Īsa vēsture Latvijas Nacionālā vēstures muzeja pirmsākumi saistās ar RLB 1869. gada 4. maijā izveidotās Zinību (sākotnēji Zinātnības) komisijas aktivitātēm. Atsaucoties uz Maskavas Universitātes Dabas zinību, antropoloģijas un etnogrāfijas biedrības Etnogrāfijas nodaļas aicinājumam vākt materiālus Krievijas Impērijas tautu etnogrāfisko pētījumu programmai un piesūtīt tos publicēšanai, tā sākotnēji iesaistījās kā starpnieks pagātnes liecību apkopošanā, darbībai laika gaitā pāraugot nolūkā izveidot “latviešu muzeju” pretstatā jau esošajiem “vācu muzejiem”. RLB muzejs pakāpeniski izauga no pirmā skapja kolekciju priekšmetu glabāšanai 1876. gadā, krājuma publiskas apskates uzsākšanas 1894. gadā un plašākas ekspozīcijas atvēršanas 1905. gadā līdz Latviešu muzeja celtnes projektam 1913. gadā. Pirmais pasaules karš pārtrauca iecerētās ēkas celtniecības darbus un muzeja darbību.
RLB sava muzeja vākumu nodeva Latvijas Republikas Izglītības ministrijas pārziņā, saglabājot savas īpašumtiesības. Tālāk tas nonāca valsts nodibinātajā Latvijas etnogrāfiskajā muzejā, kuram 1920. gada 6. februārī sākumā piešķīra telpas Rīgas pilī. Sākotnēji jaunā institūcija darbojās no RLB Latviešu muzeja pārmantotās misijas izpratnes rāmjos, bet turpmākajos gados tika izstrādāts jauns formulējums. 1924. gada Likums par Valsts vēsturisko muzeju noteica, ka tā uzdevums ir “vākt, glabāt, izstādīt un popularizēt dažādas senatnes, kā arī jaunāko laiku kultūras vērtības, kurām nozīme Latvijas vēsturē”. 1932. gadā valdības izdotie noteikumi precizēja muzeja vietu un nozīmi valsts kultūrpolitikā: “Valsts Vēsturiskais muzejs ir Latvijas valsts senmantu centrālā glabātuve, kuras uzdevums vākt, glabāt, izstādīt, pētīt un popularizēt Latvijas kultūras pieminekļus, kuriem ir arheoloģijas, etnogrāfijas, vēstures vai mākslas vēstures nozīme un kuru uzglabāšana un pētīšana ir Latvijas valsts interesēs”.
Muzejs laikā no 1920. līdz 1940. gadam strauji attīstījās. Tā struktūrā bija Arheoloģijas, Etnogrāfijas un Numismātikas-vēstures nodaļas, kā arī Teātra nodaļa (1934–1936). Kopš 1931. gada darbojās priekšmetu konservācijas kabinets. Muzejs valsts reģionos izveidoja savas filiāles: Cēsu (kopš 2024. gada Cēsu muzejs), Daugavpils un Jelgavas nodaļas 1937. gadā un Rundāles nodaļu 1938. gadā. Tā speciālistiem, kā, piemēram, Valdemāram Ģinteram, Ādolfam Karnupam, Elvīrai Šnorei, bija ievērojama loma nacionālās muzejniecības, arheoloģijas un etnogrāfijas zinātnes attīstīšanā. 1940. gada sākumā muzejā strādāja 27 darbinieki. Muzejs veica arheoloģiskos izrakumus, organizēja muzejisku priekšmetu vākšanas ekspedīcijas, publicēja zinātniskus rakstus, izdeva savus katalogus un ceļvežus, veidoja ekspozīcijas un izstādes. Bagātinājās krājums, jo īpaši arheoloģiskās kolekcijas. Muzejam nodeva glabāšanā Pieminekļu valdes ekspedīcijās un arheoloģiskajos izrakumos iegūtos priekšmetus. Tāpat muzejā nonāca visi jauniegūtie depozīti. 1939. gadā muzeja krājums sastāvēja no 150 000 glabāšanas vienību. Rīgas pilī bija iekārtotas arheoloģijas, etnogrāfijas, numismātikas un baznīcas mākslas ekspozīcijas, kuras piedzīvoja vairākkārtīgu pilnveidošanu. Tāpat tika uzlabota ekspozīcija Cēsu nodaļā un tāda radīta Daugavpils nodaļā. Uzsāktie darbi Jelgavas un Rundāles nodaļās netika pabeigti Otrā pasaules kara dēļ. Izstāžu darbība tika izmantota starptautisku sakaru veidošanā un Latvijas kultūrvēsturiskā mantojuma popularizēšanai ārzemēs. 1930. gadā, kad Rīgā norisinājās Baltijas arheologu 2. kongress, muzejs kopā ar Berlīnes, Kēnigsbergas, Stokholmas, Helsinku, Tērbatas (mūsdienās Tartu) un Varšavas muzejiem iekārtoja plašu izstādi par Baltijas tautu senvēsturi. Tam bija izstāžu aktivitātes Helsinkos, Parīzē, Stokholmā u. c.
