Prezidentūras laiks 07.07.1993. Saeima G. Ulmani ievēlēja par Latvijas Valsts prezidentu trešajā balsošanas kārtā ar 53 balsīm. Jaunā prezidenta pirmais rīkojums bija par Valda Birkava (“Latvijas ceļš”, LC) aicināšanu sastādīt Ministru kabinetu, kuru Saeima apstiprināja 03.08.1993.
Svarīgākais G. Ulmaņa pirmās prezidentūras uzdevums bija Krievijas armijas izvešana, kurai neatkarības atjaunošanas brīdī Latvijas teritorijā bija ap 60 000 militārpersonu. Neraugoties uz protestiem un dažādām provokācijām, 30.04.1994. G. Ulmanis Maskavā parakstīja līgumu par Krievijas bruņoto spēku izvešanu, V. Birkavs – līgumus par Skrundas vecā radiolokatora darbību un par Krievijas Federācijas militāro pensionāru uzturēšanās noteikumiem Latvijā. Rezultātā līdz 31.08.1994. tika izvesta Krievijas armija, 04.05.1995. uzspridzināts Skrundas jaunā lokatora korpuss un 31.08.1998. izslēgts vecais Skrundas lokators. Amerikas Savienotajām Valstīm (ASV) bija nozīmīga loma sarunās par šiem līgumiem, un pēc to noslēgšanas G. Ulmanis 06.07.1994. uzņēma Rīgā Bilu Klintonu (Bill Clinton) vēsturē pirmajā ASV prezidenta vizītē kādā no Ziemeļeiropas valstīm.
Otrs svarīgākais G. Ulmaņa pirmās prezidentūras mērķis bija iestāšanās Eiropas Padomē (EP), kas bija nepieciešams Latvijas tālākajai virzībai uz Eiropas Savienību (ES), bet kas nebija iespējams bez EP standartiem atbilstoša pilsonības likuma. G. Ulmaņa iesaistīšanās, 28.06.1994. nosūtot Saeimai otrreizējai caurlūkošanai Pilsonības likumu, panāca vajadzīgo rezultātu, un Latvija 10.02.1995. kļuva par EP dalībvalsti.
Pēc 6. Saeimas vēlēšanām, kurās nelielu vairākumu guva populistiskas partijas bez stingras Rietumu orientācijas, G. Ulmanis 13.10.1995. kopā ar ministru prezidentu Māri Gaili (LC) parakstīja oficiālu pieteikumu par iestāšanos ES un 14.10.1995. sasauca visu 6. Saeimā ievēlēto partiju pārstāvjus, lai parakstītu atbalsta deklarāciju šim mērķim.
18.06.1996. G. Ulmani atkārtoti ievēlēja prezidenta amatā pirmajā balsojumā ar 53 balsīm. Arī otrajā pilnvaru laikā galvenie uzdevumi bija saistīti ar integrēšanos Rietumu struktūrās, un šajos gados reālāk sāka iezīmēties iespēja iestāties arī Ziemeļatlantijas līguma organizācijā (North Atlantic Treaty Organization, NATO). Pēc 1997. gada alianses lēmuma uzņemt Poliju, Čehiju un Ungāriju G. Ulmanis kopā ar Lietuvas un Igaunijas prezidentiem Vašingtonā 16.01.1998. parakstīja ASV un Baltijas valstu hartu, bet NATO samitā Vašingtonā 04.1999. Latviju aicināja izstrādāt Rīcības dalības plānu (Membership Action Plan), lai iestātos aliansē.
Iekšpolitikā G. Ulmanis strādāja, lai Latvija varētu izpildīt ES un NATO iestāšanās kritērijus, sevišķi tos, kas saistīti ar cilvēktiesībām un vēstures apzināšanu.
Nāves soda atcelšana bija priekšnoteikums, lai Latvija iestātos ES, un 24.09.1996. G. Ulmanis pasludināja moratoriju nāves soda izpildei.
03.1997. G. Ulmanis pirmo reizi aicināja Saeimu atcelt “naturalizācijas logus”, kas daudziem nepilsoņiem uz vairākiem gadiem atlika iespējas iegūt Latvijas pilsonību, un vērsās ar tādu pašu aicinājumu pie balsotājiem pirms 03.10.1998. gada referenduma par pilsonības likuma grozījumiem. Tautas nobalsošanā vairākums izmaiņas atbalstīja.
