Vēlākā Cēsu Jaunā pils, visticamāk, celta 16. gs. pirmajā pusē kā viena no Vācu ordeņa Livonijā Cēsu pils kompleksa fortifikācijas būvēm. Jau 16. gs. vidū tā bija divstāvu ēka ar austrumu stūrī integrētu cilindrisku torni. 1762. gadā pārbūvēta par Cēsu pilsmuižas īpašnieku dzīvojamo māju un kā kungu māja lietota līdz Latvijas agrārajai reformai. Kopš 1949. gada – Cēsu muzeja centrālā ēka.

Sākotnēji Jaunās pils vietā slējās tikai ordeņpils pirmo priekšpili nodalošais aizsargmūris, kura atliekas vēl tagad saglabājušās ēkas pirmā stāva līmenī. 15. gs. beigās vai 16. gs. sākumā vietā, kur mūris perpendikulāri pieslēdzas pie otra, pret Cēsu pilsētu vērstā aizsargmūra tika uzcelts cilindrisks lielgabalu tornis (vēlāk nodēvēts par Lādemahera torni), un ap priekšpils vārtiem pakāpeniski piebūvētas atsevišķas nelielas ēkas. 16. gs. otrajā pusē šajā vietā, ietverot priekšpils vārtu eju, jau slējās ar divslīpju jumtu segta divstāvu ēka. Tajā dzīvoja vārtu sardze, un bija vairākas saimnieciskas telpas (piemēram, maizes ceptuve).

Pēc Vācu ordeņa Livonijā likvidēšanās, kad Vidzeme nonāca Polijas un Lietuvas lielkunigaitijas pakļautībā (1561–1629) un Cēsu pilī rezidēja tās iecelti vaivadi, stārasti un komandanti, ēkā bija tiesas zāle, cietums un amatpersonu dzīvokļi. Kādu no ēkas logiem rotāja vitrāža ar karaļa Stefana Batorija (ungāru István Báthory, poļu Stefan Batory) ģerboni. Līdzīgiem uzdevumiem būve kalpojusi arī zviedru laikos (1629–1721), kad pilsmuiža un Cēsu pilsēta bija Zviedrijas kanclera Aksela Uksenšērnas (Axel Oxenstierna) un viņa mantinieku īpašums.

Pēc 1680. gadā Riksdāga pasludinātās Livonijas muižu redukcijas, kad Cēsu pilsmuižu 1682. gadā pārņēma valsts, ēka tika izpostīta un pārvērtās par graustu. Situācija neuzlabojās arī pēc Vidzemes pievienošanas Krievijai (1721), kad pilsmuiža piederēja Ernstam Johanam Bīronam (Ernst Johann von Biron) un Krievijas kancleram Aleksejam Bestuževam-Rjuminam (Алексей Петрович Бестужев-Рюмин).

Ēkas stāvoklis būtiski mainījās tikai pēc tam, kad pilsmuižu 1755. gadā iegādājās Karls Ādams fon Volfs (Karl Adam von Wolff), un 1762. gadā, papildinot divstāvu celtni ar masīvu mansarda jumtu, to pārbūvēja par muižas īpašnieku dzīvojamo māju. K. Ā. fon Volfs jau 1763. gadā nomira, tāpēc iekštelpu apdare rokoko stila formās, visticamāk, tika veikta jau viņa atraitnes Marijas Juliānas (Maria Juliana), dzimušas fon Grīnevaltes (von Gruenewaldt), laikā.

Pēc tam, kad muižu 1777. gadā nopirka Karls Eberhards fon Zīverss (Karl Eberhard von Sievers), pārmaiņas piedzīvoja vienīgi ēkas interjers. Izteikts šī laika apdares piemērs ir 1801. gadā radītie Lielā salona sienu gleznojumi pēc franču gleznotāja un ornamentālista Etjēna de Lavallē Pusēna (Étienne de La Vallée Poussin) publicētajiem paraugiem.

Plašāka ēkas pārbūve notika 1832.–1833. gadā – Karla Eberharda dēla Karla Gustava fon Zīversa (Karl Gustav von Sievers) laikā, kad pils pirmajā stāvā beidzot tika izbūvētas vienādas, simetriski kārtotas logailas, visa pils ieguva jaunus logus un durvis, bet telpas – jaunu apdari tolaik valdošajā bīdermeiera stilā. Pārbūvi projektēja un vadīja būvmeistars Frīdrihs Gotlībs Glēzers (Friedrich Gottlieb Glaeser), pēc kura projekta pārbūvēta arī Eriņu muižas kungu māja un celta Naukšēnu pils.

Nozīmīgas izmaiņas pils ārējais veidols piedzīvoja arī Karla Gustava dēla Emanuela fon Zīversa (Emanuel von Sievers) laikā, kad neilgi pirms 1856. gada uz Lādemahera torņa atliekām tika uzbūvēta mazāka diametra torņa augšdaļa ar smailloka formas logailām un dzeguļotu augšmalu. Nelielas pārbūves pils pieredzēja arī 19. gs. 70. gados, kad tornim pretējā celtnes galā tika uzcelti akmens vārti neogotikas formās un ēkas otrā stāva līmenī piebūvētas divas stiklotas koka verandas.

20. gs. Jaunā pils pieredzēja vienīgi zaudējumus, jo padomju okupācijas laikā kā traucējoši tika nojaukti gan vārti, gan veranda pils dārza fasādē. Nopietnus zaudējumus cieta arī ēkas iekštelpas. Jau Pirmā pasaules kara laikā bojā aizgāja visa pils iekārta un daļa bibliotēkas, bet vēlākos remontos – arī vairums telpu vēsturiskās apdares.

