12.–13. gs. mijā dinastijas Frankonijas zara (vēlākās Nirnbergas un Brandenburgas-Prūsijas līnijas) pārstāvji nostiprinājās Nirnbergas apkārtnē – Baireitā, Ansbahā un Kulmbahā. Dinastijas šī zara pārstāvji turpmāk kļuva par Nirnbergas burggrāfiem. Ilgu laiku ap Nirnbergu esošie apdzīvotie centri dinastijai bija svarīgāki par Brandenburgu vai Prūsiju, ar kuras vārdu dinastija kļuva pazīstama jauno laiku periodā. Brandenburgā dinastijas zars sāka valdīt pēc tam, kad Nirnbergas burggrāfs Frīdrihs VI (Friedrich VI.) 1411. gadā tika iecelts par Brandenburgas markgrāfu, bet 1415. gadā – par tās kūrfirstu un kopš tā brīža tika titulēts par Frīdrihu I (Friedrich I. von Brandenburg). Brandenburgas markgrāfistes nonākšana Hoencolernu īpašumā 1415. gadā iezīmēja dzimtas uzplaukuma sākumu. Līdz ar Brandenburgas nonākšanu dzimtas valdījumā Hoencolerni ieguva tā saukto “elektoru” statusu, kas deva tiesības piedalīties Svētās Romas Impērijas karaļa vēlēšanās. Svētās Romas Impērijas elektoru statuss sekmēja dinastijas nozīmes kāpumu politiski sadrumstalotajā vācu apdzīvotajā teritorijā Eiropas vidienē, kā arī visas Eiropas mērogā.
Pēdējais Vācu ordeņa lielmestrs (1510–1525) Albrehts (Albrecht von Preußen, arī Albrecht von Brandenburg-Ansbach), starptautiski pazīstams arī kā Alberts no Prūsijas, nāca no Hoencolernu dinastijas Frankonijas zara Ansbahas dzimtas (Die fränkischen Hohenzollern zu Ansbach). 1525. gadā viņš sekularizēja Vācu ordeņa valsti un pārveidoja to par Prūsijas hercogisti, un pats kļuva par tās pirmo hercogu, kur valdīja līdz savai nāvei. Šie, vēlāk par Brandenburgas-Prūsijas Hoencolerniem sauktie dinastijas pārstāvji, reformācijas laikā atbalstīja luterticību, bet 1613. gadā Brandenburgas markgrāfs Johans Zigismunds (Johann Sigismund, Markgraf von Brandenburg) pievērsa Hoencolernu Brandenburgas-Prūsijas dinastisko līniju kalvinismam. Brandenburgas-Prūsijas dinastijas līnijas uzplaukums bija saistīts ar teritoriāliem ieguvumiem 15., 16. un 17. gs., kas Brandenburgu nostiprināja Eiropas un arī pasaules mērogā, iegūstot koloniālos īpašumus Āfrikā un Karību jūras baseinā.
1701. gadā kūrfirsts Frīdrihs III no Brandenburgas ar Svētās Romas imperatora Habsburgu dinastijas pārstāvja Leopolda I (Leopold I.) atļauju sāka lietot titulu “karalis Prūsijā”, savukārt titulu “Prūsijas karalis” oficiāli sāka lietot 1772. gadā, kad to ieguva Frīdrihs II (arī Frīdrihs Lielais; Friedrich II., arī Friedrich der Große) un Prūsija no hercogistes pārtapa par karalisti. Valsts nosaukumu “Prūsija” sāka attiecināt uz visiem Brandenburgas-Prūsijas Hoencolernu īpašumiem.
Prūsijas karaļi saglabāja savu Brandenburgas kūrfirstu titulu līdz Svētās Romas Impērijas sabrukumam 1806. gadā. 19. gs. iezīmējās ļoti izteikta konkurence starp Hoencolernu un Habsburgu dinastijām. Abām dinastijām bija vislielākā nozīme vācu zemju apvienošanās jautājumā. 1866. gadā tā sauktā “Vācu kara” rezultātā Prūsija nomainīja Habsburgu pārvaldīto Austriju kā dominējošo varu vācu zemēs, un pēc franču–vācu kara (1870–1871) 1871. gadā par vācu ķeizaru kļuva Prūsijas karalis Vilhelms I (Wilhelm I.), kurš iemantoja plašu ievērību sabiedrībā kā vācu zemju apvienotājs.
Brandenburgas-Prūsijas Hoencolernu valdīšana beidzās līdz ar Novembra revolūciju (09.11.1918.) un republikas proklamēšanu Berlīnē. 1918. gada Novembra revolūcijas laikā pēdējais vācu ķeizars no Hoencolernu Brandenburgas-Prūsijas zara Vilhelms II (Wilhelm II.) atradās armijas štābā Spā, Beļģijā, kur 09.11.1918. bija spiests atkāpties no troņa un doties trimdā uz blakus esošo Nīderlandi. Trimdā Nīderlandē, Dornas pilī, bijušais vācu ķeizars pavadīja sava mūža atlikušo daļu.
Pēc Otrā pasaules kara Hoencolernu dinastijas Brandenburgas-Prūsijas dzimtas līnija turpināja pastāvēt, bet zaudēja visus savus nekustamos īpašumus, kas atradās Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) okupācijas zonā un vēlākās Vācijas Demokrātiskās Republikas teritorijā.