Pēc Latvijas Republikas okupācijas un iekļaušana Padomju Savienības sastāvā 1940. gadā muzejs līdzās ideoloģiska rakstura norisēm piedzīvoja būtiskas strukturālas pārmaiņas, bet vadība un darbinieki tika paturēti savos amatos. Veiktās centralizācijas rezultātā tā struktūrvienību skaits palielinājās. Muzejā ietilpa šādas nodaļas – Brīvdabas muzejs (kopš 1959. gada Latvijas Etnogrāfiskais brīvdabas muzejs), Kuldīgas muzejs, Ventspils muzejs, Liepājas muzejs, Ludzas muzejs, Rēzeknes muzejs, Valmieras muzejs, Valkas muzejs, Jēkabpils muzejs (1995. gada Jēkabpils Vēstures muzejs), Aizputes muzejs, Cesvaines muzejs un Talsu muzejs. Muzeja bāze tika papildināta ar Propagandas nodaļu. Tā kā finansējums pārmaiņu plāniem tika paredzēts ar 1941. gada budžetu, tad to īstenošana, ieskaitot darbinieku pieņemšanu jaunajās struktūrvienībās, turpinājās līdz vācu okupācijas sākumam. Tāpat netika pabeigta visu ekspozīciju pārveide. Tās kā padomju ideoloģiskajām prasībām neatbilstošas tika slēgtas. Muzeja ekspozīciju Rīgas pilī atļāva apskatei 1940. gada 6. novembrī.
Muzejs Vācijas okupācijas pašā sākumā tika slēgts. Militārā pārvalde 1941. gada jūlijā uzsāka veidot nodalītus vācu un latviešu muzejus. Vācu muzejs tika izveidots, bet Latviešu tautas muzejs / Zemes muzejs palika nepabeigts. Septembrī, pēc militārās pārvaldes nomaiņas ar civilo pārvaldi, tika īstenots projekts par vēstures muzeju apvienošanu, nenodalot tos pēc etniskās kultūras piederības. Rezultātā no 1942. gada Valsts vēsturiskajam muzejam pievienoja slēgto Rīgas pilsētas vēstures muzeju (ar nosaukumu “Doma muzejs”). Tāpat par tā sastāvdaļu kļuva bijušais Kara muzejs un Centrālais dzimtenes pētīšanas muzejs. Vienotajā Vēstures muzejā bija Aizvēstures, Etnogrāfijas, Vēstures, Numismātikas, Mākslas amatniecības, Baznīcas mākslas un Kara lietu nodaļas. Tāpat tā struktūrā turpināja ietilpt Brīvdabas muzejs un visas provinces nodaļas, izņemot Aizputes muzeju, kurš bija likvidēts 1940. gada rudenī. Muzejs kopumā bija saglabājis iepriekšējo personālu. Reorganizētajā institūcijā, neskaitot provinces nodaļu darbiniekus, bija 61 darbinieks.
