Koinē grieķu valodas agrīnajos gadsimtos notika dažādas – vieglāk un grūtāk datējamas – fonētiskas izmaiņas. Izglītotie valodas lietotāji centās mākslīgi uzturēt tādu vārdu un formu lietojumu, kas vienkāršo ļaužu runā jau bija zudušas. Šīm izmaiņām iespējams izsekot tikai daļēji – pētot rakstu pieminekļos, arī inskripcijās, vērojamās pareizrakstības kļūdas, analizējot aizguvumus no citām valodām koinē grieķu valodā, kā arī mūsdienu grieķu valodas izrunu.
Koinē grieķu valoda izvairījās no atiskajam dialektam raksturīgā līdzskaņu savienojuma -ττ- (-tt-) un aizstāja to ar jonisko un līdz ar to panhellēnisko -σσ- (-ss-). Tādējādi – θάλασσα (thálassa) ‘jūra’, nevis θάλαττα (thálatta). Interesanti, ka tie atiskā dialekta vārdi, kam joniskajā dialektā nav vērojams precīzs radniecīgs vārds, koinē parādījās ar atisko -ττ-, piemēram, ἡττάομαι (ēttáomai) ‘es esmu uzvarēts’, attiecīgi joniskā forma – ἑσσόομαι (essόomai). Reizēm vērojams paralēls jonisko un atisko formu lietojums, piemēram, retāk lietotais ἐλάττων (eláttōn) ‘mazāks’ dažkārt vērojams biežāk lietotā ἐλάσσων (elássōn) vietā. Līdzīgi atiskā dialekta -ρρ- (-rr-) piekāpās joniskajam -ρσ- (-rs-): ἄρσην (ársēn) ‘vīriešu, vīrišķais’, nevis ἄρρην (árrēn), tomēr reti sastopams arī -ρρ-, piemēram, πόρρω (pόrrō) ‘tālāk’, jo joniskajā dialektā nebija precīzas radniecīgas formas πόρσω (pόrsō). Kopīgajai grieķu valodai, tāpat kā joniskajam dialektam, bija raksturīgi nesavilkt divus patskaņus, kas atrodas viens otram blakus vārdā, piemēram, ἐπλέετο (epléeto) ‘kuģoja’, nevis ἐπλεῖτο (epleíto).
Būtiskākās strukturālās izmaiņas piedzīvoja patskaņu sistēma. Pakāpeniski zuda garo un īsto patskaņu nošķīrums: sākot ar 2. gs. p. m. ē., visiem patskaņiem bija vienāds garums. Vienlaikus mainījās vārda akcentēšanas principi, no trīs akcentu veidiem paliekot tikai vienam. Zuda dvesmas zīmju lietojums. Pārveidojās un izzuda vairāki divskaņi, savukārt atlikušajiem mainījās izruna, piemēram, divskani αυ (au) atkarībā no pozīcijas vārdā sāka izrunāt kā av vai af. Vienkāršie patskaņi saglabāja savu sengrieķu izrunu, izņemot patskani η (ē), kuru sāka izrunāt kā i. Arī līdzskaņi galvenokārt tika izrunāti tāpat kā antīkajā senatnē. Izmaiņas skāra vien dažus, piemēram, β, γ, δ (b, g, d). Koinē grieķu valodā noteiktās pozīcijās vārdā šos līdzskaņus sāka izrunāt kā v, gh, dh.