Vēsture Ir liecības, ka Subates apkārtne bija apdzīvota jau 2. gadu tūkstotī pirms mūsu ēras, tomēr pašā pilsētā arheoloģiskie izrakumi nav veikti. Subate sākotnēji izvietojusies Sēlijas zemju tirdzniecības un kara ceļu krustpunktā, Lielā Subates ezera rietumu krastā. Vācu ordeņa Livonijā laikā tā piederēja Daugavpils komturejai. Senākais dokuments, kurā minēts Subates vārds, ir 1570. gada līgums, ar kuru Kurzemes un Zemgales hercogistes hercogs Gothards Ketlers (Godthartt Kettler) pārdeva Vecsubates tirgus vietu Georgam Zībergam fon Višlingenam (Georg Sieberg von Wischlingen).
17. gs. vidū Zībergi kopā ar saviem zemniekiem pārgāja katoļticībā un luterāņu dievnamu 1677. gadā ar Polijas un Lietuvas valdnieka rīkojumu nodeva katoļiem. Neapmierinātie luterticīgie iedzīvotāji pārcēlās uz ezera austrumu krastu, kur uz Prodes muižnieka fon der Osten-Sakena (von der Osten-Sacken) zemes izveidoja miestu, ko dēvēja par Jaunsubati.
1680. gadā Vecsubate ieguva Magdeburgas pilsētas tiesības. Starp Vecsubates Zībergiem un Prodes Osten-Sakeniem noritēja nepārtraukta sacensība, kas visnotaļ veicināja Subates attīstību, jo viņi centās viens otru pārspēt labdarībā un dažādu privilēģiju piešķiršanā. 1685. gadā arī Jaunsubate kļuva par miestu ar tirgus tiesībām. Zemes īpašnieki deva zemniekiem tiesības apmesties Subatē, tirgoties, turēt krogus un nodarboties ar dažādiem amatiem, vienīgi ebrejiem te bija liegts uzturēties.
Subate bija nozīmīgs Kurzemes un Zemgales hercogistes, vēlāk arī Kurzemes guberņas austrumu daļas tirdzniecības un izglītības centrs. 1682. gadā Prodes muižas īpašnieks Osten-Sakens dāvāja divus tūkstošus dālderu Jaunsubates skolas izveidei, kurā mācījās arī Sēlijas latviešu zemnieku bērni.
1685. gadā Jaunsubatē tika uzcelta luterāņu baznīca ar greznu, kokgriezumiem rotātu baroka interjeru, kas ir unikāls tā laika koktēlniecības paraugs, kas pilnībā saglabājies līdz mūsdienām. Tiek uzskatīts, ka Subates Svētā Jura evanģēliski luteriskā baznīca ir vienīgais dievnams Latvijā, kas ar savu plānojumu un arhitektūru iemieso ideālās protestantu baznīcas būtību – vizuāli tas atgādina tipisku kalvinistu dievnamu.
Vecsubatē jezuīti 1723. gadā uzcēla jaunu koka dievnamu, bet 1773. gadā viņus nomainīja lācarieši no Ilūkstes. 1831. gadā tika iesvētīta jaunā katoļu mūra baznīca, kas celta par grāfa Mihaila Zīberga-Plātera (Michał Plater-Zyberk) līdzekļiem un ir veltīta Svētā Miķeļa Ercenģeļa godam. Tā ir celta no laukakmeņiem senbazilikas stilā ar atsevišķi esošu zvanu torni.
17. gs. beigās no Ilūkstes apriņķa austrumu daļas Subatē ieceļoja krievu vecticībnieki, kuri apmetās pilsētas ziemeļu daļā, Lielā Subates ezera rietumu krastā. Tur atrodas arī 1905. gadā celtais lūgšanu nams un vecticībnieku koka privātmājas.
Pēc dzimtbūšanas atcelšanas Krievijas Impērijā (1861) Subatē strauji pieauga iedzīvotāju skaits, īpaši uz ebreju ieceļotāju rēķina. Kurzemes guberņā un arī Subatē dzimtbūšana tika atcelta jau 1817. gadā. 1894. gadā administratīvi apvienoja Vecsubates un Jaunsubates miestus, izveidojot Subates miestu ar ierobežotām pilsētas tiesībām – tajā laikā Subatē bija 12 ielas un 298 celtnes. Pilsētas tiesības Subate ieguva 1917. gadā. Subates pilsētas vēsturiskais centrs ir 16.–19. gs. valsts nozīmes pilsētbūvniecības piemineklis, ko veido Vecsubate un Jaunsubate – īpaši nozīmīga ir vēsturiskā koka apbūve.
1935. gadā pilsētā bija 343 dzīvojamās ēkas (99 % koka un vienstāva), 89 veikali un 95 dažādi sīki uzņēmumi. Subates iedzīvotāju nacionālais sastāvs visu laiku ir bijis dažāds – pārsvarā šeit dzīvoja latvieši, lietuvieši, krievi un ebreji, kuri pirms Pirmā pasaules kara bija lielākā etniskā grupa. 1935. gadā 32 % no Subates iedzīvotājiem bija latvieši, 26 % – ebreji (gandrīz visi no tiem gāja bojā holokaustā 1941. gadā), 25 % – krievi, 6 % – baltkrievi, 6 % – lietuvieši, 4 % – poļi, 1 % – vācieši. Pilsētas un tās apkārtnes iedzīvotāji pārsvarā nodarbojās ar zemkopību (38 %), amatniecību un rūpniecību (23 %), kā arī tirdzniecību (12 %) – pilsēta bija plašas apkaimes tirdzniecības centrs.
Starpkaru periodā Subatē darbojās četras pamatskolas, arī vidusskola (1921–1931). 1926. gadā tika izveidots Subates un apkārtnes tautas nams, kurā bija bibliotēka un sarīkojumu zāle, darbojās Skatuves mākslas cienītāju biedrība un Krājaizdevu sabiedrība. Pirmā slimnīca Subatē tika uzcelta 1881. gadā, bet aptieka – 1925. gadā. Šajā vecajā Subates aptiekā tika uzņemtas režisora Viestura Kairīša spēlfilmas “Pilsēta pie upes” (2000) epizodes.
Padomju okupācijas gados Subatē tika atvērta apavu ražošanas apvienības “1. Maijs” filiāle, darbojās dzirnavas, maizes ceptuve un sadzīves pakalpojumu kombināta darbnīcas.