Muzeja un tā struktūrvienību ekspozīciju un izstāžu darbības atjaunošanās bija pakāpenisks process, jo jaunās varas prasības neaprobežojās ar uzrakstiem pie priekšmetiem vācu valodā. Jaunās varas izvirzītais uzdevums bija pārveidot latviešu pasaules lietu redzējumu atbilstoši okupantu ideoloģiskajiem priekšstatiem un vajadzībām. Tas netika sasniegts un tika realizēti tikai atsevišķi elementi (piemēram, vācbaltiešu vēsturei veltītu sadaļu radīšana). Izstāžu darbības pamatā bija Latvijas tematika, izvairoties no vācu propagandas klišejām. Izņēmums bija izstāde par lielinieku postījumiem “Izpostītā Rīga” 1942. gadā Doma muzeja nodaļā. Vēl nosacīti pie tādām var pieskaitīt turpat 1943. gadā eksponēto izstādi par vikingiem Latvijā. Kaut tā iekļāvās atzītās “vajadzīgās” ģermāņu vēstures tematikā, izstāde bija vietējā arheoloģiskā materiāla veiksmīga interpretācija kopējā reģiona ainā, pat skatoties no mūsdienu zināšanu viedokļa.
1944. gadā vācieši, atkāpjoties no Rīgas, aizveda sev līdzi lielāko daļu no vērtīgākām muzeja kolekcijām – arheoloģiskos un etnogrāfiskos priekšmetus. Pateicoties Etnogrāfijas nodaļas darbinieces Mērijas Grīnbergas pašaizliedzībai, kura pavadīja kolekcijas, tās gandrīz pilnībā izdevās atgūt.
Pēc Otrā pasaules kara atkārtotās padomju okupācijas laikā kolekciju vākšanas, uzskaites, glabāšanas, ekspozīciju veidošanas darbu pārveidoja atbilstoši Padomju Savienībā pieņemtajiem noteikumiem. Radikāli mainījās muzeja struktūra. Agrākās provinces nodaļas kļuva par pastāvīgiem novadu pētniecības muzejiem. Arī Doma un Brīvdabas muzeji kā filiāles turpināja darboties tikai līdz 1946. gada 31. janvārim. Bāze saglabājās – Arheoloģijas, Etnogrāfijas un Numismātikas nodaļas, kā arī bibliotēka un darbnīcas (restaurācijas, foto, galdnieku un ķīmiskā tīrītava). Jaundibinājumi bija Vispārējās vēstures un Latvijas vēstures nodaļas, kuras jau 1946. gadā tika apvietotas. Šajā laikā izveidoja Pieminekļu aizsardzības nodaļu. 1947. gadā muzeja struktūru papildināja Speciālā nodaļa, kurā tika koncentrētas nevēlamās vēstures liecības. Pēc tās likvidācijas (1950) izveidoja Zinātniski metodisko nodaļu.
Par smagu pārbaudījumu ar ilgstošām sekām muzejam kļuva tā sauktā muzeju lieta. Tā bija saistīta gan ar muzeja krājuma saglabāšanas un turpmākas izmantošanas iespējām, gan ar personiskām interesēm un centieniem saglabāt Latvijas Republikas vēstures un kultūras vērtības. 1946. gada 16. martā Latvijas PSR Prokuratūra uzsāka izmeklēšanu pret Centrālā valsts vēstures muzeja darbiniekiem par muzeja vērtību slēpšanu un piesavināšanos. Tika arestēts direktors Jānis Blaumanis, Etnogrāfijas nodaļas vadītājs Ādolfs Karnups u. c. Latvijas PSR Iekšlietu ministrijas karaspēka Kara tribunāls apsūdzētajiem piesprieda smagus sodus. Izskatot kasāciju, J. Blaumaņa un Ā. Karnupa nāves sodi tika aizstāti ar 10 gadiem apcietinājumā. “Muzeju lieta” rezultējās ar muzeja darbības būtiskām izmaiņām – tajā skaitā krājuma veidošanā, ideoloģiskā uzraudzībā, kadru politikā.
Kara, emigrācijas un represiju rezultātā bija zaudēti gandrīz visi speciālisti. Tikai 50. gadu pirmajā pusē muzejā izveidojās zinātnisko darbinieku sastāvs, kas atbilda padomju varas noformulētajai ideoloģiskajai sagatavotībai un vajadzībām. 1955. gadā tā štats bija 45 cilvēku liels.
