Panenteisms kā filozofiski reliģiska sistēma izveidojās 19. gs., taču tā aizsākumi ir rodami jau antīkajā filozofijā. Panenteisms nav viendabīga sistēma un ietver dažādas skolas, virzienus.

Pirmo reizi jēdzienu “panenteisms” ieviesa vācu filozofs Karls Kristians Frīdrihs Krauze (Karl Christian Friedrich Krause), lai akcentētu savas filozofiskās sistēmas atšķirību no teisma un panteisma. Plašāku atpazīstamību jēdziens ieguva 20. gs. vidū, pateicoties amerikāņu filozofa Čārlza Hārtšorna (Charles Hartshorne) darbiem.

Panenteismam ir daudzas variācijas, kurās dažādi interpretē radītās esamības un Dieva attiecības. Dažas panenteisma versijas ir tuvākas panteismam jeb reliģiski filozofiskai mācībai, kurā ierasti Dievu vai dievības identificē ar radīto esamību, citas – teisma uzskatam, ka Dievs vai dievības pārvalda pasauli. Ir iespējams nošķirt implicēto un eksplicēto panenteismu. Eksplicētais panenteisms ietver domātājus, kuri sevi identificē kā piederīgus panenteismam. Implicētais panenteisms raksturo filozofus un teologus, kuri darbos nemin panenteisma jēdzienu, tomēr viņu uzskati atbilst tā definīcijai. Daži panenteisti uzskata, ka pasaule ir daļa no Dieva, citi uzlūko Dievu un radīto esamību kā ontoloģiski vienotas kategorijas. Tādēļ ir iespējams nošķirt panenteismu, kura centrā ir atziņa par Dieva un pasaules attiecībām, un panenteismu, kas aplūko pasauli kā daļu no Dieva veseluma. Daļa panenteisma sistēmu paredz, ka Dievs radīja pasauli ar brīvās gribas un mīlestības palīdzību, taču Dievs varēja pasauli arī neradīt. Citas panenteisma sistēmas ietver atziņu, ka Dievs nevarēja neradīt pasauli, jo tās radīšana izrietēja no Dieva iedabas. Klasiskais panenteisms paredz, ka cilvēku darbības nevar ietekmēt Dievu, savukārt modernais panenteisms akcentē radītās pasaules ietekmi uz dievišķā kategoriju.

K. K. F. Krauze uzskatīja, ka Dievs ir visas esamības pamats un katra esamības vienība ir daļa no Dieva apziņas. K. K. F. Krauze pamatoja panenteismu, balstoties izpratnē par zinātņu lomu un uzdevumu. Zinātnes veido organisku kopumu, tādēļ, pēc K. K. F. Krauzes domām, ir jābūt vienojošam principam jeb pamatam, kas nodrošina esamības racionālo struktūru. Šis princips ir Dievs. Tāpēc zinātne ir iespēja tuvoties dievišķās kategorijas izpratnei. Filozofs secināja, ka Dievs ir zinātnes izpētes galvenais objekts un katra zinātnes nozare pēta kādu dievišķās būtnes aspektu.

Domātājs, viens no ietekmīgākajiem 20. gs. reliģijas filozofiem Č. Hārtšorns, atsaucoties uz filozofa Platona (Πλάτων) dialogiem, pielīdzināja Dieva un radītās pasaules attiecības apziņas un ķermeņa mijiedarbībai. Č. Hārtšorns akcentēja, ka Dievs nav bezķermenisks gars, kas mājo visumā. Katra esamības vienība ir kā šūna Dieva organismā. Taču, ņemot vērā, ka nekas nav ārpus Dieva, Dieva ķermenis un šī ķermeņa vide ir viens un tas pats. Ietekmējoties no feminisma, Č. Hārtšorns panenteisma ietvaros salīdzināja Dieva un radītās esamības attiecības arī ar sievieti, kas atrodas grūtniecības stāvoklī. Darbā “Cilvēka izpratne par Dievu un teisma loģika” (Man’s Vision of God and the Logic of Theism, 1941) Č. Hārtšorns risināja iespējamos pārmetumus panteisma pozīcijai, kas ietver, piemēram, jautājumu par ļaunuma klātesamību pasaulē, – ja viss ir Dievā, vai tas nozīmē, ka Dievs iekļauj sevī arī ļaunumu? Č. Hārtšorns skaidroja, ka daļas un veseluma attiecības nepieciešami neparedz, ka daļu kvalitātes ir arī veseluma īpašības. Indivīda aktivitātēs var izpausties īpašības, kas nekļūst par kopējā veseluma īpašībām.

