Jānis Auniņš bija viens no Latvijas armijas augstākajiem virsniekiem, kurš bija ieguvis virsnieka pakāpi Pirmā pasaules kara laikā un izveidojis karjeru Latvijas Neatkarības kara laikā un kurš starpkaru posmā ieņēma amatus ierindas daļās. Bija starp augstākajiem virsniekiem, kuri tika paaugstināti dienesta pakāpēs un iecelti augstākos amatos pēc valsts okupācijas 1940. gada vasarā, sabiedrībā un arī armijā pastāvot cerībai, ka valsts saglabās patstāvību.

Dzimis zemnieka Friča Auniņa ģimenē. Beidzis Valkas pilsētas skolu. No 10.06.1915. mācījās un 28.08.1915. beidza 1. Pēterhofas praporščiku skolu (1-я Петергофская школа прапорщиков); 24.10.1922.–22.09.1923. mācījās un beidza Latvijas armijas virsnieku kursus, 30.11.1929.–31.08.1930. bataljonu komandieru kursus, 07.1935. virsnieku strēlniecības kursus, 05.10.1937.–30.07.1938. mācījās un beidza pulka komandieru kursus.

Precējies 1921. gadā ar Lidiju Kēleri, meita Elga.

31.03.1915. brīvprātīgi iestājās kara dienestā Krievijas armijā, iedalīts 3. kājnieku rezerves bataljonā Petrogradā. Pēc praporščiku skolas beigšanas no 17.09.1915. praporščiks 182. Grohovas kājnieku pulkā frontē, 4. rotas komandiera vietas izpildītājs. Piedalījās kaujās ar Vācijas armiju Grodņas un Minskas guberņās, 09.1915. kontuzēts un evakuēts uz aizmuguri. Pēc izārstēšanās 11.1915. atgriezās pulkā, jaunākais virsnieks. 01.1916. pēc paša vēlēšanās pārvietots uz latviešu strēlnieku bataljoniem, no 17.02.1916. Latviešu strēlnieku rezerves bataljona 2. rotas, pēc tam 1. rotas jaunākais virsnieks. 03.1016. pēc paša vēlēšanās pārvietots uz aktīvo armiju, 2. Rīgas latviešu strēlnieku bataljona 3. rotas, pēc tam 2. rotas jaunākais virsnieks. Piedalījās kaujās Nāves salā un pie Smārdes. Līdz ar bataljona pārformēšanu par pulku 10.1916. – 7. rotas komandieris. Podporučiks (28.10.1916.). Ziemassvētku kauju laikā 06.01.1917. pie Skangaļiem ievainots un krita vācu gūstā, izvests uz karagūstekņu nometnēm Vācijā. 26.03.1917. paaugstināts par poručiku. Atbrīvots 02.12.1918., atgriezās Latvijā. Dzīvoja Valkā.

