Gēni kontrolē svarīgākos attīstošā organisma procesus: šūnu dalīšanos (īpaši apoptozi), šūnu diferenciāciju (no totipotentām uz unipotentām šūnu līnijām) un morfoģenēzi (šūnu veida formēšanos). Gēnus aktivē proteīni, ko sauc par transkripcijas faktoriem. Pēdējie ir citu gēnu produkti, kurus aktivē savukārt vēl kādi citi gēni. Gēnu un transkripcijas faktoru kaskādi iesāk kontrolgēni, ko aktivē trīs veidos: pēc šūnu autonoma, stāvokļa vai sincītija (tīklojuma) specifitātes.
Autonoma specifitāte (arī citoplazmas jeb morfogēnā) ir ribonukleīnskābes (RNS) molekulas, kas kodē transkripcijas faktorus, kā arī citus proteīnus un organoīdus citoplazmā. Šo faktoru atšķirīgā koncentrācija dažādās šūnu populācijās izraisa atšķirīgus gēnu ekspresijas modeļus un turpmāko šūnu diferenciāciju.
Stāvokļa specifitāte nosaka, ka šūnas tiek diferencētas pēc mijiedarbības ar blakusšūnām un šūnu atbrīvotie transkripcijas faktori (morfogēni) iedarbojas uz citu šūnu kontroles gēniem, sākot gēnu aktivācijas un inaktivācijas kaskādes.
Tīklojuma specifitāte nosaka nepilnīgu šūnu dalīšanos pēc apaugļošanas, kas rada šūnu ar daudziem kodoliem jeb tīklojumu (syncytium), caur ko difundē morfogēni, dodot informāciju par šūnu atrašanās vietu.