Miera sarunās vadošā loma bija Prūsijas Karalistes kancleram Oto fon Bismarkam (Otto Eduard Leopold von Bismarck-Schönhausen). Karš pirmo reizi praksē parādīja O. fon Bismarka ieceri izmantot karus kā reālpolitiskas diplomātijas turpinājumu. Ideju par Šlēsvigas sadalījumu pēc etniskā principa Prūsija un Austrija noraidīja, jo šajā laikā imperiālisma domāšana un nacionālās intereses dominēja pār citiem starptautiskajiem principiem, kuri vēl tikai veidojās. 30.10.1864. Vīnē karojošās puses parakstīja miera līgumu. Kara rezultātā Dānijai bija jāatsakās no visām trim ar Dānijas karali personālūnijā saistītajām hercogistēm, kas atradās uz ziemeļiem no Elbas, – Holšteinas, Lauenburgas un Šlēsvigas hercogistēm. Hercogistes nonāca kopīgā Prūsijas un Austrijas valdījumā. Kara rezultātā Dānijas starptautiskais statuss krietni vājinājās, tā no reģionālas lielvaras pārtapa par salīdzinoši mazu un neietekmīgu valsti. Karš dāņu sabiedrības apziņā atstāja morālu traumu, bet vienlaicīgi iesāka stabilu attīstības periodu, kurā valsts koncentrējās uz iekšējiem jautājumiem. Starpetniskā spriedze Šlēsvigā (starptautiski dēvēta par Šlēsvigas jautājumu) tomēr saglabājās līdz plebiscītam 1920. gadā, kad daļu Ziemeļšlēsvigas atdeva Dānijai.
14.08.1865. abas uzvarējušās vācu valstis Gašteinā parakstīja vienošanos par atbildības sadali teritoriju pārvaldē. Holšteina nonāca Austrijas kontrolē, Šlēsviga – Prūsijas kontrolē, tāpat tā atpirka no Austrijas Lauenburgu. Atbildības dalījums tā dēvētajās Elbas hercogistēs tomēr neizrādījās sekmīgs un bija teritoriju pārkāpumu un atbildības pārpratumu cēlonis. Austrijas Impērija vēlējās Šlēsvigā un Holšteinā izveidot apvienotu vidēja lieluma vācu valsti, kas nebija pieņemams Prūsijas Karalistei. Šo problēmu Prūsijas kanclers O. fon Bismarks mērķtiecīgi saspīlēja, lai tuvinātu abas valstis krietni nozīmīgākam attiecību noregulējumam – visai vācu valstu apvienošanai Prūsijas vadībā. Proti, savstarpējās nesaskaņas jauniegūto teritoriju pārvaldē viņš izmantoja kā ieganstu kara sākšanai ar Austriju 15.06.1866.
Vācu–dāņu karš un tam sekojošais noregulējums Vīnes miera līgumā bija nozīmīgs solis pretī vācu jautājuma atrisinājumam. Karš iesāka virkni ar vācu apvienošanos saistītu militāri politisko notikumu, kas ilgtermiņā mainīja spēku samērus Eiropā un pasaulē. Prūsijas un Austrijas sadarbība un sāncensība apvienotas vācu valsts jautājumā kļuva par vienu no nozīmīgākajiem Eiropas starptautisko attiecību aspektiem 19. gs. 60.–70. gados. Dāņu zaudējums karā bija uzskatāma liecība mazajām valstīm, ka etniskās minoritātes var kļūt par instrumentu lielvaru ekspansijas politikā.