B. Ščukina studijā aizsākās J. Ļubimova galvenais mākslinieciskais ceļš – režija. Izvēlējies tēlotājus no audzēkņu vidus, viņš iestudēja Bertolta Brehta (Bertolt Brecht) “Krietno cilvēku no Sečuānas” (Der gute Mensch von Sezuan), kas ar savu novatorisko izteiksmību radīja sprādzienam līdzīgu efektu. J. Ļubimovam piedāvāja vadīt Maskavas Drāmas un komēdijas teātri (Московский театр драмы и комедии), kas tolaik atradās lielā stagnācijā. Pāris gadu laikā režisors izmainīja situāciju, pārvērzdams to par valsts vadošo teātri. Par J. Ļubimova debijas izrādi kļuva “Krietnais cilvēks no Sečuānas”. Pirmizrāde notika 23.04.1964., un tajā spēlēja B. Ščukina studijas audzēkņi, kas veidoja jaunās trupas pamatkodolu. J. Ļubimova izrādes pārsteidza ar bezkompromisa nostāju pret īstenību, tieši ar to iemantojot lielu popularitāti ne tikai PSRS, bet arī ārzemēs. Režisora māksliniecisko darbu dēvēja par “brīvības salu nebrīves valstī”. J. Ļubimovs kā režisors daudz strādāja arī opernamos. Pirmais uzvedums bija itāliešu avangardista Luidži Nono (Luigi Nono) opera “Zem mīlestības karstās saules” (Al gran sole carico d’amore) teātrī La Scala 1975. gadā. Ar 1980. gadu panākumu ceļš Padomju Savienībā aprāvās, jo nomira Tagankas teātra vadošais aktieris Vladimirs Visockis (Владимир Семёнович Высоцкий); J. Ļubimovam ar grūtībām nācās izcīnīt viņa piemiņai veltītu izrādi. Tā aizsākās ilgais konflikts ar valsts varu, kura rezultātā režisoram tika atņemta pilsonība. J. Ļubimovs strādāja Izraēlā, Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV), Anglijā, Skandināvijā, Francijā, Itālijā un Vācijā. Iestudēja gan dramatiskās, gan operu izrādes. Piemēram, pēc zviedru režisora Ingmara Bergmana (Ernst Ingmar Bergman) uzaicinājuma J. Ļubimovs Karaliskajā dramatiskajā teātrī (Kungliga Dramatiska Teatern) Stokholmā uzveda Aleksandra Puškina (Александр Сергеевич Пушкин) “Dzīres mēra laikā” (Пир во время чумы) un Mihaila Bulgakova (Михаил Афанасьевич Булгаков) “Meistaru un Margaritu” (Мастер и Маргарита). J. Ļubimovs atgriezās Maskavā 1988. gada maijā. 1989. gadā viņam atjaunoja padomju pilsonību, un afišās atkal parādījās viņa kā Tagankas mākslinieciskā vadītāja vārds. Tomēr trupā uzliesmoja konflikts, pēc kura sekoja šķelšanās un daļa trupas Nikolaja Gubenko (Николай Николаевич Губенко) vadībā aizgāja no teātra. J. Ļubimovs turpināja intensīvi strādāt. 1997. gadā tapa viņa slavenā izrāde pēc Fjodora Dostojevska (Фёдор Михайлович Достоевский) romāna “Brāļi Karamazovi” (Братья Карамазовы), un 2002. gadā – Johana Volfganga Gētes (Johann Wolfgang von Goethe) “Fausts” (Faust). 95 gadu vecumā režisors iesniedza atlūgumu, tomēr 2012. gadā tapa vēl viena viņa izrāde J. Vahtangova teātrī – F. Dostojevska “Velni” (Бесы). 2013. gadā pirmizrāde bija A. Borodina (Александр Порфирьевич Бородин) operai “Kņazs Igors” (Князь Игорь) Lielajā Krievijas valsts akadēmiskajā teātrī (Государственный академический Большой театр России). J. Ļubimova pēdējais iestudējums bija Jaunajā operā (Новая опера) Maskavā – Moljēra (Molière, īstajā vārdā Žans Batists Poklēns, Jean-Baptiste Poquelin) “Sievu skola” (L'École des femmes).