Muzikoloģija ir ļoti plaša, tomēr Latvijas Zinātnes padomes nomenklatūrā nav sīkāk sadalīta. Tradicionāli galvenie atzari ir mūzikas vēsture un mūzikas teorija (mūzikas teorētiskās disciplīnas – harmonija, polifonija, formas mācība, instrumentācija utt.), taču mūsdienās šis nošķīrums ir vēl plašāks, turklāt bieži vērojama saplūsme ar saskarjomām (mūzikas pedagoģija, mūzikas socioloģija, mūzikas publicistika utt.).

Latviešu muzikoloģijas sākums datējams ar Rīgas Latviešu biedrības (RLB) Mūzikas komisijā 1891. gadā nolasīto Jurjānu Andreja referātu “Latviešu tautas mūzikas literatūra no viņas sākuma līdz 1891. gadam” – par t. s. klasisko mūziku, koptajiem, mācītajiem žanriem (kormūzika, simfoniskie sacerējumi, kamermūzika). Tajā atspoguļojas zināms faktoloģisks uzkrājums, mūzikas kritikas pienesums, humanitārais fons. Tūlīt pēc tam Jurjānu Andrejs sāka darbu pie “Latvju tautas mūzikas materiāliem” (sešas burtnīcas, 1894–1926), kas lika pamatus šīs jomas (tautas mūzikas tiešā uzkrājuma) zinātniskajai periodizācijai un klasifikācijai pa žanriem (līgotnes, darba dziesmas, gadskārtu dziesmas utt.). Liecība, ka šādas pētniecības tapšana ir nobriedusi, bija pirmā latviešu mūzikas vēsturnieka Straumes Jāņa “Baltijas mūzikas kalendārs” (1890; 1891; 1892) ar būtiskiem komponistu portretējumiem, terminoloģijas pārspriedumiem, hronikas sadaļu. Taču izdošana un pārdošana bija saistīta ar nepārvaramām grūtībām, tāpat kā arī pirmā latviešu mūzikas periodikas izdevuma “Mūzikas Druva” iznākšana (1906; 1908–1909, izdevējs un redaktors Atis Kauliņš). Latviešu komponisti publicējuši pētnieciskus un zinātniskus rakstus arī presē – Jāzeps Vītols, Emīls Dārziņš, Jānis Zālītis.

Būtisks impulss muzikoloģijas tālākai attīstībai bija Latvijas Konservatorijas (LK) dibināšana (1919), kurā bija Kompozīcijas un mūzikas teorijas nodaļa. Tajā dažādā līmenī tika pasniegtas muzikāli teorētiskās disciplīnas (dēvētas par enciklopēdiju) visām specialitātēm. Viens no pirmajiem konservatorijas absolventiem Jēkabs Graubiņš līdzās skaņradei pētīja arī folkloru. Netiešs viņa kolēģis šajā jomā bija Emīls Melngailis, kurš bagātināja 1925. gadā dibināto Latviešu folkloras krātuvi (LFK) ar daudziem paša veiktiem pierakstiem (tas kļuva par viņa mūža darbu: 1951.–1953. gadā iznāca E. Melngaiļa sakārtotais un komentētais monumentālais krājums “Latviešu mūzikas folkloras materiāli”, trīs sējumi). Ar šo materiālu pētnieciski nozīmīgi aktīvi strādāja arī komponists Jūlijs Sproģis. Tādējādi tautas daiļrades apguve kļuva par vienu no būtiskākajām tā laika mūzikas pētniecības jomām. Tomēr pats nozīmīgākais jaunpienācējs mūzikas izpētē un propagandā bija Jēkabs Vītoliņš. Pirmoreiz grāmatā 1934. gadā iznāca viņa apjomīgā “Mūzikas vēsture” ar plašu latviešu mūzikai veltītu nodaļu.

1938. gadā J. Vītoliņš sāka darbu LK, kur 1946. gadā tika nodibināta Mūzikas vēstures nodaļa un katedra. Sākumā tajā darbojās Vladimirs Muzaļevskis (Владuмир Ильич Музалевский) – katedras vadītājs (līdz 1956), Lija Krasinska (Лия Эммануиловна Красинская; 1945–1993) un J. Vītoliņš (līdz 1962), Nilss Grīnfelds (1949–1986). L. Krasinska ir krievu un padomju mūzikas speciāliste, bet viņai ir daudz publikāciju par latviešu mūziku, tostarp kopā ar J. Vītoliņu sarakstītā “Latviešu mūzikas vēstures” 1. daļa (1972). Populāra mācību grāmata ir L. Krasinskas “Mūzikas elementārā teorija” (sadarbībā ar Valentinu Utkinu; latviešu valodā 1951. gadā, 4. izdevums 1981; krievu – 1965. gadā, 5. izdevums 2007. gadā). Daudz uzmanības latviešu mūzikai veltījis arī N. Grīnfelds, kura pedagoģiskās darbības pamatjoma ir Rietumeiropas mūzikas vēsture. Viņa Maskavā izdotā “Latviešu mūzikas vēsture” (История латышской музыки, 1978) ir pirmais darbs, kas aptver visu vēstures perspektīvu no pirmsākumiem līdz 1978. gadam un ir pieejams krievu valodas pratējiem visā pasaulē. Vīsbādenē iznākusi Longīna Apkalna “Latviešu mūzika” (Lettische Musik, 1977). Plašs uzstādījums un zinātniska precizitāte raksturīga Bruklinā izdotajām Valentīna Bērzkalna grāmatām “Latviešu dziesmu svētku vēsture, 1864–1949” (1965) un “Latviešu dziesmu svētki trimdā, 1946–65” (1968). J. Vītoliņš sagatavoja un sāka izdot kapitālo krājumu “Latviešu tautas mūzika I, Darba dziesmas” (1958), “Kāzu dziesmas” (1968), “Bērnu dziesmu cikls. Bēru dziesmas” (1971), “Gadskārtu ieražu dziesmas” (1973), “Precību dziesmas” (1986), “Kara dziesmas” (2008; sastādītāja Anda Beitāne). Pētnieciskajā darbā iesastījās tā laika jaunā paaudze: Oļģerts Grāvītis – J. Vītols un viņa skola, Vizbulīte Bērziņa – latviešu tautas mūzikas kritikas un publicistiskas sākumi un tautasdziesmu nozīme mūsu kultūrā (arī monogrāfijas par J. Zālīti, Jāni Ivanovu un J. Graubiņu); Maksis Goldins – latviešu un cittautu mūzikas saskarsmes un paralēles; Ludvigs Kārkliņš – J. Ivanovs un simfoniskās mūzikas jautājumi; Joahims Brauns – vijolspēles vēsture Latvijā un mūzikas historiogrāfijas problēmas; Arnolds Klotiņš – Alfrēds Kalniņš un mūzikas sociāli komunikatīvā funkcija; Tatjana Kuriševa (Татьяна Александровна Курышева) – Marģeris Zariņš (monogrāfija, 1980. gads, Maskava) un mūzikas teatralizācijas izpausmes.

