzīves apstākļu tēlojums Latgalē, iezīmējot kolorītas sadzīves ainas un saistošus raksturus. Otrā pasaules kara beigās rakstnieks devās bēgļu gaitās un nonāca Vācijā, bet vēlāk pārcēlās uz dzīvi ASV. Šeit viņš turpināja Latgales novada atspoguļojumu literatūrā, pievērsās arī dzīves apstākļiem svešumā un ar to saistītajām psiholoģiskajām problēmām. J. Klīdzējs ar ieinteresētību sekoja norisēm trimdas sabiedrībā un Latvijā, pauda savas domas par aktuāliem jautājumiem, kā arī sacerēja kultūrvēsturiskas esejas, kas galvenokārt veltītas Latgales kultūras darbiniekiem.

J. Klīdzēja mūža pirmie gadi aizvadīti dzimtajās Kurpnieku mājās, ar kurām saistītas spilgtākās bērnības atmiņas. Būtiska loma zēna personības tapšanā bija viņa vectēvam Donatam. Kad no Latvijas Neatkarības kara mājās atgriezās J. Klīdzēja tēvs Aleksandrs, ģimene sāka saimniekot dzimtai piederošajā īpašumā Sakstagala pagasta Livžas Upmaļos. No 1923. gada līdz 1929. gadam J. Klīdzējs mācījās Sakstagala pamatskolā, savukārt no 1929. gada līdz 1933. gadam apmeklēja Rēzeknes Valsts komercskolu, kur viņa literatūras skolotājs bija Latgales kultūras darbinieks Heronīms Tihovskis. Pēc skolas pabeigšanas J. Klīdzējs izglītības gaitas turpināja Rīgā. 1933. gadā viņš uzsāka studijas Latvijas Universitātes Lauksaimniecības fakultātē, kur mācījās līdz 1940. gadam. J. Klīdzējs apmeklēja arī lekcijas citās fakultātēs, augsti vērtēja Paula Jureviča, Teodora Celma un Aleksandra Dauges priekšlasījumus. Maģistra grādu rakstnieks vēlāk ieguva Amerikas Savienotajās Valstīs, kur no 1955. gada līdz 1957. gadam studēja Kalifornijas Universitātē Bērklijā (University of California, Berkeley). Tur iegūtās zināšanas klīniskajā psiholoģijā viņš vēlāk izmantoja, gan strādājot Napas psihiatriskajā slimnīcā no 1957. gada līdz 1977. gadam, gan literāro darbu veidojumā. 

