02.09.1855. Mēmeles (mūsdienās Klaipēdā, Lietuvā) vācu baptistu draudzē Austrumprūsijā tika kristīts Fricis Jēkabsons – pirmais zināmais baptists visā tā laika Krievijas Impērijā. Latvijā baptisma pirmsākumi attiecināmi uz 1847.–1849. gadu, kad Ziru skolā sāka strādāt Irlavas skolotāju semināru beigušais vācu tautības skolotājs Mihaēls Hamburgers (Michael Hamburger), kurš, simpatizējot piētisma idejām, rosināja savus skolniekus un viņu vecākus uz piētisku dzīvesveidu. Vēlāk daudzi skolnieki un viņu vecāki piedalījās pirmo latviešu baptistu draudžu dibināšanā. 19. gs. vidū Liepājā un tās apkārtnē bija vairāki vācu baptisti, kuri arī sekmēja latviešu pievēršanos baptismam. 19. gs. otrajā pusē viņus sāka dēvēt par “jaunticībniekiem”.

Gūstot plašāku atsaucību un iepazīstoties ar vācu baptistiem, 1860. gadā tika pieņemts lēmums pievienoties baptistu draudzēm. Nozīmīga loma šajā lēmumā bija Ādamam Gertneram, kurš vēlāk kļuva par pirmo latviešu baptistu bīskapu. 1860. un 1861. gadā Ventspils un Liepājas apkārtnē tika organizēti latviešu jaunticībnieku braucieni uz tuvāko vācu baptistu draudzi Mēmelē, lai tur tiktu kristīti. Pirmo braucienu organizēja no Užavas, un tajā tika kristīti deviņi latvieši. Kristības notika 02.09.1860., un šo notikumu uzskata par oficiālo latviešu baptistu draudžu vēstures sākumu. Konvertēšanās dēļ daudziem pirmajiem baptistiem tika piemēroti naudas un miesas sodi, kā arī viņi izjuta pretestību no evaņģēliski luteriskās baznīcas Kurzemes konsistorijas draudžu mācītājiem un vietējiem muižniekiem. Neskatoties uz soda sankcijām un baznīcas iebildumiem, baptisms turpināja izplatīties. 1861. gadā tika dibinātas pirmās latviešu baptistu draudzes: Ventspils, Užavas un Sakas draudzes. Pirmās latviešu un vācu baptistu draudzes Rīgā dibinātas 1867. gadā. Baptisma darba tālāku organizēšanos sekmēja 1879. gadā Krievijas imperatora Aleksandra II (Александр II Николаевич) izdotais dekrēts, kas piešķīra baptismam legālu statusu Krievijas Impērijā. Latviešu baptistu draudzes līdz 1879. gadam formāli bija daļa no Vācu Baptistu draudžu savienības.

Daudzi baptisti no Kurzemes izceļoja uz Novgorodas apkārtni, atsaucoties Krišjāņa Valdemāra aicinājumam apgūt zemes citās Krievijas Impērijas guberņās. Pirmā latviešu baptistu draudze Novgorodas apkārtnē dibināta 1869. gadā. Latviešu baptisti ekonomisku apsvērumu dēļ izceļoja arī uz Amerikas Savienotajām Valstīm (ASV) un Brazīliju. Pirmā latviešu baptistu draudze ASV dibināta 1890. gadā. Brazīlijā līdz 1914. gadam jau bija deviņas latviešu baptistu draudzes.

1873. gadā Rīgā tika dibināta pirmā svētdienas skola, kuras piemēram sekoja citas draudzes. Uzmanība tika veltīta jauniešu darba, diakonijas un ielu misijas darbam. No 1870. gada vairākas latviešu baptistu draudzes dibināja savas skolas bērniem, kurās par skolotājiem strādāja baptistu skolotāji. Draudžu dzīvē īpaša nozīme bija Bībeles lasīšanai un kristīgajai ētikai.

1885. gadā tika dibināta Baltijas Baptistu draudžu savienība, kas apvienoja draudzes, kuras vēlējās saglabāt ciešas saiknes ar vācu baptistu draudzēm. 1890. gada sākumā abas savienības atkal apvienojās un pievienojās nekrieviski runājošo baptistu savienībai Krievijas Impērijā – Ūnijai.

Pēc Pirmā pasaules kara latviešu baptistu draudzes ietekmēja Vasarsvētku draudžu teoloģiskie priekštati, akcentējot baptistiem neraksturīgu pravietošanas praksi un pneumatoloģiju. Rezultātā 1922.–1923. gadā uz Brazīliju izceļoja vairāk nekā 2300 baptistu. Izceļošanas idejiskais organizētājs bija mācītājs Jānis Iņķis. Brazīlijā, Santakatarinas pavalstī tika izveidotas “Vārpas” un “Palmas” kolonijas, dibinātas draudzes un veikts misijas darbs. 1946. gadā latviešu baptisti uzsāka misijas darbu Bolīvijas pilsētā Rinkonā pie vietējiem iezemiešiem.