Notikušo izmaiņu, tas ir, “īsta padomju muzeja” veidošanas, noslēgšanai bija izstrādāta radikāla muzeja struktūras reorganizācija, kura paredzēja izveidot Pirmatnējās kopienas, Feodālisma, Kapitālisma, Padomju perioda un Reliģijas vēstures un ateisma nodaļas. Pateicoties daļas darbinieku asai kritikai, 1956. gada reformas rezultātā muzejs gan ieguva citu nosaukumu, bet tika saglabātas iepriekšējās Arheoloģijas, Etnogrāfijas un Numismātikas nodaļas. Tas nodrošināja zināmus pārmantotības elementus ar iepriekšējo periodu muzeja darbības un uzbūves principiem. Muzejā vairs nebija Pieminekļu aizsardzības un Zinātniski metodiskās nodaļas (šīs nodaļas vietā tika radīts Zinātniski metodiskais birojs). Vēstures nodaļu pārveidoja par Pirmsoktobra un Pēcoktobra perioda vēstures nodaļām. 1958. gadā notika atgriešanās pie vienas Vēstures nodaļas. Kā jauna tika izveidota Mākslas vēstures nodaļa. Tā muzeja struktūrā bija līdz 1964. gadam, kad ar visām kolekcijām tika pārcelta uz Jāņa Raiņa Valsts literatūras muzeju (kopš 2024. gada Latvijas Nacionālais rakstniecības un mūzikas muzejs).
1963.–1969. gadā muzejs bija centralizētas muzeju apvienības sastāvdaļa. Apvienību vadīja Latvijas PSR Vēstures un revolūcijas muzeju apvienotā direkcija. Tajā bez vadības (muzejs saglabāja direktora vietnieka zinātniskā darbā amatu) kopīgoja Zinātniski metodisko, Zinātniskās propagandas un Zinātniskās restaurācijas nodaļas. Muzeja struktūra piedzīvoja arī citas izmaiņas – Valsts Rīgas vēstures muzeja Reliģijas vēstures un ateisma nodaļas pievienošanu 1963. gadā, Izstāžu nodaļas izveidošanu 1967. gadā.
Dinamiskas izmaiņas norisinājās arī pēc muzeja pastāvīga darbības atjaunošanas. 1980. gadā muzejam bija šādas struktūrvienības: Arheoloģijas, Etnogrāfijas, Numismātikas, Vēstures, Pēcoktobra perioda vēstures, Sociālisma perioda vēstures, Skolu vēstures, Ekskursiju un masu darba un Zinātniski metodiskā nodaļa, Izstāžu un Foto-video un tehnisko līdzekļu sektori, Restaurācijas laboratorija. Kopējais darbinieku skaits sasniedza 90.
Līdz ar Skolu vēstures nodaļas izveidi 1978. gadā muzejam atkal bija struktūrvienība ar daļēju darbību ārpus Rīgas. Filiāle Kuldīgā bijušā Baltijas skolotāju semināra ēkā darbojās līdz 80. gadu sākumam. Par vēl vienu filiāli kļuva Fridriha Candera memoriālais muzejs. To nodibināja 1982. gadā, apmeklētājiem atvēra 1987., bet slēdza 1990. gadā. Vēl viens liels muzeja projekts bija Zinātniski pētnieciskās restaurācijas ražošanas centra izveide. 1982.–1988. gadā tā vajadzībām tika piemērota ēka Rīgā, Vecpilsētas ielā 7. Centrā bija plānotas sešas struktūrvienības ar 35 darbiniekiem.
Neskatoties uz krājuma veidošanas ierobežojumiem, vairāku reorganizāciju gaitā citiem muzejiem atdotām kolekcijām, muzejā uzkrāto liecību skaits turpināja strauji palielināties. 1989. gadā muzejā bija 571 000 glabāšanas vienību.