Algotu darbu J. Klīdzējs uzņēmās jau studiju laikā, 20. gs. 30. gados, Rīgā. No 1933. gada līdz 1940. gadam viņš strādāja Latvijas Republikas Tautas labklājības ministrijas Veselības departamenta slimokasē, šajā laikā jau pievēršoties arī literārajam darbam. Otrā pasaules kara gados rakstnieks bija nodarbināts neatkarības laikā iedibinātajā Rīgas pilsētas Psihotehnikas un arodizvēles institūtā, vienā no agrīnākajām institūcijām, kas saistīta ar psiholoģijas zinātni Latvijā. 40. gadu pirmajā pusē J. Klīdzējs iesaistījās arī preses izdevumu darbā, no 1943. gada līdz 1944. gadam bija laikraksta “Daugavas Vēstnesis” redaktors. Pēc Otrā pasaules kara bēgļu gaitām Vācijā, galvenokārt uzturoties Šlēzvigas un Bavārijas zemēs, J. Klīdzējs pārcēlās uz dzīvi ASV, kur sākotnēji strādāja dažādos darbos Demoinā un Čikāgā, bet vēlākajos gados dzīvoja Kalifornijas pavalstī. Gan jaunības gados, gan trimdā J. Klīdzējs pastāvīgi iesaistījās latviešu sabiedrības dzīvē, savus uzskatus aktīvi pauda arī rakstniecībā un presē. Viņa pirmie darbi atklātībā parādījās jau 20. gs. 30. gadu sākumā. Laika posmā pēc 1934. gada publicētajos rakstos J. Klīdzējs pauda atbalstu valsts politiskajam kursam, arī Kārļa Ulmaņa autoritārajam režīmam, saistot tolaik aktuālās nostādnes ar dzīves atjaunotni. Tas bija periods, kas sakrita ar ekonomisko uzplaukumu rakstnieka dzimtajā Latgales novadā. Īpaši daudz J. Klīdzējs tolaik rakstīja par izglītības jautājumiem, par nepieciešamību apgūt zināšanas, kas nodrošinātu cerīgu nākotnes pamatu. Būtiska viņa daiļrades iezīme ir caurviju motīvi un tēli, ar kuriem uzsvērti nozīmīgi literāro darbu aspekti un sižeta līnijas. Autoru interesē vitāli raksturi, kam piemīt emocionāla pasaules uztvere. Raksturīgs šajā ziņā ir J. Klīdzēja stāstā “Benedikta armonika” (1938) tēlotais peļņas strādnieks, kuram piemīt liela enerģija un dvēseles nemiers. Nozīmīgs tēls, kas dažādās variācijās atklāts J. Klīdzēja agrīnajā daiļradē, ir rakstnieks, kurš veido savu literāro karjeru. Izglītības vēlme spilgti atklāta J. Klīdzēja romānā “Jaunieši” (1942), kas ar nosaukumu “Jaunības zeme” sākotnēji 1939. gadā publicēts laikrakstā “Daugavas Vēstnesis”. Jau agrīnajos darbos J. Klīdzējs atklājas kā viens no nozīmīgākajiem 20. gs. Latgales tēlotājiem, turpinot Alberta Sprūdža un citu autoru aizsākto tradīciju, kas turpināta arī trimdas posmā. Vēlākajos gados rakstnieks tāpat detalizēti ielūkojās svešuma gadu pieredzē, attēlojot gan bēgļu laika pārdzīvojumus, gan dzīvi un darbu mītnes zemē ASV. Liftnieka amats Čikāgas laikraksta redakcijas ēkā sniedza vielu J. Klīdzēja romānam “Dženitors” (1955), savukārt vēlākā pieredze darbā Napas psihiatriskajā slimnīcā ir ierosme citiem stāstiem un romāniem. 