1926.–1934. gadā baptisti Latvijā bija sadalījušies divās baptistu draudžu savienībās: Latvijas Baptistu draudžu savienībā (LBDS) un Otrā baptistu draudžu savienībā, kuras idejiskais vadītājs bija mācītājs Viljams Fetlers. Lielu uzmanību V. Fetlers veltīja Latgales reģiona evaņģelizēšanai un misijas darbam krieviski runājošo vidū, centieniem ievest garīgo literatūru Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā (PSRS).

Līdz ar padomju otrreizējo Latvijas okupāciju arī latviešu baptisti piedzīvoja dievnamu nacionalizēšanu, draudžu darba būtisku ierobežošanu, draudžu mācītāju un draudžu locekļu represijas vai trimdu. Kopā ar daudziem draudžu locekļiem trimdā devās 35 mācītāji. Pakāpeniski tika slēgtas baptistu draudzes, aizliegts teoloģiskās izglītības darbs, garīgās literatūras iespiešana un izplatīšana un darbs ar bērniem un jauniešiem. Pēc 1960. gada vairākas baptistu draudzes nolēma darboties bez reģistrācijas. Vienīgā atļautā aktivitāte bija kora darbs. Šajos apstākļos latviešu baptisti kora darba aizsegā organizēja bērnu un jauniešu darbu, Bībeles studijas. Daudzas draudžu aktivitātes tika organizētas valsts svētku aizsegā.

Vēsturiski baptisti Latvijā visplašāk bijuši pārstāvēti Kurzemē, Liepājas un Ventspils apriņķa robežās, kā arī Rīgā un Rīgas apriņķī. Ap 1875. gadu jau bija 35 latviešu baptistu draudzes tagadējā Latvijas, Lietuvas un Krievijas teritorijā ar 2500 draudžu locekļiem. 1919. gadā Latvijā bija 7289 baptisti, 1920. gadā – 8099 baptisti. 1927. gadā Latvijā bija 89 draudzes ar 9288 draudžu locekļiem, 1938. gadā – 109 draudzes ar 12192 draudžu locekļiem. Pieskaitot draudžu locekļu bērnus, svētdienskolas un citas darbības nozares baptistu draudzes aptvēra 27 tūkstošus cilvēku, kuri baptistu draudzēs saņēma pastorālo aprūpi. 1976. gadā bija palikušas vien 60 draudzes ar 6 tūkstošiem draudžu locekļu; 1990. gadā – 59 draudzes ar 4529 draudžu locekļiem; 1995. gadā bija 5597 draudžu locekļi. 2017. gadā LBDS sastāvā bija 88 baptistu draudzes ar 6500 draudžu locekļiem. 2020. gadā LBDS draudzēs kopā bija 6268 baptistu. LBDS ir Vispasaules baptistu savienības locekle. LBDS apvieno gan latviešu, gan krievu draudzes. Dažas draudzes Latvijā (piemēram, Ozolniekos) pastāv ārpus LBDS.

Rīgas Mateja baptistu draudzē 1974. gadā tika izveidota jauniešu muzikālā grupa “Maranata”. 1980. gadā tika saņemta ierobežota atļauja atsākt teoloģiskās izglītības darbu. 1978. gadā tika atļauts izdot dziesmu grāmatu, kopš 1979. gada – draudžu kalendāru.

Ar Latvijas Republikas (LR) neatkarības atjaunošanu aizsākās arī LBDS darba atjaunošana. 1992. gadā tika atgūts LBDS Savienības nams un pakāpeniski arī citi nacionalizētie īpašumi. Nozīmīgu ieguldījumu LBDS Savienības nama atgūšanas darbā devis LBDS ģenerālsekretārs un LBDS Teoloģijas semināra direktors Ilmārs Hiršs.

Šajā laikā tika atjaunots teoloģiskās izglītības darbs, garīgās literatūras un periodikas izdošana, kā arī bērnu un jauniešu kopdarbs, sociālās kalpošanas darbs, plaši izvērsta muzikālā un misiones darbība. Līdz 1993. gadam tika atjaunotas Garīdznieku brālības, Svētdienskolu apvienības, Māsu apvienības (Sieviešu kalpošanas apvienība), Koru apvienības (Muzikālās kalpošanas apvienība) un Jaunatnes apvienības darbs, izveidota Mediķu apvienība.

Kopš 2006. gada LBDS vadība izvirzījusi jaunus mērķus gan jaunu draudžu dibināšanā, gan esošo draudžu stiprināšanā un jaunu vadītāju sagatavošanā. Šo mērķu īstenošanai LBDS 2008. gadā dibināja Baltijas Pastorālo institūtu.

LBDS darbs notiek sadarbībā ar Amerikas Latviešu baptistu apvienību un Brazīlijas Latviešu baptistu apvienību. LBDS ir Eiropas Baptistu federācijas un Pasaules Baptistu savienības dalībniece. Latvijā darbojas arī vairākas baptistu draudzes, kuras nav LBDS sastāvā.

