Atbildot uz postpozitīvistu uzbrukumiem, racionālisti norādīja, ka tie uzrāda tradicionālo pieeju vājās vietas, bet paši neveic empīriskus pētījumus un neparāda, kā varētu pētīt labāk un pareizāk. Kā 1988. gadā rakstīja R. Koheins, kritiķiem varbūt daudzos jautājumos ir taisnība, taču viņiem nav pozitīvas pētniecības programmas. Postpozitīvisti šo kritiku ņēma vērā un ķērās pie empīriskas analīzes, taču sākumā tā pārsvarā bija metateorētiskā līmenī, reflektējot par fundamentālām starptautisko attiecību pētniecības problēmām, balstoties uz strukturācijas teoriju un Mišela Fuko (Michel Foucault) ģenealoģiskās metodes pielietošanu starptautiskās politikas pētījumos. Turklāt postpozitīvistu domas dalījās par to, vai empīriskas postpozitīvisma teorijas vispār ir vajadzīgas un iespējamas. Kā norāda Lēne Hansena (Lene Hansen) reflektīvistu nometnes diferenciāciju noteica nevis ontoloģiskie, bet gan epistemoloģiskie jautājumi.
Poststrukturālisti (postmodernisti) uzskata, ka sociālā ontoloģija pieprasa konsekventu epistemoloģisko nostāju, kurā nav pieļaujamas izskaidrojošās teorijas, kuru uzmanības centrā ir kauzalitātes atklāšana. Viņi noliedz hipotēžu izvirzīšanu un pārbaudi (falsifikāciju), kā arī citas standarta procedūras, kas tiek pielietotas racionālistu pētījumos. Viņu uzmanības centrā ir ārpolitikas pētniecība un ārpolitisko identitāšu veidošanās, traktējot šos procesus kā tādus, kas notiek diskursīvajā praksē (dažāda veida tekstos) un nepastāv ārpus tās. Empīriskos pētījumos postrukturālisti ļoti bieži izmanto diskursa analīzi kā metodi, bet tā prasa ļoti rūpīgi izstrādāt pētījuma stratēģiju, izvēlēties analizējamos tekstus un formulēt pētnieciskos jautājumus.
Konstruktīvisms attiecībā uz epistemoloģiskajiem principiem ir izrādījis ārkārtīgi lielu elastību un pieeju spektru. Lai gan vairuma konstruktīvistu attieksme pret pozitīvismu ir negatīva, daži, piemēram, Aleksandrs Vents (Alexander Wendt) uzskata, ka postpozitīvistisko ontoloģiju var apvienot ar pozitīvistisku epistemoloģiju un nedomā, ka sociālās ontoloģijas problemātika būtu jāpēta ar interpretatīvajām vai citām īpašām metodēm. Konvencionālie konstruktīvisti būtībā ir ļoti tuvu racionālistu nometnei un uzskata, ka pielietojamas ir standarta procedūras, kuras ir parastas tradicionālajās pieejās. Radikālākā konstruktīvistu daļa (kritiskie konstruktīvisti), nenoliedzot materiālo faktoru lomu, uzskata, ka sociālā mijiedarbība ir daudz nozīmīgāka un sociālās ontoloģijas pētniecībā vismaz daļēji jāpielieto citas metodes, nekā pētot materiālo ontoloģiju, piemēram, diskursa analīze. Kopumā konstruktīvisti nemēģina izstrādāt īpašas pētniecības metodes, daudzi uzskata, ka metode ir atkarīga no pielietojamās teorijas.
Kritisko teoriju pārstāvju attieksme pret metodēm arī nav viendabīga. Kritiskie teorētiķi, kas ietekmējušies no Frankfurtes skolas, pielieto interpretācijas metodes, t. sk. diskursa analīzi. Tomēr citu kritisko teorētiķu attieksme pret pozitīvisma metodēm ir pielaidīgāka un daži vērtētāji uzskata, ka viņu radikālisms izpaužas kā sociāli un politiski kritiska attieksme, bet ne kā metodoloģisks skatījums.