Viens no idejiski ambiciozākajiem Prefab Sprout darbiem ir Jordan: The Comeback (1990). Brodvejas mūziklu un gospeļmūzikas ietekmē radītais 19 skaņdarbu albums iedalāms vairākos tematiskos blokos: mīlas dziesmas (tostarp The Ice Maiden, kuras varones prototips ir ABBA dziedātāja Agnēta Feltskūga, Agnetha Fältskog); četru skaņdarbu cikls par E. Presliju (tituldziesmā dziedātājs, kurš Jordan: The Comeback iznākšanas laikā jau vairāk nekā desmit gadus bija miris, joprojām dzīvo tuksnesī un mūža nogalē tiecas pretī kristīgo atjaunotni un atdzimšanu simbolizējošās Jordānas upes aicinājumam); kristīgu motīvu interpretācijas (dziesmā One of the Broken Dievs mudina ticību apliecināt nevis ar viņam veltītām himnām, bet ar atbalstu tiem, kas dzīvo grūtībās, savukārt, dziesmā Michael sātans lūdz erceņģeļa Mihaēla palīdzību, lai sacerētu Dievam adresētu apžēlošanas lūgumu), kā arī dziesmas par nāvi un mirstīguma apzināšanos.
Jordan: The Comeback aizsāka P. Makalūna aizraušanos ar vērienīgiem, detalizēti izstrādātiem sižetiem, kas risināti vairākos līdz galam neīstenotos konceptuālos darbos, ko autors intervijās dēvēja par “hipotētiskiem albumiem” – arī par pasaules vēsturi un Maikla Džeksona (Michael Jackson) dzīvi. Vienīgais no šiem darbiem, kas materializējies oficiālā izdevumā, ir Let’s Change the World with Music (2009) – albums par mūziku kā dievišķu spēku nāca klajā 16 gadus pēc sākotnējas ieceres rašanās; P. Makalūns to veltīja saviem grupas biedriem, bet ieskaņoja vienatnē.
Līdera nerezultatīvo jaunrades meklējumu dēļ pēc Jordan: The Comeback grupas darbībā iestājās vairāku gadu dīkstāve, kuras laikā Prefab Sprout atstāja N. Konti; turpmāk bundzinieks piedalījies daudzu mākslinieku ierakstos un koncertos (2000. gadā arī Prefab Sprout koncertturnejā). Tādēļ, ieskaņojot nākamo albumu Andromeda Heights (1997), brāļi Makalūni un V. Smita izmantoja vairāku sesijmūziķu pakalpojumus.