Kopš 19. gs. baptisti akcentējuši nepieciešamību celt dievnamus, izdot garīgu literatūru, veikt sociālo darbu un misiju. Līdz 1890. gadam tika uzcelti 27 dievnami. Baptisti savus dievnamus sākotnēji sauca par lūgšanu namiem. 1927. gadā V. Fetlera vadībā tika uzcelts lielākais latviešu baptistu dievnams “Pestīšanas templis”. 1934. gadā tika uzcelts LBDS Savienības nams. 1918.–1940. gadā tika uzbūvēts 31 dievnams. 1938. gadā baptistiem bija 74 dievnami. Kopš 1990. gada latviešu baptisti uzcēluši divus jaunus dievnamus: Dundagā (1996) un Ogrē (2010).

Kopš 1925. gada notiek LBDS Dziesmu svētki (pirmie Liepājā, 1100 dalībnieki). Dziesmu svētki 2010. gadā tika svinēti kopā ar Latvijas Baptistu draudžu vēstures 150 gadadienu. 

1938. gadā Latvijas 109 baptistu draudzēs darbojās 107 kori ar 2591 kora dziedātāju, 1939. gadā – 61 orķestris. Lielu ieguldījumu baptistu muzikālajā darbā devis diriģents un dziesmu krājumu izdevējs Jēkabs Sīmanis un komponists Kārlis Līdaks. Par latviešu baptistu draudzēm saka, ka tā ir dziedoša baznīca. No baptistu vidus nākuši daudzi ievērojami mūziķi un komponisti, piemēram, Viktors Baštiks, Tālivaldis Deksnis, Ēriks Ešenvalds, K. Līdaks, Pēteris Vasks.

1931. gadā pie Vaiņodes LBDS Māsu apvienība nodibināja bāreņu namu “Saulstari”. 1927. gadā mācītājs Osvalds Blūmītis organizēja bērnu patversmi Tilžā. 1939. gadā Rīgas Āgenskalna baptistu draudze uzcēla Rīgā pansionātu.

Baptistu mācītāju vidū ir vairāki zināmi politiķi. Liepājas Nācaretes baptistu draudzes mācītājs Evalds Rimbenieks bijis Saeimas deputāts, ministrs. Pēc neatkarības atjaunošanas mācītājs Olafs Brūveris bijis Saeimas deputāts, Valsts cilvēktiesību biroja direktors; mācītājs Ainars Baštiks – Saeimas deputāts, ministrs.

Latvijas baptistu draudžu darbu koordinē LBDS. Augstākā lēmējinstitūcija baptistu draudzēs ir kongress, sākotnēji – konferences. 1869. gadā notika pirmā draudžu pārstāvju konference. No 1875. gada šādās konferencēs plašāk tika pārrunāti kopdarba jautājumi, liekot pamatu LBDS.

1922. gadā dibināts LBDS Garīgais seminārs – līdz 1940. gadam 53 absolventi. Semināra direktori – mācītāji Jānis Aleksandrs Freijs (1922–1930) un Jānis Rīss (1930–1940). LBDS tika likvidēta 1945. gadā, un latviešu baptistu draudzes tika iekļautas Vissavienības Evaņģēliski kristīgo baptistu savienībā (VEKBS). 1977.–1990. gadā Latvijas baptistu draudžu kopdarba oficiālais nosaukums bija Latvijas Baptistu draudžu brālība. Padomju okupācijas laikā nozīmīgu ieguldījumu baptistu draudžu vadībā sniedza bīskapi Pēteris Egle un Jānis Tervits.

1990. gadā tika atjaunots LBDS darbs, 1991. gadā – LBDS Teoloģijas seminārs (kopš 2005. gada Kristīgās vadības koledža). Baltijas Pastorālais institūts dibināts 2008. gadā.

19. gs. 80. gados latviešu baptisti sāka izdot savas dziesmu grāmatas, kā arī pirmo laikrakstu “Evaņģēlists” (1881–1887; redaktors mācītājs Jēkabs Rumbergs). Nozīmīgākie baptistu periodiskie izdevumi līdz 1940. gadam bija laikraksti “Avots” (1905–1915) un “Kristīgs Vēstnesis” (1906–1914).

Padomju okupācijas laikā pagrīdes apstākļos tika tulkota un mājas apstākļos izdota un pavairota garīgā literatūra un dziesmu notis. Tikai mašīnrakstā tika pavairoti vairāk nekā 250 autoru darbi (7200–18 tūkstoši eksemplāru).

Pēc LR neatkarības atjaunošanas LBDS izdeva žurnālus “Labā Vēsts” (1990–2002), “Baptistu Draudzēm” (1991–1994), “Gaismiņa” (1990–2000), iznāk “Baptistu Vēstnesis” (kopš 1995) – oficiālais LBDS izdevums.

J. Tervits (1977–1990), Jānis Eisāns (1990–1996), Andrejs Šterns (1996–2002), Jānis Alfrēds Šmits (2002–2006), Pēteris Sproģis (2006–2018), Kaspars Šterns (kopš 2018).