Studiju laikā F. fon Bunge nolēma savu darbu saistīt ar akadēmisko jomu. Pēc jurista kvalifikācijas iegūšanas F. fon Bunge 1823.–1831. gadā strādāja par privātdocentu, vēlāk par docentu Tērbatas Universitātē. 1831.–1842. gadā kļuva par profesoru un vadīja nodarbības, kas bija veltītas Vidzemes, Igaunijas un Kurzemes tiesībām. Neskaidra kukuļošanas skandāla un ar to saistīto pastāvīgo intrigu dēļ, kurā bija iesaistīta Tērbatas Universitātes vadība, F. fon Bunge 1843. gadā bija spiests pārtraukt akadēmisko darbu un pārcēlās dzīvot uz Rēveli (mūsdienās Tallina). Tā kā F. fon Bunge akadēmiskajā darbā bija pavadījis 20 gadus, viņam izdevās iegūt valsts pensiju, kas nodrošināja turpmāko dzīvi.
Jau darba laikā Tērbatas Universitātē F. fon Bunge aktīvi iesaistījās publicistikā. 1836.–1843. gadā viņš bija Baltijas guberņās populārā Tērbatas nedēļas laikraksta Das Inland (“Iekšzeme”, precīzākā tā laika izpratnē – “Dzimtene”) vadītājs. Das Inland vadmotīvs bija aprakstīt Vidzemes, Igaunijas un Kurzemes vēstures, ģeogrāfijas, sabiedrības, saimniecības, kultūras un citas kopīgās iezīmes. F. fon Bunge bija viens no dedzīgākajiem “Ostzē provinču” (Ostseeprovinzen), kā tolaik pēc vācu tradīcijas vēl turpināja saukt Baltijas guberņas Krievijas Impērijā, kopīgās identitātes popularizētājiem. F. fon Bunges vadībā laikraksts bieži pievērsās šim jautājumam.
Vācu nacionālās vēstures pētniecības tendenču iespaidā F. fon Bunge 1851. gadā ierosināja nozīmīgāko Baltijas vēsturisko dokumentu vākšanu ar nolūku tos publicēt. Tādējādi Baltijas vēsturi bija iecerēts popularizēt vietējā un ārvalstu sabiedrībā un radīt argumentus par labu Baltijas tiesiskajai, politiskajai un kultūras autonomijas nodrošināšanai Krievijas Impērijā. Šīs iniciatīvas rezultātā F. fon Bunges vadībā tapa Vidzemes, Igaunijas un Kurzemes vēsturisko dokumentu (vēstures avotu) grāmatu sērija (“Liv-, Esth- und Curländisches Urkundenbuch nebst Regesten”).
Darbs publicistikas jomā un aiziešana no akadēmiskā darba satuvināja F. fon Bungi ar Baltijas guberņu politisko vidi. 1844.–1858. gadā viņš ieņēma Rēveles pilsētas vadītāja – birģermeisatra – amatu. Tā kā Baltijas privāttiesību jomā F. fon Bunge bija vienīgā autoritāte ar nepieciešamo pieredzi un publikācijām (1834.–1851. gadā viņš bija apkopojis un publicējis Vidzemes un Igaunijas, kā arī Kurzemes privāttiesību avotus un atsevišķā publikācijā devis to skaidrojumus), imperatora kanceleja Pēterburgā viņu nolīga sistematizēt, saskaņot un vienādot vietējās Baltijas guberņu privāttiesības un civiltiesības. Valdības dotā uzdevuma pildīšanas laikā 1856.–1865. gadā F. fon Bunge bija augstākais ierēdnis imperatora kancelejā. Tādējādi par F. fon Bunges mūža nozīmīgākā darba rezultātu kļuva viņa vadībā izstrādātais un Krievijas imperatora 12.11.1864. apstiprinātais Baltijas (Vidzemes, Igaunijas un Kurzemes guberņu) civiltiesību apkopojums (“Сводъ гражданскихъ узаконенiй губернiй Остзейскихъ”, vēlāk arī “Сводъ гражданскихъ узаконеній губерній Прибалтійскихъ”) jeb “Baltijas guberņu provinču tiesību” III daļa. Pirmās divas daļas, kas regulēja Vidzemes, Igaunijas un Kurzemes pārvaldi, izstrādāja jurists un Vidzemes landrāts Reinholds Samsons fon Himmelšerna (Reinhold Johann Ludwig Samson von Himmelstjerna), un tās pieņēma 1845. gadā.
1865. gadā F. fon Bunge pārcēlās uz dzīvi vācu valsts Saksijas-Koburgas-Gotas hercogistes galvaspilsētā Gotā, vēlāk, jau pēc Vācu Impērijas izveides, dzīvoja Vīsbādenē, kur nodevās Baltijas vēstures pētījumiem, ko ļoti apgrūtināja redzes pasliktināšanās un vēlāk – aklums. Miris Vīsbādenē, kapa vieta līdz mūsdienām nav saglabājusies.