Ernests Putniņš bija pazīstamākais latviešu ginekologs starpkaru periodā, Rīgas pilsētas 1. slimnīcas direktors (1919–1924), LU Dzemdniecības un sieviešu slimību klīnikas direktors (1928–1939). Dzemdniecības un ginekoloģijas mācību priekšmetu izveidotājs Latvijā.

Dzimis Kļavkalna (Kosas) pagasta Reinmuižas lauksaimnieka Jāņa Putniņa un viņa sievas Annas (dzimusi Odziņa) ģimenē. Ernests bija trešais dēls no četriem bērniem. Viņam bija vecāki brāļi Jānis un Dāvis un jaunāka māsa Marija, kura agri nomira. E. Putniņš savu ģimeni izveidoja 1895. gadā, Pleskavā apprecoties ar Šarloti Elizabeti Grosvaldi.

Pamatizglītību E. Putniņš ieguva Kļavkalna pagastskolā, Cēsu elementārskolā un Cēsu apriņķa skolā. No 1883. gada mācījās Bērzaines klasiskajā privātģimnāzijā (Gymnasium Kaiser Alexanders II. zu Birkenruh bei Wenden) Cēsīs, ko pabeidza 1888. gadā. Studēja Tērbatas Universitātes (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) Medicīnas fakultātē (1888–1894), pēc ārsta grāda iegūšanas strādāja kā ārsts Kalnamuižā (Kalncempjos; 1894–1898). No 1898. līdz 1900. gadam papildināja zināšanas Berlīnē (mikroskopiskajā anatomijā un dzemdniecībā), Vīnē (operatīvajā ginekoloģijā), Cīrihē un Parīzē, specializējoties sieviešu slimībās. Bija studentu korporācijas “Lettonia” filistrs.

Pēc atgriešanās Rīgā 1901. gadā E. Putniņš atvēra vienu no pirmajām latviešu privātklīnikām (ar 20 gultām, kas paredzētas sieviešu slimībām; atradās Tērbatas ielā 55a), līdztekus no 1902. gada bija arī Rīgas pilsētas skolu ārsts. Kā Krievijas Sarkanā Krusta ārsts piedalījās Krievijas–Japānas karā Mandžūrijā (1904–1906), pēc tam atkal strādāja savā privātklīnikā Rīgā (1906–1914), ārstējis arī rakstnieku Rūdolfu Blaumani. Pirmā pasaules kara laikā atkārtoti mobilizēts Krievijas Impērijas armijā, 327. Pleskavas kājnieku družīnas vecākais ārsts Daugavpils frontē (1914–1917). Pēc Brestļitovskas miera līguma noslēgšanas 1918. gadā atgriezās Rīgā.

No 02.1919. līdz 10.1924. E. Putniņš bija Rīgas pilsētas 1. slimnīcas direktors un vecmāšu skolas vadītājs, kā arī Sieviešu nodaļas vadītājs (1919–1928).

E. Putniņš piedalījās jaunizveidotās Latvijas Augstskolas (vēlākās LU) Dzemdniecības un sieviešu slimību klīnikas izveidē 29.11.1920. un bija tās pirmais vadītājs (šai klīnikai bija 70 vietas labiekārtotās telpās Rīgas pilsētas 1. slimnīcā).

Dažādu nesaskaņu dēļ 1928. gadā Dzemdniecības un sieviešu slimību klīniku pārcēla uz Rīgas pilsētas 2. slimnīcu Pārdaugavā. Labi apzinādamies, ka ir tikai praktiķis, profesors E. Putniņš centās sagatavot spējīgus skolniekus. Viņa vadībā medicīnas doktora disertāciju sekmīgi aizstāvēja Pēteris Ābele (1930) un Augusts Krastiņš (1938).