No 1922. līdz 1940. gadam Cēsu Jaunajā pilī atradās Latvijas armijas 8. Daugavpils kājnieku pulka štābs un virsnieku klubs, bet pēc Otrā pasaules kara ēku sadalīja dzīvokļos. 1949. gadā pils tika nodota Cēsu muzejam.

Visaptverošas renovācijas laikā no 2007. līdz 2011. gadam Cēsu Jaunā pils atguva veidolu, kādu tā bija ieguvusi 1832.–1833. gada pārbūves laikā. Attīrot grīdas, sienas un griestus no uzslāņojumiem, virknē telpu tika restaurēta vai rekonstrukcijas veidā atjaunota sienu un griestu dekoratīvā apdare (Lielais salons, Mazais salons, Guļamistaba), bet atsevišķas telpas iekārtotas ar 18.–19. gs. mēbelēm, tekstilijām, apgaismes ierīcēm un mākslas priekšmetiem (Karla Gustava kabinets, Kafijas istaba). Visās nozīmīgākajās pils telpās tika uzstādītas oriģinālas 19. gs. lustras (Karla Gustava kabinets, Kafijas istaba, Ēdamistaba, Mazais salons) vai kvalitatīvas 18.–19. gs. lustru kopijas (Parādes kāpņu telpa, Lielais salons, Guļamistaba, Kabinets u. c.), bet logi dekorēti ar telpu stilistiskai atbilstošiem aizkariem. Tika atjaunotas arī divas oriģinālās pils krāsnis (Lielajā salonā un Augšējā bibliotēkā), bet vēl trīs uz pili tika pārvietotas no citiem apdraudētiem vēsturiskiem objektiem.

Pils apakšējos stāvos tika izvietotas muzeja ekspozīcijas, mansarda stāvs – pielāgots muzeja administrācijas, muzejpedagoģijas nodarbību un semināru vajadzībām, bet bēniņi pārbūvēti par plašu izstāžu zāli.

Būtiskas izmaiņas piedzīvojis arī Lādemahera tornis, kura apakšējā stāvā mūsdienās iekārtota ekspozīcija par Cēsu ordeņpils vēsturi, bet divos augšējos – rekonstruētas grāfu fon Zīversu bibliotēkas. Apakšējā bibliotēkā izvietoti autentiski, pilī jau vēsturiski bijuši Cēsu galdnieka Kristiana Vilhelma Ferdinanda Bīdenrota (Christian Wilhelm Ferdinand Biedenroth) izgatavoti grāmatu skapji, bet Augšējā bibliotēkā – skapji, kas tapuši kā kopijas pēc Cēsu būvmeistara Jāņa Meņģeļa 1891. gadā tieši šai telpai izstrādātā projekta. Daļa no skapjos izkārtotajām 18.–19. gs. grāmatām saglabājušās no grāfu fon Zīversu Cēsu pils bibliotēkas. Torņa virsotnē ierīkots skatu laukums, no kura vērot Cēsu vecpilsētas panorāmu.

Ieeja Jaunajā pilī un visā Cēsu pils kompleksā organizēta pa atjaunotajiem neogotiskajiem vārtiem, aiz kuriem renovācijas laikā celtā piebūvē darbojas Cēsu muzeja apmeklētāju centrs.

Cēsu Jaunā pils ir objekts, kas vēl joprojām saista arhitektūras pētnieku uzmanību kā piemērs viduslaiku fortifikācijas būves pārtapšanai muižas kungu mājā. Pēc renovācijas ēka kļuvusi arī par tūristu iecienītu galamērķi, kura autentiskie mūri, restaurētā telpu apdare un pēc analoģijām veidotie interjeri sniedz ieskatu 18.–19. gs. Vidzemes muižnieku sadzīves kultūrā.

Populāras un labi apmeklētas ir arī pils bēniņos rīkotās izstādes, parasti veltītas nozīmīgiem Cēsu vēstures notikumiem un dažādām Latvijas kultūrvēstures un mākslas tēmām.

Cēsu Jaunajai pilij ir bijusi nozīme arī Latvijas Republikas veidošanās procesā. 1918. gada 8. decembrī pilī formēta Cēsu rota, kurai bija svarīga loma Latvijas Neatkarības karā, bet 1919. gadā pilī darbojās Kārļa Ulmaņa Latvijas Pagaidu valdības Ziemeļlatvijas Civilpārvalde.

Sākot ar 18. gs. beigām Cēsu Jauno pili zīmējumos, gleznās, litogrāfijās un citās grafikas tehnikās (lielākoties plašākā ainavā ar ordeņpils drupām un pilsētas apbūvi) attēlojuši Johans Kristofs Broce (Johann Christoph Brotze), Kristofs Kunce (Christoph Kuntze), Karls Reijers (Karl Reyher), Karls fon Ungerns-Šternbergs (Carl von Ungern-Sternberg), Augusts Pecolds (August Georg Wilhelm Pezold), Augusts Matiass Hāgens (August Matthias Hagen), Vilhelms Zigfrīds Štafenhāgens (Wilhelm Siegfried Stavenhagen) u. c. Tuvplānā un īpaši detalizēti pils rādīta vienīgi kādā lielformāta litogrāfijā, kuru pēc muižas īpašnieka E. fon Zīversa zīmējuma 1856. gadā izgatavojis Karls Dīkhofs (Carl Dieckhof).

Literatūrā atsevišķas detaļas par dzīvi Cēsu Jaunajā pilī 20. gs. pirmajos gados, tās iemītniekiem un iekārtojumu savās atmiņās minējis vienīgi rakstnieks Ādolfs Erss, kura mātesmāsa tolaik bija pils saimniecības vadītāja.