Vācu teologs Jirgens Moltmans (Jürgen Moltmann) publicēja darbus, kuros tiecās pierādīt, ka panenteisma sistēma pilnībā atbilst kristietībai. J. Moltmans uzskatīja, ka teisms atsvešina Dievu no radītās pasaules, savukārt panteismā zūd Dieva un pārējās esamības patstāvība. Vienā no saviem nozīmīgākajiem darbiem “Trīsvienība un Dieva valstība” (Trinität und Reich Gottes, 1980) teologs skaidroja, ka radītā esamība eksistē Dievā un radīšanas aktā Dievs brīvi ierobežoja pats sevi, lai mīlestības vārdā izveidotu pasauli. Darbā “Dievs un radīšana” (Gott in der Schöpfung, 1985) J. Moltmans nodēvēja savu uzskatu sistēmu par “trinitāro panenteismu”, lai akcentētu tās atšķirību no citām panenteisma formām, piemēram, filozofa Benedikta Spinozas (Benedictus de Spinoza) metafizikas.

Panenteisma pasaules uzskatu savos darbos attīstīja arī teologs Leonardo Bofs (Leonardo Boff), filozofs Pīters Hodžsons (Peter Hodgson), teologs Arturs Pīkoks (Arthur Robert Peacocke), teologs Džons Makkvorijs (John Macquarrie), filozofs Filips Kleitons (Philip Clayton), filozofs Deivids Reijs Grifins (David Ray Griffin) un citi domātāji.

Lai arī “panenteisma” jēdziens tika izveidots tikai 19. gs., panenteisma aizsākumi ierasti tiek saistīti vai nu ar reliģiskajām skolām, vai antīko filozofiju. Implicētajā panenteismā būtiska loma ir platonisma un neoplatonisma tradīcijai. Lai gan panenteisma elementi ir rodami jau Platona filozofijā, sevišķi dialogā “Tīmajs” (Τίμαιος, ap 360. gadu p. m. ē.), vairums pētnieku panenteisma aizsākumus saista ar neoplatoniķa Plotīna (Πλωτῖνος) idejām, kurās esamība atklājas kā dievišķās kategorijas emanācija. Neoplatonisma ietekmes dēļ panenteisma elementi ir rodami arī viduslaiku intelektuālajā domā, piemēram, Johana Skota Erigena (Iohannes Scotus Eriugena), Kūzas Nikolaja (Nicolaus Cusanus), Jākoba Bēmes (Jakob Böhme) un Meistara Ekharta (Meister Eckhart, Eckhart von Hochheim) darbos. Jaunajos laikos panenteismu pārstāvēja B. Spinoza un filozofs Džordāno Bruno (Giordano Bruno). Panenteismam bija nozīmīga loma vācu ideālisma tradīcijā, sevišķi Frīdriha Vilhelma Jozefa Šellinga (Friedrich Wilhelm Joseph Schelling) un Georga Vilhelma Frīdriha Hēgeļa (Georg Wilhelm Friedrich Hegel) sistēmās.

Panenteisma koncepts sākotnēji attīstījās kristietības kontekstā, taču daudzi pētnieki ir pievērsušies panenteisma elementu analīzei arī citās reliģijās, piemēram, budismā, sūfismā, džainismā un jūdaismā.

20. gs. pirmajā pusē jēdzienu “panenteisms” latviešu intelektuālajā telpā ieviesa filozofs Pauls Dāle. Filozofs uzskatīja, ka panteismā nav iespējams atrisināt brīvības un atbildības problēmu, savukārt teisms atsvešina Dievu no pasaules. P. Dāle secināja, ka panenteisms ir auglīgākā sistēma gan filozofijā, gan reliģijā. Filozofs uzskatīja, ka panenteisma elementi ir rodami gan Jāņa Poruka, gan Friča Bārdas literārajos darbos. Ietekmējoties no P. Dāles, arī rakstniece Zenta Mauriņa analizēja panenteisma motīvus F. Bārdas dzejā. Literatūrzinātnieks Kārlis Kārkliņš raksturoja panenteisma ietekmes Ausekļa un Andreja Pumpura darbos. Implicēto panenteismu latviešu intelektuālajā vēsturē reprezentē arī filozofa Jēkaba Oša un teologa Jāņa Sandera darbi.

Analītiskās teoloģijas pārstāvji norādīja, ka panenteismā iztrūkst skaidras definīcijas un jēdzienu, tāpēc to ir grūti nošķirt no dažādām teisma un panteisma formām. Citi teologi un filozofi kritizēja panenteismu, jo ar to nav iespējams izprast Dieva iedabu. Ja Dievs un radītā esamība nav ontoloģiski nošķiramas vienības, tad ir sarežģīti izskaidrot Dieva cēlonisko ietekmi uz pasauli. Turklāt panenteismā saglabājās teodicejas problēma. Ja Dievs nav atbildīgs par ļaunumu pasaulē, tad arī nekontrolē visus procesus. Ja Dievs cieš ar cilvēci, kā to paredz dažas panenteisma versijas, tad nespēj uzveikt ļaunumu, tāpēc tiek ierobežota Dieva visvarenība un zūd pamats pārliecībai, ka Dieva spēkos būtu uzvarēt ļaunumu nākotnē.