Viens no redzamākajiem un ievērojamākajiem Neatkarības kara laika posma Latvijas armijas vecuma ziņā jaunākajiem augstākajiem virsniekiem, īpaši pazīstams komandētās vienības – Latgales partizānu pulka – darbības sakarā.

Dzimis Jāņa Skujiņa ģimenē, kurš bijis zemnieks (saimnieks) Rencēnu pagastā. Beidzis 2. Maskavas ģimnāziju (2-я Московская гимназия), uzsāka studijas Maskavas Komerciālajā institūtā (Московский коммерческий институт), 09.1915.–01.1916. mācījās un ar I šķiru beidza Alekseja kara skolu (Алексеевское военное училище) Maskavā. 02.–08.1923. un 10.1932.–08.1933. pabeidza Latvijas armijas Vecāko virsnieku kursus, 11.1929.–08.1930. – bataljonu komandieru kursus, 27.05.–06.1934. – virsnieku strēlniecības kursus Daugavpilī, 10.1938.–07.1939. – divīzijas komandieru un divīzijas komandieru informācijas kursus Augstākajā kara skolā.

Dzīvesbiedre Zelma, dzimusi Siliņa, aktrise (skatuves vārds “Špone”); dēls Jānis Skujiņš – ķīmiķis, Jūtas Pavalsts universitātes (Utah State University) profesors, Latvijas Zinātņu Akadēmijas ārzemju loceklis.

Jaunākais brālis Kārlis – Latvijas armijas virsleitnants, valsts ierēdnis, aizsargs, saimnieks Rencēnu pagasta Cīruļos; 06.1941. represēts.

Pirmā pasaules kara laikā Maskavā brīvprātīgi iestājās karadienestā, pēc kara skolas beigšanas no 13.01.1916. virsnieks (praporščiks) Latviešu strēlnieku rezerves bataljonā Tērbatā (tagad Tartu), jaunākais virsnieks, no 03.1916. – 2. Rīgas latviešu strēlnieku bataljonā (vēlākajā pulkā) frontē, rotas jaunākais virsnieks. Podporučks (28.01.1917.), poručiks (13.08.1917.), štābkapteinis (14.10.1917.). No 12.1916. – 5. rotas komandieris, no 28.10.1917. – 3. bataljona komandiera vietas izpildītājs. Pēc lielinieku apvērsuma 24.12.1917. atstāja pulku un aizbrauca pie vecākiem uz Maskavu, kur kopā ar daudziem citiem bijušajiem latviešu strēlnieku pulku virsniekiem pagrīdē iesaistījās pretlielinieciskajā Borisa Savinkova (Борис Викторович Савинков) vadītajā “Dzimtenes un brīvības aizsardzības savienībā”, bija organizācijas viena Maskavas rajona ieroču vākšanas pārzinis, no 30.04.1918. Maskavas komitejas emisārs. 05.07. kopā ar citiem virsniekiem komandēts uz Jaroslavļu, kur 06.–21.07.1918. piedalījās pretlielinieciskās sacelšanās cīņās, rotas komandieris. Pēc sacelšanās apspiešanas 22.–25.07. un 27.07.–03.08.1918. padomju drošības iestāžu (“čekas”) apcietinājumā, izdevās panākt atbrīvošanu. 16.08.1918. izbrauca no Maskavas un atgriezās vācu karaspēka okupētajā Latvijā, pārejot Vācijas–Padomju Krievijas demarkācijas līniju pie Zilupes, dzīvoja pie tēvabrāļa Rencēnu pagastā.