No 01.1921. E. Putniņš bija Latvijas Augstskolas Medicīnas fakultātes docenta vietas izpildītājs, no 05.1921. – jaunākais docents, no 01.1922. – vecākais docents, no 12.1931. – profesors sieviešu slimībās (no 01.07.1937. saistībā ar pensijas vecuma sasniegšanu – ārštata profesors). E. Putniņam 10.1930. piešķirts LU goda doktora (Dr. med. honoris causa) grāds. LU Dzemdniecības un sieviešu slimību klīnikas vadītājs (1928–1939). Pētījis abortu, dzemdes vēzi, ārpusdzemdes grūtniecību, prenatālo higiēnu.

Pirms pensionēšanās 1939. gadā ierosināja Ginekoloģiskā korpusa celtniecību Rīgas pilsētas 2. slimnīcā (tagad Paula Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca), kas kara dēļ tika pabeigts tikai 1957. gadā. Pēc Sarkanās armijas ieiešanas Rīgā no 11.1944. bija Latvijas Valsts universitātes (LVU, tagad LU) profesors konsultants, līdz 1947. gadam strādāja arī Rīgas pilsētas 1. slimnīcā un vadīja nodaļu (1946–1947). 09.1947. pēc paša lūguma 80 gadu vecumā atbrīvots no amatiem LVU, taču pensiju nesaņēma, tāpēc uz pusslodzi turpināja strādāt dažādu Rīgas poliklīniku sieviešu konsultācijās. Otrreiz pensionējās 1952. gadā, kad E. Putniņam piešķīra personālo pensiju par to, ka sekmīgi vadīja dzemdības Latvijas Komunistiskās partijas Centrālās komitejas pirmā sekretāra Jāņa Kalnbērziņa tuvai radiniecei.

Pieredzējis speciālists un pedagogs ginekoloģijā un dzemdniecībā, pirmais latviešu profesors dzemdniecībā. E. Putniņš piedalījās Rīgas latviešu ārstu biedrības un Latvijas Sarkanā Krusta dibināšanā. Abortu noliedzējs, par šo tēmu diskutēja Pirmajā Latvijas ārstu un zobārstu kongresā (11.–13.09.1925.) ginekologu sekcijā (E. Putniņš, “Aborta problēma Latvijā”), apkopojot statistikas datus par 1921.–1924. gadu Latvijā.

Apzinoties, ka viņam uzticēta jauno speciālistu un zinātnieku sagatavošana Latvijā, E. Putniņš izaudzināja četrus medicīnas doktorus dzemdniecībā un ginekoloģijā (P. Ābele, Aleksandrs Baidiņš, A. Krastiņš un Jānis Āboliņš), taču visi četri Otrā pasaules kara beigās devās bēgļu gaitās. E. Putniņa vietā pēc kara stājās Kārlis Briedis.

Izdevuma “Latvijas Ārstu Žurnāls” redakcijas kolēģis loceklis (1923–1925; 1932–1939).

Strādājot Kalnamuižā (tagadējā Gulbenes novadā), E. Putniņš brīvajā laikā pētīja vietējās apkaimes arheoloģiju un etnogrāfiju. 1898. gadā viņš, atrokot latgaļu senkapu uzkalniņu, ko pirms tam bija sedzis īpatnējs akmeņkrāvums, ko atzina par iespējamu rituālu veidojumu pie Ludza ezera, nelielas upītes krastā netālu no Skolu mājām (Stāmerienas pagastā), atrada sagšas fragmentu no greznākās Latvijā atrastās villaines. Tā tagad ir pazīstama kā Stāmerienas sagša un datējama ar vēlo dzelzs laikmetu (10.–11. gs.). 20. gs. 30. gados un 2017.–2018. gadā izgatavoti sagšas atdarinājumi. 

Triju Zvaigžņu ordenis (1934, III šķira), Latvijas Sarkanā Krusta Goda krusts (1925), Aizsargu Nopelnu krusts. Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas Nopelniem bagātā ārsta nosaukums (1947).

Piemiņas plāksne pie agrākās Rīgas 1. slimnīcas Dzemdību un ginekoloģijas nodaļas (tagad Šarlotes poliklīnika), atklāta 26.06.1997. (Trešā Pasaules latviešu ārstu kongresa laikā).