J. Āboliņš dzimis kā vecākais dēls kalpa Jēkaba un Esteres, dzimušas Ozoliņas, trīs bērnu ģimenē. Mācījās Kraukļu Viļuma pamatskolā, Cesvaines draudzes skolā un vidusskolā (1919–1924). Beidza medicīnu studijas LU (1928), ieguva specialitāti ginekoloģijā, iekšējās slimībās, radioloģijā un ķirurģijā (1930), profesora Ernesta Putniņa vadībā aizstāvēja doktora disertāciju “Pētījumi par latviešu bērnu svaru un zīdīšanu pirmajās desmit dienās” (1939). Zināšanas papildināja ārzemēs: Dānijā (1934), Zviedrijā (1934; 1938), Somijā (1938), Anglijā un Francijā (1935), Polijā (1936), Vācijā (1936; 1937; 1939), Beļģijā un Šveicē (1939).
Trimdā Upsālas Universitātē (Uppsala universitet) Zviedrijā, nācās no jauna izturēt pārbaudījumus visos priekšmetos. Ieguva medicīnas licenciāta grādu (1949), speciālista kompetenci ginekoloģijā un dzemdniecībā (obstetrikā) un ginekoloģijā un radioloģijā (1954).
Studiju laikā 1924. gadā pievienojās LU studentu biedrībai “Atauga”, vēlāk bija tās vecbiedrs.