J. Āboliņš bija izcils ginekologs, ķirurgs, speciālists iekšējās slimībās un radioloģijā, Latvijas Universitātes (LU) Medicīnas fakultātes dzemdību klīnikas vadītājs, un Rīgas pilsētas 2. slimnīcas (tagad Paula Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca) direktors medicīniskos jautājumos. Trimdā 22 gadus bija virsārsta palīgs Stokholmas dzemdību namā. Trimdas izdevumos daudz rakstījis par veselības u. c. jautājumiem.

J. Āboliņš dzimis kā vecākais dēls kalpa Jēkaba un Esteres, dzimušas Ozoliņas, trīs bērnu ģimenē. Mācījās Kraukļu Viļuma pamatskolā, Cesvaines draudzes skolā un vidusskolā (1919–1924). Beidza medicīnu studijas LU (1928), ieguva specialitāti ginekoloģijā, iekšējās slimībās, radioloģijā un ķirurģijā (1930), profesora Ernesta Putniņa vadībā aizstāvēja doktora disertāciju “Pētījumi par latviešu bērnu svaru un zīdīšanu pirmajās desmit dienās” (1939). Zināšanas papildināja ārzemēs: Dānijā (1934), Zviedrijā (1934; 1938), Somijā (1938), Anglijā un Francijā (1935), Polijā (1936), Vācijā (1936; 1937; 1939), Beļģijā un Šveicē (1939).

Trimdā Upsālas Universitātē (Uppsala universitet) Zviedrijā, nācās no jauna izturēt pārbaudījumus visos priekšmetos. Ieguva medicīnas licenciāta grādu (1949), speciālista kompetenci ginekoloģijā un dzemdniecībā (obstetrikā) un ginekoloģijā un radioloģijā (1954).

Studiju laikā 1924. gadā pievienojās LU studentu biedrībai “Atauga”, vēlāk bija tās vecbiedrs.

Pēc studiju beigšanas J. Āboliņš strādāja Rīgas pilsētas 2. slimnīcā (1931–1939). LU privātdocents, LU Medicīnas fakultātes dzemdību klīnikas vadītājs (1940), vēlāk docents (1942), konsultants Vēža slimnīcā Rīgā (1938–1943), lektors Sarkanā Krusta Māsu un laborantu skolā Rīgā (1938–1944), tās direktors (1942–1944), Rīgas pilsētas 2. slimnīcas direktors medicīniskos jautājumos (1943–1944). J. Āboliņam bija arī privātprakse (1935–1944).

Tuvojoties padomju otrreizējai okupācijai, J. Āboliņš devās bēgļu gaitās uz Zviedriju, nokļuva Slītē, Gotlandē (10.10.1944.). Tā kā Zviedrijā neatzina Latvijā iegūto izglītību, ārsta diplomu un specialitātes, bija jāiegūst atļauja veikt ārsta praksi bēgļiem (02.11.1944.), kā arī vispārējai ārsta praksei Zviedrijā (30.01.1948.), kā arī tiesības strādāt par asistentu (16.07.1948.) un studēt Upsalas Universitātē (29.10.1948.).

Zviedrijā J. Āboliņš sākumā strādāja par arhīva darbinieku Upsalā, vēlāk – par asistentu, auskultantu un virsārsta aizvietotāju slimnīcās Upsālā, Linšēpingā, Noršēpingā, Jenšēpingā, Līdšēpingā, Gēteborgā, Ernšeldsvīkā, Pro Patria un Sabatsbergas slimnīcās Stokholmā, Karolinskas institūtā (Karolinska Institutet) un Rādija namā (Radiumhemmet; 06.03.1945.–1953), līdz ieguva pastāvīgu virsārsta palīga vietu Stokholmas dzemdību namā (01.09.1953.–1975). Līdz mūža beigām nodzīvoja šīs slimnīcas dzīvoklī. Bija privātprakse (1975–1991).

J. Āboliņš bija aktīvs latviešu sabiedriskajā dzīvē. Viņš bija kluss, laipns, ar lielām darba spējām un autoritāti latviešu trimdas sabiedriskajās aktivitātēs. Bija Upsalas Latviešu biedrības priekšnieks, darbojās Latviešu Nacionālā fondā, Latviešu palīdzības komitejas valdes loceklis un priekšnieks (2013. gadā tā kopā ar Zviedrijas Latviešu centrālo padomi apvienojās Zviedrijas Latviešu apvienībā), Latviešu akadēmiskās organizācijas Zviedrijā valdes priekšnieks, Latvijas Sarkanā Krusta direktors (1978–1994), Latviešu ārstu un zobārstu apvienības (LĀZA) Zviedrijas kopas dibinātājs un ilggadējs priekšnieks.

Publicējis lielu skaitu zinātnisku pētījumu gan Latvijā, gan strādājot trimdā Zviedrijā, ginekoloģijā, dzemdniecībā un onkoloģijā angļu, vācu un zviedru valodā. Bija LĀZA Apkārtraksta redaktors 13 numuriem (1968–1981; no tiem divi ir dubultnumuri) laikā, kad tas iznāca kā žurnāls. J. Āboliņš rūpējās, lai raksti būtu labā latviešu valodā, pieaicinādams līdzstrādniekos latviešu valodas lietpratējus Andreju Johansonu un Veroniku Strēlerti. Līdz pensionēšanai publicējis vairāk nekā 100 rakstus latviešu valodā “Brīvā Latvijā”, “Akadēmiskā Dzīvē”, “Dzimtenes Kalendārā”, “Latvijas Ārstu žurnālā” un citur, kā arī divas populārzinātniskas grāmatas “Māte un bērns” (1953) un “Grāmata pieaugušiem” (1961). Turpināja publicēties arī vēlāk, daudzus rakstus parakstīdams ar “JĀ”.

Dr. J. Āboliņš bija izcils ginekologs, ķirurgs, speciālists iekšējās slimībās un radioloģijā. Daudz darba veltīja jauno mediķu izglītošanai. J. Āboliņš bija dziļi humāns un enerģisks trimdas darbinieks. Iestājās par Latvijas neatkarības atjaunošanu.

J. Āboliņš bija Upsalas Latviešu biedrības goda biedrs, LĀZA goda biedrs, Latvijas Ārstu biedrības pirmais goda biedrs (1990), apbalvots ar Paula Stradiņa balvu (1991).