Tiem sekojošā muzikologu paaudze līdzās latviešu mūzikas pētniecībai tiecās piesaistīties arī pasaules personībām un problēmām: Vita Lindenberga – Bendžamins Britens (Edward Benjamin Britten, Baron Britten) un operas žanra problēmika; Jānis Torgāns – Johanness Brāmss (Johannes Brahms) un instrumentālā koncerta specifikas jautājumi; Georgs Pelēcis – Palestrīna un medievistikas attīstība; Jeļena Ļebedeva – baroka mūzikas formveide un skaņdarbu formas vispārējās problēmas; Ilma Grauzdiņa – ērģeļbūve un ērģeļmāksla Latvijā, arī mūsdienīgākā un aptverošākā grāmata par latviešu dziesmusvētkiem “Dziesmu svētku mazā enciklopēdija” (2004); Lolita Fūrmane – Volfganga Amadeja Mocarta (Wolfgang Amadeus Mozart) laikmeta estētika un kameransambļu muzicēšanas loma un vieta sabiedrībā, portretmonogrāfijas ar plašu kultūrvēsturisku fonu; Ilze Šarkovska-Liepiņa – senā mūzika Latvijā, kormūzikas fenomens mūsdienu vidē; Mārtiņš Boiko – lietuviešu sutartines kā unikāla parādība, latgaliešu (mūzikas) kultūras savdabās šķautnes; Baiba Jaunslaviete – specifiski mūzikas dramaturģijas jautājumi (skaņdarbu izskaņu traktējums 20. gs.) un latviešu mūzikas vēstures sākumposma padziļināta un paplašināta izpēte, Boriss Avramecs – Ārpuseiropas mūzikas speciālists un aktīvs Latvijas mūzikas dzīves vērtētājs medijos un citi.

Nākamai paaudzei (Armands Šuriņš, Jūlija Jonāne, Guntars Prānis, Gundega Šmite, Jānis Petraškevičs) raksturīgs spēcīgs profesionālisms, interešu plašums un temperaments. Tomēr skaidri redzama arī zināma sašķeltība, institucionālas vienotības un lielāku kopēju uzstādījumu trūkums (latviešu mūzikas vēsture kā akadēmisks pētījums joprojām ir tikai ieceres un tapšanas stadijā). Nozīmīgas bija Baltijas republiku muzikologu konferences (katru gadu citā galvaspilsētā; 1967–1990), kuras gan vienoja, gan deva arī būtiskas atziņas pētniecībā.

Mūsdienās Latvijā ir tikai divas specifiski pētnieciskas struktūras ar skaitliski niecīgu pētniecisko potenciālu mūzikas jomā: Latvijas Universitātes Literatūras, folkloras un mākslas institūts ar divām štata vietām (A. Klotiņš, I. Šarkovska-Liepiņa) un Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijas Zinātniski pētnieciskais centrs ar astoņām štata vietām – vairākums šo pētnieku veic arī apjomīgu pedagoģisku darbu. Šo apstākļu iespaidā iecerētā “Latviešu mūzikas vēsture” A. Klotiņa vadībā top visai lēni (nepieciešama priekšstadija ir vairāksējumu “Latvijas mūzikas darbinieku leksikons”, pie kā joprojām tiek strādāts nepietiekama finansējuma apstākļos).

Almanaha tipa krājumi “Latviešu mūzika” (1.–19. sējums; 1958–1990) un “Latvju mūzika” (Kalamazū, 1.–30. sējums; 1968–2005); almanahs “Mūzikas akadēmijas raksti” (kopš 2004, daudz ārvalstu autoru), žurnāls “Mūzikas Saule” (kopš 2000). Dienas presē mūzikas atspoguļojums nav apmierinošs ne kvantitātes, ne kvalitātes ziņā. Kultūrvēsturiska un muzikoloģiska vērtība ir A. Klotiņa sastādītajam un rediģētajam izdevumam “Latviešu kordziesmas antoloģija”, 12 sējumi un 12 CD (1997–2005).