Pēc Sarkanās armijas atkāpšanās 02.1919. stājās sakaros ar Valkas apriņķa Zemes padomi, paužot gatavību stāties Latvijas bruņotos spēku rindās (sakarā ar to 30. gadu otrajā pusē iestāšanās laiks Latvijas armijā labots uz 18.02.1919.). 27.02.1919. Valkā mobilizēts Latvijas Pagaidu valdības bruņotajos spēkos (virsleitnants), Ziemeļlatvijas armijas (brigādes) 1. (vēlākajā 4.) Valmieras kājnieku pulkā (ieradās 05.03.), no 07.03. bija 8. rotas jaunākais virsnieks, no 16.04. – 4. rotas komandieris, no 31.03. kaujās ar ar Padomju Latvijas armiju Ziemeļlatvijā. 19.04.1919. kaujā pie Apes ievainots kreisajā kājā, evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri. 10.06. atgriezās pulkā, rezerves rotu pārzinis, no 01.07. mācību komandas priekšnieks. Kapteinis (06.07.1919.). 07.08. pulks pārdēvēts par Latvijas armijas 4. Valmieras kājnieku pulku. Piedalījās kaujās ar Bermonta armiju, 11.–12.11. kā bataljona komandieris vadīja Skurbes, Mercendarbes un Baldones muižas ieņemšanu, 12.11. ar kauju ieņēma pāreju pār Misas upi, atvieglojot pārcelšanos pāri Daugavai un Iecavas muižas ieņemšanu. 10.12.–01.01.1920. bija 2. bataljona komandiera vietas izpildītājs, no 01.02. – 2. rotas, no 01.07. – 3. bataljona komandieris. 21.01.–11.08. Latgales frontē pret Sarkano armiju Kārsavas apkārtnē. Pulkvedis-leitnants (22.05.1920.; par kaujas nopelniem). 08.03.1921. pārvietots uz Robežsargu divīziju, no 11.03. bija 4. robežsargu pulka, no 17.10. – 1. Latvijas strēlnieku pulka bataljona komandieris. 23.05.1922. pārvietots uz 4. Valmieras kājnieku pulku Rīgā, ieskaitīts virsštatā. Pēc atgriešanās no Virsnieku kursiem no 09.1923. pulka saimniecības priekšnieks, no 02.02.1926. – 1. bataljona komandieris. Būdams pulka vēstures komisijas loceklis, piedalījās pulka vēstures sastādīšanā. 12.03.1929.–23.05.1930. arī militārās audzināšanas kontrolieris Rīgas skolās. 25.–27.09.1930. Kara tiesā izskatīta apsūdzība pret baronesēm Valterēm-Vitenheimām (Walter-Wittenheim) vērsta nozieguma (izvarošana, nošaušana) izdarīšanā Latvijas Neatkarības kara laikā 19.–20.11.1919., apsūdzot bijušo 4. Valmieras kājnieku pulka karavīru grupu, J. Auniņš attaisnots. No 17.09.1931. pulka saimniecības priekšnieks, no 30.07.1934. pulka komandiera palīgs. 01.10.1936. pārcelts par pulka komandiera palīgu uz 2. Ventspils kājnieku pulku Liepājā, 06.11.1936. – uz 7. Siguldas kājnieku pulku Alūksnē. No 02.10.1938. pulka komandiera vietas izpildītājs. 1933. gadā uzsāka tautsaimniecības studijas Latvijas Universitātē (nebeidza). No 11.01.1940. bija 6. Rīgas kājnieku pulka komandiera palīgs Rīgā. No 05.1935. Latviešu veco strēlnieku biedrības padomes loceklis. Bija piešķirtas Patkules ūdensdzirnavas (1938. gadā pārdeva).

Pēc valsts okupācijas 30.07.1940. paaugstināts par pulkvedi un iecelts par 6. Rīgas kājnieku pulka komandieri. 27.09.1940. pulka sastāvā pārskaitīts Sarkanās armijas 24. teritoriālajā strēlnieku korpusā, 195. strēlnieku pulka komandieris. 13.–14.06. kopā ar citiem korpusa pulku komandieriem u. c. augstākajiem virsniekiem latviešiem nosūtīts uz kursiem Maskavā, kur 20.06.1941. apcietināts. Izvests uz Noriļskas soda nometnēm, 1942. gadā – uz Taišetas soda nometnēm. 15.05.1943. Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Iekšlietu tautas komisariāta Sevišķā apspriede piesprieda 10 gadus ieslodzījumā.

Jānis Auniņš bija viens no Latvijas armijas augstākajiem virsniekiem, kurš bija ieguvis virsnieka pakāpi Pirmā pasaules kara laikā un izveidojis karjeru Latvijas Neatkarības kara laikā un kurš starpkaru posmā ieņēma amatus (bataljona komandieris, pulka saimniecības priekšnieks, pulka komandiera palīgs) ierindas daļās. Turklāt dienesta panākumi un izietajos mācību kursos uzrādītās sekmes, kā arī apstāklis, ka J. Auniņš bija sekmīgi nokārtojis iestāšanās pārbaudījumus Augstākajos militārajos kursos (mācības nesāka nezināmu iemeslu dēļ), apliecina viņa profesionālās spējas. Bija starp tiem augstākajiem virsniekiem, kuri sasniegtās izdienas un minēto spēju dēļ tika paaugstināti dienesta pakāpēs un iecelti augstākos amatos pēc valsts okupācijas 1940. gada vasarā, ievērojamā sabiedrības daļā un arī armijas aprindās vēl pastāvot iluzorai cerībai, ka valsts saglabās patstāvību.

J. Auniņš par kaujas nopelniem Krievijas armijas dienestā apbalvots ar Svētā Staņislava ordeni (III šķira, ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (III šķira, ar šķēpiem; IV šķira, ar uzrakstu “Par drošsirdību”); par kaujas un dienesta nopelniem Latvijas armijā apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (III šķira), Triju Zvaigžņu ordeni (IV šķira), Viestura ordeni (III šķira, ar šķēpiem), Aizsargu Nopelnu krustu, Igaunijas Brīvības krustu (II šķira, III pakāpe), Lietuvas neatkarības 10 gadu jubilejas piemiņas medaļu.