23.11.1918. brīvprātīgi iestājās Latvijas Pagaidu valdības bruņotajos spēkos (kapteinis), dienēja 1. Rīgas apsardzības rotā (vada komandieris), no 29.11.1918. – 2. Rīgas apsardzības rotā (uzdots saformēt rotu, uzsāka darbu 01.12., tās komandieris). 29.11.1918. atjaunoja darbību Rīgā esošajā Latvju Kareivju nacionālajā savienībā. Pēc atkāpšanās no Rīgas rotas atliekas 06.01.1919. iedalītas 1. latviešu atsevišķā bataljona 2. Cēsu rotā. 11.01.1919. ar bataljona komandiera Oskara Kalpaka pavēli iecelts par apvienotās rotas komandieri, 20.01. iestājās t. s. “Bolšteina rotā” Liepājā, 24.01. tās sastāvā devās uz bataljonu frontē, 25.01. iedalīts 2. Cēsu rotā, ierindas karavīrs. No 10.02. bija 2. Cēsu rotas komandieris. No 01.04. – 1. latviešu atsevišķās brigādes 2. Cēsu bataljona 1. rotas komandieris, pēc Rīgas atbrīvošanas no 10.06. bija 4. atsevišķā bataljona komandieris. Pulkvedis-leitnants (12.07.1919.; par kaujas nopelniem), pulkvedis (27.07.1934). No 12.08.1919. Latvijas armijas 2. Ventspils kājnieku pulka 1. bataljona komandieris, no 22.09.1919. – Latgales partizānu pulka komandieris (28.09. ieradās pulkā). Pēc Neatkarības kara 31.03.1921. iecelts par Jātnieku pulka komandieri Daugavpilī, 10.07.1921. – par 9. Rēzeknes kājnieku pulka komandieri Rēzeknē. 05.08.1921. iedalīts Galvenā štāba virsnieku rezervē, 15.03.1922. – 1. Liepājas kājnieku pulkā Liepājā. Sakarā ar uzsākto izmeklēšanu par spekulatīviem darījumiem pierobežas joslā (sāls pārdošana) 1920. gada beigās–1921. gada sākumā dienesta laikā 12.1922. lieta nodota Kara tiesai. 09.1924. pierādījumu trūkuma dēļ attaisnots, 10.1924. iecelts par 1. rotas komandieri, 07.1925. – pulka saimniecības priekšnieku, 03.1928. – 1. bataljona komandieri. Vienlaikus vadīja pulka vēstures komisiju. No 05.1930. – 5. Cēsu kājnieku pulka 1. bataljona komandieris Rīgā, no 04.1932. – 2. Ventspils kājnieku pulka komandiera palīgs Liepājā. 12.1933. iecelts par 4. Valmieras kājnieku pulka komandiera palīgu Rīgā, pēc autoritārā valsts apvērsuma un pulka komandiera Roberta Kļaviņa atvaļināšanas no armijas politisku iemeslu dēļ 27.07.1934. – par pulka komandieri. Bija biedrības “Pulkveža Kalpaka bataljons” valdes loceklis.

Pēc valsts okupācijas 04.07.1940. iecelts par 10. Aizputes kājnieku pulka komandieri Daugavpilī. 18.10.1940. atvaļināts sakarā ar “piemērota amata trūkumu Sarkanajā armijā”. Dzīvoja Rīgā un savā saimniecībā Ogresgala pagasta Lieltulkos. 19.04.1941. Rīgā apcietināts un izvests uz cietumu Maskavā, pēc tam – Astrahaņas cietumu. 15.12.1941. Sarkanās armijas 349. strēlnieku divīzijas kara tribunāla sēdē “par dzimtenes nodevību, spiegošanu, aktīvu cīņu pret strādnieku šķiru un revolucionāro kustību” piespriests nāvessods, 08.06.1942. nošauts.

J. Skujiņš Latvijas armijā bija vecuma ziņā jaunākais no Neatkarības kara laika pulku komandieriem, sekmīgi komandēja rakstura ziņā īpatnēju (augsts vietējo iedzīvotāju īpatsvars) karaspēka daļu Ziemeļlatgales atbrīvošanas operācijas gaitā 1919. gada beigās–1920. gadā, izpildot visus uzdevumus un sekmīgi atrisinot sev pakļautajā vienībā disciplīnas, sadarbības ar citām karaspēka daļām u. c. jautājumus, ko izraisīja vienības specifiskais raksturs. Vienlaikus tieši tas, kaujasspējas un karavīru drošsirdība kaujā bija faktors, kas Latgales partizānu pulku padarīja par vienu no atpazīstamākajām karaspēka vienībām Neatkarības kara vēsturē. Arī starpkaru periodā viens no jaunākajiem ierindas augstākajiem virsniekiem, sekmīgi pildīja pulka komandiera palīga un pulka komandiera amatu.

Par nopelniem Pirmā pasaules kara latviešu strēlnieku kaujās pie Smārdes J. Skujiņš apbalvots ar Krievijas Svētās Annas ordeni ar uzrakstu “Par drošsirdību” (IV šķira), par nopelniem Ziemassvētku kaujās – ar Svētā Jura ordeni (IV šķira); par nopelniem Latvijas Neatkarības kara laikā, Latgales atbrīvošanas kaujās 01.1920. apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (II šķira, III šķira), par dienesta nopelniem apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni (III šķira, IV šķira), Viestura ordeni (II šķira, ar šķēpiem), Aizsargu Nopelnu krustu, Igaunijas Ērgļa ordeni (III šķira), Lietuvas Neatkarības 10 gadu jubilejas medaļu.