23.02.1998. G. Ulmanis vizītes laikā Izraēlā ar nožēlu atzina, ka Latvijā bijuši cilvēki, kuri Otrā pasaules kara laikā piedalījās ebreju iznīcināšanā, un 13.11.1998. prezidents izveidoja vēsturnieku komisiju, kura sevišķu uzmanību pievērsa Staļina laika noziegumu un holokausta izpētīšanai.
G. Ulmanis trīs reizes sasauca Saeimas ārkārtas sēdes, lai skatītu ar valsts aizsardzības spēkiem saistītus likumprojektus, un trīs reizes sasauca Ministru kabineta ārkārtas sēdes – 15.06.1995. saistībā ar banku krīzi, 12.10.1995. par pieteikuma iesniegšanu Latvijas Republikas uzņemšanai ES, bet 08.04.1998. tika vērtēts valdības paveiktais, lai panāktu Latvijas iestāšanos ES. Prezidentūras laikā G. Ulmanis 14 reizes rosināja pieņemt vai grozīt likumus, 16 reizes atdeva Saeimai otrreizējai caurlūkošanai likumprojektus, 12 gadījumos Saeima pilnībā vai daļēji ņēma vērā prezidenta iebildumus.
Sešos prezidentūras gados G. Ulmanis deviņas reizes izvirzīja ministru prezidenta amata kandidātu un vairākkārt izmantoja šīs prezidentam dotās tiesības, lai aktīvi iesaistītos politikas veidošanā. Pēc V .Birkava negaidītās atkāpšanās G. Ulmanis nevēlējās uzreiz atkal dot iespēju valdību veidot partijai “Latvijas ceļš”, kurai Saeimā bija lielākā frakcija, tāpēc 25.07.1994. uzticēja to darīt Andrejam Krastiņam (Latvijas Nacionālā neatkarības kustība, LNNK). Tikai pēc tam, kad A. Krastiņš nespēja nodrošināt sev deputātu vairākuma atbalstu, 29.08.1994. G. Ulmanis aicināja Māri Gaili (LC) veidot valdību.
Kad pēc 6. Saeimas vēlēšanām (30.09.1995. un 01.10.1995.) šķita, ka 53 balsu vairākumu Saeimā varētu gūt valdība bez stingras Rietumu orientācijas, G. Ulmanis izmantoja savas pilnvaras, lai piebremzētu populistus. Kā pirmo premjerministra amata kandidātu 07.11.1995. viņš nosauca Māri Grīnblatu (“Tēvzemei un brīvībai”). Kad M. Grīnblats nesaņēma Saeimas vairākuma atbalstu, G. Ulmanis 29.11.1995. nosauca Ziedoni Čeveru (“Saimnieks”), kura koalīcijā pa to laiku bija parādījušās plaisas, un 07.12.1995. balsojumā viņa iecerētajai valdībai ar 50 deputātu balsīm pietrūka nepieciešamā vairākuma. 14.12.1995. G. Ulmanis griezās pie Andra Šķēles, bezpartejiska uzņēmēja un bijušā lauksaimniecības ministra vietnieka Ivara Godmaņa valdībā, kurš izveidoja plašu koalīciju ar sešu no astoņu Saeimā ievēlēto sarakstu atbalstu.
20.01.1997. A. Šķēle koalīcijas iekšējo nesaskaņu rezultātā paziņoja par demisiju, tomēr 29.01.1997. G. Ulmanis viņu atkal aicināja veidot valdību. Tā gan ilgi nenoturējās, un 28.07.1997. G. Ulmanis kā premjerministra kandidātu nosauca Guntaru Krastu (“Tēvzemei un brīvībai”).
Pēc 7. Saeimas vēlēšanām 03.11.1998. G. Ulmanis valdību veidot aicināja Vili Krištopanu (LC), kurš izveidoja mazākuma valdību ar Latvijas Sociāldemokrātiskās strādnieku partijas atbalstu.
Pēc ievēlēšanas prezidenta amatā G. Ulmanis pārtrauca aktīvu darbu LZS, tomēr ieņēma partijas Goda priekšsēdētāja amatu.
G. Ulmaņa prezidentūras laikā tika atjaunotas vairākas ar Kārli Ulmani saistītas tradīcijas – Draudzīgais aicinājums, Vienotības velobrauciens un Prezidenta kauss vieglatlētikā.