Otrās padomju okupācijas laikā muzejā padomju varas uzstādījumu dēļ
zinātniski pētnieciskā funkcija kopumā zaudēja zinātniski izglītojošai jeb ideoloģiskajai funkcijai. Taču saistībā ar krājuma darbu tas saglabāja pozīcijas vēstures zinātnes apakšnozarēs – arheoloģijā, numismātikā, arī etnogrāfijā. Par nopietnu zinātnisko darbību liecina rakstu krājumi “Arheoloģija” (1962), “Etnogrāfija” (1964), “Numismātika” (1968), Lūcijas Vankinas monogrāfija “Sārnates purva apmetne” (1970), Vladislava Urtāna monogrāfija “Senākie depozīti Latvijā” (1977) u. c.
Muzeja pirmā marksisma-ļeņinisma ideoloģijā bāzētā Latvijas vēstures pamatekspozīcija tapa laikā no 1947. līdz 1957. gadam. Tūlīt sekoja tās pārveidošana, jo tika noteikts hronoloģiskais ierobežojums – līdz 1917. gadam. Pilnīgi jauna versija tika izveidota laikā no 1964. līdz 1967. gadam. To papildināja pastāvīgās izstādes “Latviešu darbaļaužu cīņa par padomju varu”, “Latvijas PSR augšupeja” un “Latviešu tautas tērpi”. 80. gados veica tikai atsevišķu pamatekspozīcijas sadaļu nomaiņu. Līdzās padomju vēstures ideoloģiskām izstādēm tika realizētas arī ar latviešu tautas kultūrvēsturisko mantojumu saistītas – “Latviešu tautas tērpi” (1948, 1968, 1964), “Adījumi” (1956, 1966), “Keramika” (1957), “Latviešu tautas māksla”(1950, 1956, 1967, 1968), Latviešu rotaslietas (1957, 1971), “Senču raksti” (1990) u. c.
Muzejs aktīvi iesaistījās latviešu tautas Trešās atmodas notikumos. Lielu popularitāti ieguva izstāde ”Latvija starp diviem pasaules kariem”(1988). Vēl atzīmējamas izstādes “Staļinisma represiju upuri Latvijā” (1989), “Lāčplēša Kara ordeņa kavalieri” (1989), “1940. gads Latvijā” (1990) u. c.
Pēc valstiskās neatkarības atjaunošanas muzejs sekmīgi pārkārtoja savu darbu jaunajos apstākļos. No 2005. gada līdz 2013. gadam tas darbojās valsts aģentūras statusā. Pēc tam muzejs atkal kļuva par tiešās valsts pārvaldes iestādi.
Muzeja 1992. gadā izveidotais modelis bija: Arheoloģijas, Etnogrāfijas, Numismātikas, Vēstures, Foto negatīvu, Informācijas un uzskaites, Propagandas, Izpētes un atdarinājumu, Arheoloģiskā metāla restaurācijas, Polihromā koka un mēbeļu restaurācijas, Keramikas un stikla restaurācijas, Tekstiliju un ādas restaurācijas, Dokumentu, grāmatu un grafikas restaurācijas nodaļas, foto laboratorija un bibliotēka. Muzejā strādāja 132 darbinieki. 2008. gadā struktūru papildināja Āraišu arheoloģiskā muzejparka nodaļa. 2008. gadā nodarbināto skaits sasniedza 153.
Muzeja struktūra piedzīvoja lielu reorganizāciju 2010.–2011. gada ekonomiskās krīzes apstākļos, kad valstī norisinājās muzeju apvienošana, finansējuma un darbinieku skaita samazināšana. Par muzeja sastāvdaļu ar nosaukumu “Dauderu nodaļa” kļuva Latvijas Kultūras muzejs “Dauderi”. Tika apvienotas esošās muzeja struktūrvienības, samazinot to skaitu. Nākamās izmaiņas norisinājās 2014. un 2015. gadā. 2015. gadā par muzeja nodaļu kļuva Tautas frontes muzejs. 2014. gadā tika atjaunota likvidētā Numismātikas nodaļa. Vēlāk, 2017. gadā, Āraišu arheoloģisko muzejparku pārņēma Amatas novada pašvaldība, bet 2021. gadā Vēstures departamentā izveidoja Viduslaiku, jauno un jaunāko lauku pētniecības un Viduslaiku, jauno un jaunāko lauku krājuma nodaļas. 2024. gadā muzeja amatu sarakstā bija 127 darbinieku vietas.