J. Klīdzējs ir reālisma tradīciju turpinātājs 20. gs. latviešu literatūrā. Viņa prozas stils ir poētisks, nozīmīga vieta tajā ir dabas un sadzīves tradīciju aprakstiem. Daiļrades centrā ir Latgales tēlojums, kam rakstnieks atkārtoti pievērsies arī trimdā pavadītajos gados, atmiņu romānos atspoguļojot gan paša, gan savu laikabiedru jaunības gadu pieredzi dzimtajā novadā. “Cilvēka bērns” (1956) ir viens no pirmajiem spilgtākajiem atmiņu romāniem trimdas rakstniecībā, tā vēstījums veidots maza zēna Bonifācija Pāvulāna, saukta par Boņu, skatījumā. Romāna “Cilvēka bērns” norises aptver nepilnu gadu, un līdzīgi rakstnieks rīkojies jaunības atmiņās balstītajā romānā “Sniegi” (1963), kurā attēlots laiks no pavasara līdz pavasarim. J. Klīdzēja darbiem nozīmīgo radošā cilvēka pasauli šajā romānā pārstāv klejojošais muzikants Florians Ruduks. Rakstnieka jaunības gadu Latgalei veltīto darbu kopainā iekļaujas arī romāns “Dāvātās dvēseles” (1986), kura veidojumā būtiska loma ir J. Klīdzēja sievas Emīlijas atmiņām. Viņa uzskatāma arī par centrālā tēla Milces Salānes prototipu. Daļa no darbiem, kas veltīti dzimtajam novadam, ir sacerēti vai paša rakstnieka pārveidoti latgaliešu rakstu valodā. Tāpat J. Klīdzēja uzmanības lokā ir trimdas pieredze, it īpaši psiholoģiskās problēmas, kas pavada bijušo Otrā pasaules kara dalībnieku dzīvi svešumā, kā arī trimdinieku psiholoģiskā sašķeltība, vienlaikus dzīvojot vairākās realitātēs – pasaulē un Latvijā, respektīvi, profesionālajā jomā, kas aizrit sveštautiešu vidū, un ikdienas sadzīvē, kas lielā mērā risinās latviešu sabiedrībā. Šīs tēmas skartas garstāstā “Džūna” (1954), romānos “Zilie kalni” (1960), “Dzīvīte, dzīvīte, šūpojos tevī” (1979. gadā, Latvijā 1995. gadā ar nosaukumu “Bārenis”), “Otrais mūsos” (1983), “Gribējās saullēkta” (1990–1991, periodikā) un citos literārajos darbos. Svešumā pavadītajos gados J. Klīdzējam nozīmīga ir kolektīvās atmiņas uzturēšana un ar to cieši saistītā kultūras personību devuma dokumentācija. Viņa uzmanība īpaši bija pievērsta Latgales novada pārstāvjiem Antonam Rupainim, Albertam Sprūdžam, Francim Murānam, Aleksim Rubulim, Leonardam Latkovskim, Heronīmam Tihovskim un citiem. Atsevišķas esejas J. Klīdzējs veltījis arī Zentai Mauriņai, Konstantīnam Raudivem, Zinaīdai Lazdai, Jānim Andrupam, Edgaram Andersonam, Leonīdam Slaucītājam un citiem latviešu rakstniekiem un zinātniekiem. Savas atziņas par sabiedriskās dzīves jautājumiem rakstnieks apkopoja apceru grāmatās “Prezidents un Latvijas paaudze” (1975) un “Ievainotā dzīve” (1976). Viņš vērīgi sekoja arī notikumiem Latvijā.

J. Klīdzēja mūža nopelns ir Latgales ierakstīšana latviešu literatūrā. Viņa nozīmīgākie darbi veltīti dzimtā novada cilvēkiem un to likteņgaitām dzimtenē un svešumā. Latvijā J. Klīdzēja romānu ekranizācijai pievērsās režisors Jānis Streičs. 1991. gadā pēc romāna “Cilvēka bērns” motīviem uzņemta filma ar tādu pašu nosaukumu, tajā rasts poētiski vispārināts Latgales vizuālais tēls. Filma saņēmusi Latvijas Nacionālo kino balvu “Lielais Kristaps” un Lielo balvu starptautiskajā Sanremo kinofestivālā. Savukārt pēc romāna “Sniegi” motīviem režisors 1998. gadā uzņēma filmu “Likteņdzirnas”, šajā gadījumā daudz vairāk attālinoties no literārā pirmavota. Daugavpils teātrī pēc romāna “Sniegi” motīviem 2019. gadā iestudēta izrāde “Kliedzēji” (režisors Viesturs Roziņš).

1937. gadā un 1940. gadā J. Klīdzējam tika piešķirta Kultūras fonda prēmija. Rakstnieks saņēma arī vairākus trimdas sabiedrības apbalvojumus. 1947. gadā par īsprozas krājumu “Mīlētāji un nīdēji” un 1963. gadā par romānu “Sniegi” viņam tika piešķirta Kultūras fonda prēmija, savukārt vēlākajos gados J. Klīdzējs vairākkārt (1980., 1983. un 1985. gadā) ieguva Pasaules Brīvo latviešu apvienības (PBLA) prēmiju. 1986. gadā rakstniekam piešķirta Jāņa Jaunsudrabiņa balva par romānu “Dāvātās dvēseles” un 1990. gadā – Kultūras fonda prēmija. Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas viņš 1992. gadā tika ievēlēts par Latvijas Zinātņu akadēmijas goda locekli. 1994. gadā J. Klīdzējs tika apbalvots ar IV šķiras Triju Zvaigžņu ordeni. 2009. gadā rakstnieka vārdu ieguva Sakstagala Jāņa Klīdzēja pamatskola, kurā viņš savulaik mācījās.