Muzeja darbības laikā nopietna problēma bija telpu nepietiekamība Rīgas pilī. 2002. gadā tika sagatavots risinājums, kurš paredzēja priekšpilī izvietot Valsts prezidenta institūciju, bet visā kastellā atstāt Latvijas Vēstures muzeju. Vienlaicīgi bija plānota jaunas ēkas celtniecība Rīgas pilī izvieto muzeju krājuma vajadzībām. Stāvokli saasināja ugunsgrēks Rīgas pils priekšpilī 2013. gada 20. jūnijā. Latvijas Nacionālais vēstures muzejs 2014. gadā tika pārvietots uz pagaidu telpām Rīgā Brīvības bulvārī 32 (ekspozīcija) un Lāčplēša ielā 106 / 108 (krājums). Rīgas pils Kastelas atjaunotā daļa muzeja rīcībā nonāca 2024. gada maijā.
Muzejs 1994.–2003. gadā izveidoja jaunu pamatekspozīciju, kas aptvēra laika posmu no 8. gadu tūkstoša p. m. ē līdz 1991. gadam. Tās iekārtošanā bija apvienots kolekciju demonstrēšanas princips ar Latvijas vēstures nozīmīgāko posmu atspoguļošanu. 2014.– 2015. gadā tapa tās versija pagaidu telpās. 2026. gadā ar ekspozīcijām “Straumējot laiku” un “Livonijas pilis” atsākta publiskā darbība Rīgas pilī. Tāpat iekārtota jauna ekspozīcija “Dauderu” nodaļā.
Muzejs regulāri veido uz kolekcijām balstītas izstādes. Nereti tās veido tematiski saistītu ekspozīciju sēriju. Tāda ir projekta “Latviešu saknes” izstādes – “Kurši – jūras laupītāji, tirgotāji, zemnieki” (1996), “Latgaļi” (2000), “Lībieši” (2001), “Zemgaļi” (2003), “Sēļi” (2005), “Ceļā uz latviešu tautu” (2016). Realizētas arī nozīmīgas izstādes ārzemēs: “Sāga par Latviju” (Zviedrija, 1991), “Latviešu tautas tērps un rotas laika gaitā” (Dānija, 1995), “Latgaļi – kriviču kaimiņi” (Krievija, 1999), “Latvijas vēsture, māksla, tradīcijas” (Francija, 2001), “Zemgaļi” (Lietuva, 2005), “Senās Latvijas dārgumi” (Polija, 2007), “Latvijas maztautas” (Vācija, 2008, 2009), “Dzintars – Baltijas jūras dārgakmens” (Baltkrievija, Ukraina, 2015) u. c.
Muzejs piedalījies daudzu projektu un izstāžu organizēšanā un norisē kā nacionālā, tā starptautiskā līmenī. Kā īpaši nozīmīgi izceļami kopprojekti “Trīs zvaigznes – trīs kroņi” (Rīga, 2001, Stokholma, 2002) un “Latvijas gadsimts” (Rīga, 2018).
Muzejs organizē seminārus un konferences. Kopš 2001. gada tradicionāli kļuvuši ikgadējie muzeja zinātniskie lasījumi. No starptautiskiem pasākumiem minamas konferences “Politiskie un ekonomiskie centri Baltijas jūras krastos” (1994), “Valdemāra Ģintera piemiņas konference” (1999), “Zemgaļi” (2003), “Sēļi” (2005), “Kurši” (2009), “Ceļā uz latviešu tautu” (2016), “Rīgas pils vēsture un arhitektūra” (2021–2025) u. c.
Muzejs izdevis izstāžu katalogus ceļvežus, monogrāfijas, rakstu krājumus u. c. Nozīmīgi ir arī trīs sērijizdevumi: “Latvijas Nacionālā vēstures muzeja raksti” (kopš 1962. gada), “Latvijas kultūrvēsturiskais mantojums ārzemju krātuvēs” (kopš 2002. gada) un “Rīgas pils vēsture un arhitektūra” (kopš 2025. gada).